| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4075786 | NA (NA) | 69 (1.060) | 48/254 | 0.4 | 98.7% | intergenic (‑328/+113) | PP_3586/tpx | transposase/2‑Cys peroxiredoxin |
| ? | NC_002947 | = 4957611 | 1 (0.010) | intergenic (‑49/+114) | fliH/fliG | flagellar assembly protein FliH/flagellar motor switch protein | |||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGCAC > NC_002947/4957462‑4957760 | cttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgagag > 2:1542964‑M1/148‑150 (MQ=255) ttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGc < 2:450930‑M1/4‑1 (MQ=255) tatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCg > 1:86301‑M1/146‑150 (MQ=255) acaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCAcc < 2:1488624‑M1/13‑1 (MQ=255) caaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGc < 2:1337838‑M1/4‑1 (MQ=255) cGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttcc > 1:1110178‑M2/1‑134 (MQ=255) gAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGTTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccg < 2:1129627‑M2/150‑18 (MQ=255) gAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccg < 1:1354424‑M2/150‑18 (MQ=255) tgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaatcaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGtaaacccgctctcat > 2:554645‑M1/129‑144 (MQ=255) gttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGc < 2:246309‑M1/28‑1 (MQ=255) ttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCa > 1:668365‑M1/122‑150 (MQ=255) ttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaaacccggaaactgggggatcaactggtggccgcttgagtgctaagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGCATGCGTCGGCa < 1:1499013‑M1/29‑1 (MQ=255) aaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGa < 1:393145‑M1/33‑1 (MQ=255) tCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgc > 2:573413‑M2/1‑119 (MQ=255) aaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCggg > 2:83987‑M1/117‑123 (MQ=255) aaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCggg < 1:83987‑M1/7‑1 (MQ=255) acacaTCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgca > 1:597333‑M2/1‑116 (MQ=255) aagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTc > 1:496563‑M1/111‑150 (MQ=255) tCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCCGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaa > 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gCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatga > 1:1370194‑M2/1‑106 (MQ=255) gCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatga > 2:1354424‑M2/1‑106 (MQ=255) ccTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgagg > 1:1688494‑M2/1‑104 (MQ=255) ccTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaa > 2:612592‑M2/1‑104 (MQ=255) ccTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaa < 1:612592‑M2/143‑40 (MQ=255) ggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGa > 2:1451645‑M1/100‑150 (MQ=255) gcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGAc < 2:679416‑M1/34‑1 (MQ=255) gAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgta < 1:157548‑M2/150‑51 (MQ=255) ggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCggg < 2:1372455‑M1/7‑1 (MQ=255) gtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGt > 2:1683782‑M1/95‑102 (MQ=255) tccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACg < 2:804439‑M1/57‑1 (MQ=255) cgggctttgcgaagcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAAt > 1:1448997‑M1/92‑111 (MQ=255) ctcttccgatctggtCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtctcgcagcaaacatgaggtgtacggcttca > 1:1325333‑M2/8‑92 (MQ=255) gctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCgg < 2:378757‑M1/27‑1 (MQ=255) tgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCgg > 1:22473‑M1/85‑150 (MQ=255) tgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGAAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCgg > 1:986122‑M1/85‑150 (MQ=255) cttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGt < 2:648132‑M1/68‑1 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gtggtgTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacatt < 1:1148980‑M2/150‑81 (MQ=255) ggtgTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacatttt > 1:710103‑M2/1‑68 (MQ=255) ggtgTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgct > 2:1524078‑M2/1‑68 (MQ=255) ggtgTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgct < 1:1524078‑M2/94‑27 (MQ=255) tgtTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttga < 1:1337254‑M2/150‑85 (MQ=255) tggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGAc < 1:212332‑M1/52‑1 (MQ=255) 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gTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacatttt < 2:865017‑M2/96‑83 (MQ=255) tGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgt < 1:570247‑M2/150‑143 (MQ=255) gTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtg < 2:314239‑M2/150‑144 (MQ=255) tAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacttgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgt > 1:1036761‑M2/1‑6 (MQ=255) tAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttcctcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgt > 1:699382‑M2/1‑6 (MQ=255) tAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgt < 2:1005385‑M2/150‑145 (MQ=255) tAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgt < 1:3412‑M2/150‑145 (MQ=255) tAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgaagcaaacatgaggtgtacgggttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttgggccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgt < 2:499805‑M2/150‑145 (MQ=255) aGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaa > 2:1285‑M2/1‑5 (MQ=255) ggAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgtgc > 1:1211899‑M2/1‑4 (MQ=255) ggAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgtgc < 2:1156185‑M2/150‑147 (MQ=255) gagatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagcc < 1:1080660‑M2/121‑119 (MQ=255) gagatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagcc > 2:1080660‑M2/1‑3 (MQ=255) GAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGc < 1:1437197‑M1/150‑1 (MQ=255) GAGCGGGTTCACCCGCGAATGAGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGc < 2:1628907‑M1/150‑1 (MQ=255) agatcacccaacccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcaccgacgctgacattatgaaaaagaaaaggcggctggcccggtagggccagccgcctcttgcatcgttacggttcgtgtgcgc < 2:100938‑M2/150‑149 (MQ=255) AGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGCa > 1:1683326‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATAACCGCGAACATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGCAc < 2:565546‑M1/150‑1 (MQ=255) | GGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGCAC > NC_002947/4957462‑4957760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |