| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5816894 = | 26 (0.350) | 13 (0.180) | 10/244 | NT | 26.5% | intergenic (+24/+105) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
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CACGCTCCACGCCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAAC > NC_002947/5816745‑5817041 | cacgctccacgcCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCg < 2:1070031/150‑1 (MQ=255)cacgctccacgcCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCg > 1:1356520/1‑150 (MQ=255)cacgctccacgcCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGAACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGGGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCg > 1:1745805/1‑150 (MQ=255) cgctccacgcCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGAACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGGGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGc < 2:1745805/150‑1 (MQ=255) cGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCgg < 1:572570/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGC > 2:748376‑M1/1‑150 (MQ=255) ggTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCT > 1:44540‑M1/1‑150 (MQ=255) gTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTC > 2:1174112‑M1/1‑150 (MQ=255) tGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGCAAATACGGCAGCTGAGTCTTGCCATGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaa < 1:231420‑M1/150‑4 (MQ=255) tGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaa < 2:147612‑M1/150‑4 (MQ=255) gcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 1:471545‑M1/123‑150 (MQ=255) aGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaagg < 1:1665034‑M1/150‑6 (MQ=255) aGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCA < 1:1107064‑M1/150‑1 (MQ=255) aTCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 1:217673‑M1/150‑1 (MQ=255) ggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaGGCCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 2:1435932‑M1/34‑1 (MQ=255) acacCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAg > 1:1052869/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAGGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAtgtga > 2:942122‑M1/1‑145 (MQ=255) cTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGcgcg > 1:1752754/1‑150 (MQ=255) 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ttACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAgcgc < 2:82100/137‑1 (MQ=255) ttACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAgcgc > 1:82100/1‑137 (MQ=255) cTGGCAGAAGCACGACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCa < 2:853820/150‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCATCCTAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAg > 1:1893789/1‑150 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCg < 1:344061/94‑1 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCg > 2:344061/1‑94 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGAt < 1:1443399/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgt < 2:11652‑M1/85‑35 (MQ=255) cGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgt > 1:11652‑M1/1‑51 (MQ=255) ggCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTCCTACATGCCTCTCATCAACTCACGGTccc > 2:240522/1‑150 (MQ=37) ggCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTccc > 1:876635/1‑150 (MQ=255) ccGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCGCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCATTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAAc < 1:240522/150‑1 (MQ=255) | CACGCTCCACGCCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAAC > NC_002947/5816745‑5817041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |