| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 358055 = | 43 (0.650) | 19 (0.380) | 16/200 | 2.9 | 46.2% | intergenic (+20/‑110) | tdcG‑I/PP_5441 | L‑serine dehydratase/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 358133 = | 12 (0.240) | intergenic (+98/‑32) | tdcG‑I/PP_5441 | L‑serine dehydratase/hypothetical protein | |||||
CTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGGCGC > NC_002947/358022‑358281 | cTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCtt > 2:1233843/1‑113 (MQ=255)cTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCtt < 1:1233843/113‑1 (MQ=255) ttCTGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATAGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCt > 2:320826/1‑150 (MQ=255) CTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAtcgtc > 1:320826‑M1/1‑150 (MQ=255) GGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGt < 1:1023053‑M1/150‑1 (MQ=255) GCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGCGAAGTCTTTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCATTGAGGCTGGTGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTcg < 1:874264‑M1/150‑1 (MQ=255) AAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTcgcg < 1:928505‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGcccc > 2:673162‑M1/1‑123 (MQ=255) CCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGcccc < 1:673162‑M1/123‑1 (MQ=255) CGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTAt > 1:1320255‑M1/1‑91 (MQ=255) CGCTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTAt < 2:1320255‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGGGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAgt < 2:1641799‑M1/150‑1 (MQ=255) CTCCTACAGGGATTGCACAGTTCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCAGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTTCAACACAACAGCCTATGCCACTTTATGGTTCGGGGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAgtg < 2:768422‑M1/150‑1 (MQ=255) tcctacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTAt > 1:1568406‑M2/55‑88 (MQ=255) tcctacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTAt < 2:1568406‑M2/34‑1 (MQ=255) TCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAgtgt < 2:731010‑M1/150‑1 (MQ=255) CCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGTTgcacc < 1:398445‑M1/69‑3 (MQ=255) CCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGTTgcacc > 2:398445‑M1/1‑67 (MQ=255) ctacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAt < 1:510541‑M2/55‑1 (MQ=255) ctacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAt > 2:510541‑M2/53‑107 (MQ=255) CTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGt < 1:292843‑M1/69‑1 (MQ=255) CTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGt > 2:292843‑M1/1‑69 (MQ=255) CTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCg < 1:9898‑M1/124‑1 (MQ=255) CTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCg > 2:9898‑M1/1‑124 (MQ=255) CTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCACCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTgg < 2:343423‑M1/150‑1 (MQ=255) tacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAt < 2:204166‑M2/55‑1 (MQ=255) tacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGAt > 1:204166‑M2/52‑106 (MQ=255) tacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAtcgtcg < 2:1330056‑M2/79‑1 (MQ=255) tacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAtcgtcg > 1:1330056‑M2/52‑130 (MQ=255) tacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTggg > 1:845278‑M2/52‑150 (MQ=255) tacagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTggg > 2:986569‑M2/52‑150 (MQ=255) tacagggattgcacacttcctcgatgagcgggcttggcctcgttgaggctcTTGAGGCCGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTggg > 1:868574‑M2/52‑150 (MQ=255) acagggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGc > 2:1087772‑M2/51‑150 (MQ=255) agggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGa > 2:276139‑M2/49‑129 (MQ=255) agggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGa < 1:276139‑M2/81‑1 (MQ=255) gggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGc > 2:182914‑M2/48‑96 (MQ=255) gggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGc < 1:182914‑M2/49‑1 (MQ=255) ggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGAt < 2:904758‑M2/82‑1 (MQ=255) ggattgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGAt > 1:904758‑M2/47‑128 (MQ=255) tgcacagttcctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCgg < 1:1087772‑M2/108‑1 (MQ=255) tgCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTg < 2:928505/150‑1 (MQ=255) tgCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTg > 1:713121/1‑150 (MQ=255) tgCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCCGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTg > 2:412541/1‑150 (MQ=255) gCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGa < 2:713121/150‑1 (MQ=255) aTCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAt > 2:1214556/1‑110 (MQ=255) aTCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAt > 2:1214557/1‑110 (MQ=255) aTCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAt < 1:1214556/110‑1 (MQ=255) aTCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGAt < 1:1214557/110‑1 (MQ=255) aTCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGacac > 1:1027741/1‑150 (MQ=255) cctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTa > 2:1172611‑M2/34‑150 (MQ=255) ctgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTaa > 2:615262‑M2/33‑150 (MQ=255) tgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTaaa < 2:868574‑M2/119‑1 (MQ=255) tgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTaaa > 2:1178937‑M2/32‑150 (MQ=255) ttgcccgcgaagtggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGt < 1:591126‑M2/109‑1 (MQ=255) ttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACCCACCTGACCACGTTTTGTGATTGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTg < 2:874264‑M2/132‑1 (MQ=255) ttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGt > 2:591126‑M2/19‑127 (MQ=255) ttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTg < 1:1172611‑M2/132‑1 (MQ=255) ttgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATAAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTg > 2:806557‑M2/19‑150 (MQ=255) tgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGCTCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTgg < 1:768422‑M2/133‑1 (MQ=255) tgcccgcgaagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTgg < 2:1023053‑M2/133‑1 (MQ=255) aagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTgg > 1:177539‑M2/10‑142 (MQ=255) aagaggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTgg < 2:177539‑M2/133‑1 (MQ=255) ggcccTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCTCCTATGCGTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCACGCCTACCGATAGTCGGATGTCGCGATGAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTTGGAGACCCatgag > 1:810440‑M2/6‑148 (MQ=255) cTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGCCCCTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGgcgc < 1:806557‑M2/149‑1 (MQ=255) cTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGgcgc > 2:1001482‑M2/2‑150 (MQ=255) | CTATCGAGTGCTGATTTTCTGAGCTGACCTTCTGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACAGGAACTGTGCAATCCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCTTGAGGCTGATGCAGGTGCAACACAACCGCCTATGCCTCTTTATGGTGCGGTGATGGGCGCCCCGCCTACCGATCGTCGGATGTCGCGATCAGTGTGGGCGTTGTCGGTGACACTTAAAGGTGTCGCTTCTGGGAAACCCATGCGGCGC > NC_002947/358022‑358281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |