New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5382446 = | 36 (0.950) | 6 (0.210) | 6/200 | 3.0 | 23.3% | intergenic (+18/+115) | smpB/pdhR | SsrA‑binding protein/DNA‑binding transcriptional regulator LldR |
? | NC_002947 | 5382544 = | 13 (0.470) | intergenic (+116/+17) | smpB/pdhR | SsrA‑binding protein/DNA‑binding transcriptional regulator LldR |
TGTGCGGAACAAGGGCAAGGAAGAGTAACTACTCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGACAA > NC_002947/5382401‑5382691 | tgtgGGGAACGAGGGCAAGGAAGAGTAACTCCTCTTCAACCTGTTCGGGCCGCTTCGGGGGCAGGCGTGCGCCGATAGGATTGGCAGCGTATTCCAGCCCGTCGCCGAGCCTGTGGGCGCTGGCTTGCCTGCGAAGAGGCCGGTACTGcc < 2:123746/150‑1 (MQ=255) gTAACTACTCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTgc > 1:494580/1‑150 (MQ=255) tactCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGc < 2:533112/130‑1 (MQ=255) tactCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGc > 1:533112/1‑130 (MQ=255) TCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTggg < 2:378629‑M1/150‑1 (MQ=255) TCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTggg < 1:465128‑M1/150‑1 (MQ=255) AAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTgc < 2:828535‑M1/150‑1 (MQ=255) AAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTgc > 2:465128‑M1/1‑150 (MQ=255) AGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTgcg < 2:527651‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGcc < 2:779319‑M1/150‑1 (MQ=255) ccacaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgca > 1:358672‑M2/72‑150 (MQ=255) cacaggataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgcag > 1:828376‑M2/71‑150 (MQ=255) CACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATgcag < 2:300201‑M1/150‑1 (MQ=255) GGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCAcc < 2:47010‑M1/150‑1 (MQ=255) gataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGc < 2:511642‑M2/41‑1 (MQ=255) gataggcgccgggcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGc > 1:511642‑M2/66‑106 (MQ=255) AATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTc > 2:494580‑M1/1‑150 (MQ=255) aCCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCa < 2:130304/133‑1 (MQ=255) aCCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCa > 1:130304/1‑133 (MQ=255) gATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATAc < 1:378629/150‑1 (MQ=255) gcttgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACa < 2:828376‑M2/97‑1 (MQ=255) ttCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACaa > 1:147673/1‑150 (MQ=255) ggcAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCACCGGCACGTACaa > 2:435433/3‑150 (MQ=255) tgaatctggtgccattcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACaaaa < 2:358672‑M2/100‑1 (MQ=255) cAATCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGTGCTTGTCCGCGAAGATGCCGGTACTGCACATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCTCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACaaac < 2:392438/150‑2 (MQ=255) aaGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGc < 2:681428/103‑1 (MQ=255) aaGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGc > 1:681428/1‑103 (MQ=255) ccGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGc < 2:147673/150‑1 (MQ=255) tcctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAAGCGGGCGGCTGGaca > 2:915443‑M2/36‑150 (MQ=255) cctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCTTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGacac < 1:828535‑M2/116‑1 (MQ=255) ctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGc > 2:350676‑M2/34‑138 (MQ=255) ctgtgggagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGc < 1:350676‑M2/105‑1 (MQ=255) gagcgggcttgcccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCcgc < 1:435433‑M2/123‑1 (MQ=255) cccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCAtc < 2:249288‑M2/128‑1 (MQ=255) cccgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCAtc > 1:249288‑M2/17‑144 (MQ=255) cgcgaagaggccggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTACTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCgccc > 1:210492‑M2/15‑150 (MQ=255) ggTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGACaa > 2:245114‑M2/3‑150 (MQ=255) | TGTGCGGAACAAGGGCAAGGAAGAGTAACTACTCTTCAACCTGTTCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGAATGGCACCAGATTCAAGCCCGGCGCCTATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGCCCATAAAAGCCTCAGCGCCCGCTGCGCCGCTCTGCCCGCGCCACCCGCTGGGCTTCTTCGTGCGCCTCATGCAGCACCTCCTGCACATACAAAATGTGCCGGCTGGACACCTCCCGCGCATCCTCCGCCCTGCCCTCGACAA > NC_002947/5382401‑5382691 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |