| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4075786 | NA (NA) | 56 (0.790) | 45/240 | NT | 96.7% | intergenic (‑328/+113) | PP_3586/tpx | transposase/2‑Cys peroxiredoxin |
| ? | NC_002947 | = 4957611 | 2 (0.030) | intergenic (‑49/+114) | fliH/fliG | flagellar assembly protein FliH/flagellar motor switch protein | |||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGCAC > NC_002947/4957462‑4957760 | gCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGa < 2:667683‑M2/150‑2 (MQ=255) gCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGa > 2:803610‑M2/1‑149 (MQ=255) cTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGat > 1:1350914‑M2/1‑148 (MQ=255) tCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatc < 1:1900088‑M2/150‑4 (MQ=255) atgttgaacaaggtcttgaagagttcgaaacaagaagacaagaccggtaggtcagggctttgctaagaaaggcccggaatctggggtataaactggtggacgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgaggaGAGCgg > 2:212887‑M1/145‑150 (MQ=255) tgttgaacaaggtcttgaggtgttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCggg > 2:1739184‑M1/144‑150 (MQ=255) ccGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatca > 1:683296‑M2/1‑146 (MQ=255) ccGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATAAGGCCCCGAGGGTAGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAACCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatca > 2:454599‑M2/1‑146 (MQ=255) aacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCAc > 2:1901918‑M1/139‑150 (MQ=255) tcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGaa < 2:41276‑M1/19‑1 (MQ=255) cGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttcc > 1:146547‑M2/1‑134 (MQ=255) gAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGCGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTGGTAGGAGagcacccagcccttccg < 1:124148‑M2/150‑18 (MQ=255) ttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATg < 2:845833‑M1/21‑1 (MQ=255) gCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggc < 2:260947‑M2/150‑21 (MQ=255) aggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGt < 1:1724835‑M1/24‑1 (MQ=255) aggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGt < 2:348719‑M1/24‑1 (MQ=255) gagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaTAGCTGGTTCACCCGCGAATGCGTCg < 1:747243‑M1/26‑1 (MQ=255) gaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCg < 1:591917‑M1/32‑1 (MQ=255) gaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCg < 1:1369462‑M1/32‑1 (MQ=255) accagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCcg < 1:606978‑M1/15‑1 (MQ=255) cagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGa < 1:1812388‑M1/33‑1 (MQ=255) cagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGa > 2:1812388‑M1/114‑146 (MQ=255) acacaTCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAAc > 2:271279/1‑150 (MQ=255) cacaTCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcag > 1:260947‑M2/1‑115 (MQ=255) agccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCg > 2:591917‑M1/110‑150 (MQ=255) ccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgattagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGAt < 1:418417‑M1/43‑1 (MQ=255) caagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGc > 2:1563798‑M1/107‑110 (MQ=255) caagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGAtt < 1:1595170‑M1/44‑1 (MQ=255) 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cTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaaac < 2:1287731‑M2/150‑48 (MQ=255) ggcgcgggCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacgg > 1:1287731‑M2/3‑97 (MQ=255) tccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAAGCACTATTGCCAGGACCGacc < 2:1789370‑M1/57‑2 (MQ=255) gggctttgcgaagcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTAGATTGCCAGGACCGACGCCt < 1:265778‑M1/60‑1 (MQ=255) cgGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttc > 2:1425725‑M2/1‑93 (MQ=255) 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gatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgtgcgcg > 2:1375688‑M2/1‑1 (MQ=255) gatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctaacattttgaaaaagaaaaggcggttctcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgtgcgcg < 1:116747‑M2/150‑150 (MQ=255) | GGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGCAC > NC_002947/4957462‑4957760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |