New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5477138 = | 40 (1.340) | 9 (0.430) | 7/198 | 1.6 | 33.2% | intergenic (+3/+109) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
? | NC_002947 | 5477237 = | 8 (0.380) | intergenic (+102/+10) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
CTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCA > NC_002947/5476989‑5477281 | cTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGt > 1:376972/1‑150 (MQ=255) aGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGc < 2:124038/150‑1 (MQ=255) aGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGc < 1:235713/150‑1 (MQ=255) aGCCTGACATTGGTGCAACCCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGc < 2:424897/150‑1 (MQ=255) atcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattagccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtat < 2:347726‑M1/1‑1 (MQ=255) atcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattagccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtat > 1:347726‑M1/142‑142 (MQ=255) aTTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCg < 1:269586/150‑1 (MQ=255) tGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGc < 2:613890/150‑1 (MQ=255) cagcagACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCggt < 2:72302/150‑2 (MQ=255) gACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAc < 2:481757/150‑1 (MQ=255) gttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAcc < 1:354119‑M1/31‑1 (MQ=255) ccAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 1:142990/1‑150 (MQ=255) aagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:111878‑M1/112‑150 (MQ=255) ccTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGTTCAGGTATCAATATTGATGtt < 1:322055/110‑1 (MQ=255) ccTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGtt > 2:322055/1‑110 (MQ=255) cTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑a > 1:139721/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGC‑a > 1:256995/1‑150 (MQ=255) ccGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑Cgg < 2:652428/150‑1 (MQ=255) gtgtGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAc > 1:74281/1‑125 (MQ=255) gtgtGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAAc < 2:74281/125‑1 (MQ=255) gtgtGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCt > 1:442663/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAg > 1:543453/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAg > 2:354119/1‑150 (MQ=255) gattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCg > 1:333258‑M1/83‑150 (MQ=255) gtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGTCTGTGACGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 2:146976/150‑1 (MQ=255) gtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 2:159863/150‑1 (MQ=255) gtTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgc < 2:485964/150‑2 (MQ=255) attcgccacagcggcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg > 1:583229‑M1/82‑150 (MQ=255) attcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagcgagagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CCGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg > 2:201685‑M1/82‑150 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg < 1:211861/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTATTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCCTTGGTCAGGTATCAATATTCATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCggg < 2:168383/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGt < 2:139721/150‑1 (MQ=255) gCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGtt < 1:133329/150‑1 (MQ=255) ccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTa > 2:306333‑M1/77‑150 (MQ=255) cacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTAc > 2:675343‑M1/76‑150 (MQ=255) tGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 2:50030/1‑150 (MQ=255) gcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:109635‑M1/82‑1 (MQ=255) cgcTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAgg < 2:4618/150‑1 (MQ=255) gctgctGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGc < 2:142990/150‑1 (MQ=255) gctgctGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGc > 2:503327/1‑150 (MQ=255) gctgctGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGc < 2:376972/150‑1 (MQ=255) tgctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCg < 2:286180/150‑1 (MQ=255) tgctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCg < 1:50030/150‑1 (MQ=255) gctgGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCgg < 1:503327/150‑1 (MQ=255) ccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg > 2:471739‑M1/54‑122 (MQ=255) ccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg < 1:471739‑M1/69‑1 (MQ=255) atgcatgcGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGaa > 2:411065/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGaac > 1:530196/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGaac < 2:530196/150‑1 (MQ=255) cAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGaacaa < 2:543453/150‑1 (MQ=255) cAGGTAGCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGaa < 2:256995/150‑1 (MQ=255) gTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATcc < 1:411065/150‑1 (MQ=255) tctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATAAGCGCGATCCCG‑TG‑‑CGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCcagca < 2:109635‑M1/144‑1 (MQ=255) TTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCgg < 2:16610‑M1/90‑1 (MQ=255) TTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCgg > 1:16610‑M1/1‑90 (MQ=255) | CTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCA > NC_002947/5476989‑5477281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |