New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 358055 = | 43 (0.650) | 19 (0.380) | 16/200 | 2.9 | 46.2% | intergenic (+20/‑110) | tdcG‑I/PP_5441 | L‑serine dehydratase/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 358133 = | 12 (0.240) | intergenic (+98/‑32) | tdcG‑I/PP_5441 | L‑serine dehydratase/hypothetical protein |
CCACACTGATCGCGACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/358230‑358055 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGGCGC > NC_002947/358133‑358281 CCACACTGATCGCGACATCCGACGATCGGTAGGCGGTGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAG < 2:343423/150‑1 ACACTGATCGCGACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGA < 2:731010/150‑1 CACTGATCGCGACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCCCCGAACCATAAAGTGGCATAGGCTGTTGTGTTGAACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCTGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAG < 2:768422/150‑1 ACTGATCGCGACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCCCCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGC < 2:1641799/150‑1 CGCGACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTT < 1:928505/150‑1 CGACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCACCAGCCTCAATGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAAAGACTTCGCAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGC < 1:874264/150‑1 ACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCC < 1:1023053/150‑1 GACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAG > 1:320826/1‑150 CGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAG > 2:9898/1‑124 CGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAG < 1:9898/124‑1 GGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGG > 2:673162/1‑123 GGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGG < 1:673162/123‑1 ATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCG < 2:1320255/91‑1 ATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCG > 1:1320255/1‑91 ACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAG < 1:292843/69‑1 ACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAG > 2:292843/1‑69 ggTGCAACAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGG < 1:398445/67‑1 ggTGCAACAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGG > 2:398445/3‑69 GCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCG > 2:1476600/1‑55 GCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCG > 2:1476475/1‑55 GCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCG < 1:1476475/55‑1 GCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCG < 1:1476600/55‑1 TTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTG > 2:565051/1‑42 TTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTG < 1:565051/42‑1 TCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTAT > 1:1568406/1‑88 TCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTAT < 2:1568406/88‑1 CTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAT > 2:510541/1‑107 CTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAT < 1:510541/107‑1 TACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGG > 1:845278/1‑150 TACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGG > 2:986569/1‑150 TACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCG > 1:1330056/1‑130 TACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCG < 2:1330056/130‑1 TACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAT > 1:204166/1‑106 TACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAT < 2:204166/106‑1 TACAGGGATTGCACACTTCCTCGATGAGCGGGCTTGGCCTCGTTGAGGCTCTTGAGGCCGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGG > 1:868574/1‑150 ACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGC > 2:1087772/1‑150 AGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGA > 2:276139/1‑129 AGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGA < 1:276139/129‑1 GGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGC < 1:182914/96‑1 GGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGC > 2:182914/1‑96 GGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGAT > 1:904758/1‑128 GGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGAT < 2:904758/128‑1 TGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGG < 1:1087772/150‑1 CCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTA > 2:1172611/1‑150 CTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAA > 2:615262/1‑150 TGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAA > 2:1178937/1‑150 TGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAA < 2:868574/150‑1 TTGCCCGCGAAGTGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGT < 1:591126/127‑1 TTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACCCACCTGACCACGTTTTGTGATTGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTG < 2:874264/150‑1 TTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTG < 1:1172611/150‑1 TTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGT > 2:591126/1‑127 TTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATAAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTG > 2:806557/1‑150 TGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGCTCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGG < 1:768422/150‑1 TGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGG < 2:1023053/150‑1 AAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGG < 2:177539/142‑1 AAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGG > 1:177539/1‑142 GGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCTCCTATGCGTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCACGCCTACCGATAGTCGGATGTCGCGATGAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTTGGAGACCCATGag > 1:810440/1‑148 CTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGCCCCTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGGCGC < 1:806557/150‑1 CTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGGCGC > 2:1001482/1‑150 CCACACTGATCGCGACATCCGACGATCGGTAGGCGGGGCGCCCATCACCGCACCATAAAGAGGCATAGGCGGTTGTGTTGCACCTGCATCAGCCTCAAGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/358230‑358055 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGGCGC > NC_002947/358133‑358281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |