New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3850748 = | 77 (1.030) | 4 (0.060) | 4/244 | NT | 5.1% | coding (186/474 nt) | PP_3398 | curli fiber surface‑exposed nucleator CsgB |
? | NC_002947 | 3850804 = | 75 (1.050) | coding (242/474 nt) | PP_3398 | curli fiber surface‑exposed nucleator CsgB |
CTGGCGGGCCAGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTCGCCAGA > NC_002947/3850599‑3850896 | ctggcGGGCCAGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACcgc < 1:1370535/150‑1 (MQ=255) tggcGGGCCAGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACcgcg < 2:1348041/150‑1 (MQ=255) ggcgctgttgtcgttgccgatctgctcgatggcggcgttgttgctgctgccgctctggcgaatcgacgcactgttgccatttccctgttggctgatgatggccatcaggtcactgccttcctgcaagatgtacgcttcctgggcaccgcc < 1:1479676‑M1/4‑1 (MQ=255) gcGGGCCAGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGcgcc < 1:1905697/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGACTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCgccgcc < 1:554075/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGccc > 2:1479676/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGGTAGGCAACCGGGCCGCCCt > 1:1733108/1‑150 (MQ=255) aGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCg > 1:1019923/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGAc > 2:1394224/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGAc > 2:798019/1‑150 (MQ=255) ctgctgGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCa < 2:1778902/150‑1 (MQ=255) agGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGACAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAgg > 1:1228030/1‑150 (MQ=255) gACCTGATGGACAATGCCGACCTTGAACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGcc > 1:1740596/1‑150 (MQ=255) ccTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCt > 1:1691912/1‑150 (MQ=255) cTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCtt > 1:1287845/1‑150 (MQ=255) tGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTTAACCAGTGATCATCCTCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCGCTTc > 2:1317396/1‑150 (MQ=255) tGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCTCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTc > 2:1317407/1‑150 (MQ=255) tGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTgg < 1:1394224/150‑1 (MQ=255) 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cGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑Ccggcgg > 2:328121/1‑150 (MQ=255) ggCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑Ccggcggg > 2:1020863/1‑149 (MQ=255) ggCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGt < 1:1508100/150‑1 (MQ=255) gCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTg < 2:1287845/150‑1 (MQ=255) acgcactgttgccatttccctgttggctgatgatggccatcaggtcactgccttcctgcaagatgtacgcttcctgggcacCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCa < 2:775398‑M1/63‑1 (MQ=255) 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tcCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAg > 1:1321452/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGc > 1:825781/1‑150 (MQ=255) tccTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑a < 1:1317407/149‑1 (MQ=255) tccTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGAAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCAACCACAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑a < 1:1317396/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTc < 1:936453/107‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTc > 2:936453/1‑107 (MQ=255) 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aaGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTg > 2:519027/1‑150 (MQ=255) ttAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGc < 2:1811287/138‑1 (MQ=255) ttAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGc > 1:1811287/1‑138 (MQ=255) gCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑a > 2:478225/1‑96 (MQ=255) gCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑a < 1:478225/96‑1 (MQ=255) gCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTc < 2:1576111/150‑1 (MQ=255) gCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTc > 1:1783538/1‑150 (MQ=255) gCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGCCCGTCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTc > 1:1260587/1‑150 (MQ=255) aaCCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCGGCGAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTCGc > 1:1635242/1‑150 (MQ=255) aaCCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTCGc < 1:209269/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTCGCCa < 2:1733108/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTATCGGCCGAACAAACGCGTGGCGGC‑GTGGCCATGAAGCGCACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTCGCCa > 1:514967/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGACGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCACCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTCGCCaga < 1:328121/150‑1 (MQ=255) | CTGGCGGGCCAGGCCTGCTGGGCAGAGGACCTGATGGACAATGCCGACCTTGCACCCGGCAACGACCTCGGTGAACCAGTGATCATCCGCCTGCTGCCGGCCGGTGCCGGCCAGGCTGCGGTGATCGAGCAACAAGGGTTAGGCAACCGCGCCGCCCTCGACCAGAACGGTCAGGCCCTTCTGGGCCGTATCGTCCAGT‑CCGGCGGTGCCCAGGAAGCGTACATCTTGCAGGAAGGC‑AGTGACCTGATGGCCATCATCAGCCAACAGGGAAATGGCAACAGTGCGTCGATTCGCCAGA > NC_002947/3850599‑3850896 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |