| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 655800 = | 17 (0.900) | 9 (0.500) | 8/236 | NT | 36.5% | coding (546/1356 nt) | PP_0563 | two‑component system response regulator |
| ? | NC_002947 | 655828 = | 15 (0.830) | coding (518/1356 nt) | PP_0563 | two‑component system response regulator | |||||
TCCGGGCCGGTGCAGGCCGGCATGTACAGGTCGAGGATGATCAGGTCGGGCTGGAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGACCGCCGGCGCGCACTGCGGCAAGGCG > NC_002947/655681‑655973 | tCCGGGCCGGTGCAGGCCGGCATGTACAGGTCGAGGATGATCAGGTCGGGCTGGAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCtgt > 2:31056/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCGGCATGTACAGGTCGAGGATGATCAGGTCGGGCTGGAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAAtc < 1:31056/150‑1 (MQ=255) cATGTACAGGTCGAGGATGATCAGGTCGGGCTGGAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCgatgat < 2:507881/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGGATGATCAGGTCGGGCTGGAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCAcgc > 2:2924/1‑150 (MQ=255) ctgctggaaaaggtcgaactgctgaccaacaccgcccctcacgacccgttgcgcgtgctgatcatcgacgattcgcgcacacaggccagtacacgctcggtgtacatggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCa < 1:21042‑M2/25‑1 (MQ=255) ctgctggaaaaggtcgaactgctgaccaacaccgcccctcacgacccgttgcgcgtgctgatcatcgacgattcgcgcacacaggccagtacacgctcggtgtacatggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCa > 2:21042‑M2/112‑136 (MQ=255) ggCTGGAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCg < 1:296455/150‑1 (MQ=255) cgggAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGgt < 2:197888/148‑1 (MQ=255) caacaccgcccctcacgacccgttgcgcgtgctgatcatcgacgattcgcgcacacaGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCt < 1:169096‑M1/29‑1 (MQ=255) caacaccgcccctcacgacccgttgcgcgtgctgatcatcgacgattcgcgcacacaGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCt > 2:169096‑M1/58‑86 (MQ=255) ggATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCcagca > 1:310873/1‑150 (MQ=255) ggtcggtcAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTgg < 1:151927/150‑1 (MQ=255) tcggtcAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTca > 2:84589/1‑121 (MQ=255) tcggtcAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTca < 1:84589/121‑1 (MQ=255) tgatcatcgacgattcgcgcacacaGGCCATGTACACCGAGC‑GTGTAC‑TGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCcagcag > 2:21042‑M1/26‑136 (MQ=255) tgatcatcgacgattcgcgcacacaGGCCATGTACAC‑CGAGCGTGTAC‑TGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCcagcag < 1:21042‑M1/111‑1 (MQ=255) tGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAAtcgtc < 2:270299/67‑1 (MQ=255) tGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAAtcgtc > 1:270299/1‑67 (MQ=255) gCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTga < 1:2924/150‑1 (MQ=255) aggccatgtacaccgagcgtgtactggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTg < 1:169096‑M2/57‑1 (MQ=255) aggccatgtacaccgagcgtgtactggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTg > 2:169096‑M2/30‑86 (MQ=255) gccatgtacaccgagcgtgtactggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGa < 1:414949‑M2/120‑1 (MQ=255) gccatgtacaccgagcgtgtactggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGa > 2:414949‑M2/28‑147 (MQ=255) gccatgtacaccgagcgtgtactggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGAccg > 1:94969‑M2/28‑150 (MQ=255) ccatgtacaccgagcgtgtactggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGgt < 1:272165‑M2/53‑1 (MQ=255) ccatgtacaccgagcgtgtactggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGgt > 2:272165‑M2/27‑79 (MQ=255) gCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGa < 2:309182/137‑1 (MQ=255) gCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGa > 1:309182/1‑137 (MQ=255) gCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGACCGCCGGCGCGCa > 2:27938/1‑150 (MQ=255) cATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGACCGCCGGCGCGCACTGCGGCAAg > 1:476909/1‑150 (MQ=255) ggccTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGACCGCCGGCGCGCACTGCGGCAAGGCg < 2:310873‑M2/146‑1 (MQ=255) | TCCGGGCCGGTGCAGGCCGGCATGTACAGGTCGAGGATGATCAGGTCGGGCTGGAAGTCGGCAAGCTCGGCCATGGTGCGGATCGGGTCGGTCAGGCTGCGGGTGAGCATGCCGGCGCCGGCCA‑GTACACGCTCG‑GTGTACATGGCCTGTGTGCGCGAATCGTCGATGATCAGCACGCGCAACGGGTCGTGAGGGGCGGTGTTGGTCAGCAGTTCGACCTTTTCCAGCAGGCTGGAAGCTTCCAGACTGCCGGTGAGAAAGTCCTGACCGCCGGCGCGCACTGCGGCAAGGCG > NC_002947/655681‑655973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |