| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | = 5903842 | 54 (0.720) | 12 (0.180) | 7/222 | NT | 18.7% | intergenic (+42/+65) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | = 5903870 | 57 (0.870) | intergenic (+70/+37) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGA > NC_002947/5903693‑5903991 | gAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGG > 2:1486331‑M1/1‑150 (MQ=255)gAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTACCACAGGG < 1:927266‑M1/150‑1 (MQ=255) gtgtgtGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCGCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcac < 1:1451289/150‑1 (MQ=255) tgtgtgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcacc > 1:1662313/1‑150 (MQ=255) gtgtgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcacca < 2:933804/150‑1 (MQ=255) ggTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACaa < 1:568904/149‑1 (MQ=255) ggTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACaa > 2:568904/1‑149 (MQ=255) tGTAGCCCGGTATATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 1:761972/150‑1 (MQ=255) tcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa > 2:1799212‑M1/118‑150 (MQ=255) tAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAgg < 2:692977/150‑1 (MQ=255) ggTACGGTGTCGCCAATCCATTGAGAGCTAGCGAAATCAAAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAGCCTGAAGGCTGTGa < 2:311470/150‑1 (MQ=255) gattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggacctatcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGTGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAg > 1:712166‑M1/109‑150 (MQ=255) cATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGATGATGGAACCTTAACGAGCAAGCTCGCGCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTc < 1:1377132‑M2/150‑2 (MQ=255) aTTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTcc > 2:180109‑M2/1‑148 (MQ=255) ttgttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGctcacagccttcaggg > 1:807528‑M1/1‑119 (MQ=255) ttgttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGctcacagccttcaggg > 1:807423‑M1/1‑119 (MQ=255) ttgttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGctcacagccttcaggg < 2:807423‑M1/135‑17 (MQ=255) ttgttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGctcacagccttcaggg < 2:807528‑M1/135‑17 (MQ=255) ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |