| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5903842 | 54 (0.720) | 12 (0.180) | 7/222 | NT | 18.7% | intergenic (+42/+65) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | = 5903870 | 57 (0.870) | intergenic (+70/+37) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
CATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCT > NC_002947/5903722‑5904019 | cATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGATGATGGAACCTTAACGAGCAAGCTCGCGCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTc < 1:1377132‑M2/150‑2 (MQ=255) aTTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTcc > 2:180109‑M2/1‑148 (MQ=255) ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgt > 1:25126‑M2/1‑144 (MQ=255) gCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgg > 1:102244‑M2/1‑142 (MQ=255) gCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgg > 1:786893‑M2/1‑142 (MQ=255) gcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTgg > 2:614437‑M1/99‑150 (MQ=255) ccAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgg < 1:1434916‑M2/149‑9 (MQ=255) ccAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgg > 2:1434916‑M2/1‑141 (MQ=255) ccAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTAGC‑CACATTGGGATTCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtggg < 2:1316604‑M2/150‑10 (MQ=255) gatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGACCTC‑ACAACCCTGAAGGCTGTGAGGt < 2:252176‑M1/43‑1 (MQ=255) gatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGACCTC‑ACAACCCTGAAGGCTGTGAGGt > 1:252176‑M1/97‑139 (MQ=255) ttGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCg > 2:1421502/1‑150 (MQ=255) ttGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCg > 1:1581345/1‑150 (MQ=255) ggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc > 1:1328957‑M1/87‑150 (MQ=255) ggCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGccc < 1:191399/150‑1 (MQ=255) cTGGCTTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCCGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc < 2:947761/150‑1 (MQ=255) cTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc > 1:1723402/1‑150 (MQ=255) aTTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaaa < 1:1519257/150‑1 (MQ=255) 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tCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGTGCGTGCCCGCGAAAGGGcc > 2:1164965/1‑150 (MQ=255) aaGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGt < 1:1734740/150‑1 (MQ=255) aaGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGCTCCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGt > 2:523359/1‑150 (MQ=255) tCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGc < 1:1047640/150‑1 (MQ=255) gccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtg > 1:1746290‑M1/64‑112 (MQ=255) gccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtg < 2:1746290‑M1/49‑1 (MQ=255) aCTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc > 2:803113/1‑122 (MQ=255) aCTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 1:803113/122‑1 (MQ=255) cTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCa < 2:1662313/150‑1 (MQ=255) cacaTTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATTTCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCAc > 1:1384608/1‑150 (MQ=255) ttGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCAc > 2:732371/1‑146 (MQ=255) ttGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCAc < 1:732371/146‑1 (MQ=255) tGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCgg < 1:1509507/149‑1 (MQ=255) tGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCgg > 2:1509507/1‑149 (MQ=255) tGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCAGTCCCGAAACAGATACCCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCggg > 2:1910739/1‑150 (MQ=38) tATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCtt > 2:364665/1‑150 (MQ=255) aTGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTg > 1:1627744/1‑150 (MQ=255) 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cacaGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaa < 2:121490‑M2/128‑94 (MQ=255) cacaGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaa > 1:121490‑M2/1‑35 (MQ=255) CACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGcc < 1:26123‑M1/150‑1 (MQ=255) AGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCctgc > 1:821457‑M1/1‑150 (MQ=255) tCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAAt > 2:361202/1‑150 (MQ=255) 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cccTGAAGGCTGTGAG‑cctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaacaa < 2:807423‑M2/135‑119 (MQ=255) cccTGAAGGCTGTGAG‑cctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaacaa < 2:807528‑M2/135‑119 (MQ=255) cccTGAAGGCTGTGAG‑cctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaacaa > 1:807423‑M2/1‑17 (MQ=255) cccTGAAGGCTGTGAG‑cctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaacaa > 1:807528‑M2/1‑17 (MQ=255) cTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGAGGGCATGCCGGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcgac > 1:1709669/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcgacg > 2:1861597/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACACAGCCACCTGCGCCGTGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGGCCTCTGAATCGCCTTGcgacg > 1:1039326/1‑150 (MQ=255) gAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGAcc > 2:168366/1‑87 (MQ=255) gAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGAcc < 1:168366/87‑1 (MQ=255) gAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcgacga > 1:1137437/1‑150 (MQ=255) aGGCTGTGAGGTCCCTGTGGTAGTGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGacgacg > 2:487125/1‑150 (MQ=255) cTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGt > 1:1071319/1‑98 (MQ=255) cTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTCCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGt < 2:1071319/98‑1 (MQ=255) tgtgAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAAGCGCCTTGCGAACACGctct > 2:45971/1‑150 (MQ=255) tgAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTc > 1:1874334/1‑150 (MQ=255) gTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCCGCCAGGCCGACGAAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGcc > 1:1775575/1‑150 (MQ=255) gTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGcc < 1:1421502/150‑1 (MQ=255) tCCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAAGTCAGGCCGACGGAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCGCTTCGGccc > 2:217821/1‑149 (MQ=255) | CATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATC‑CACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCT > NC_002947/5903722‑5904019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |