New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 114130 | 40 (0.890) | 3 (0.070) | 3/230 | NT | 7.7% | coding (88/582 nt) | PP_0108 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 114151 | 35 (0.840) | coding (109/582 nt) | PP_0108 | hypothetical protein |
GCTCTGGTTCTGCTCTACCTCTACTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTGGCGGAGCAGGACGATCGCTGGCAGTTGCTG > NC_002947/113988‑114279 | gCTCTGGTTCTGCTCTACCTCTACTTCGGCTGGCATCGAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTgg > 1:978013/1‑150 (MQ=255) tctGGTTCTGCTCTACCTCTACTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCATGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGc > 1:289616/1‑150 (MQ=255) ctGGTTCTGCTCTACCTCTACTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGCGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGcc < 2:193497/150‑1 (MQ=255) gTTCTGCTCTACCTCTACTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAAt > 1:894246/1‑150 (MQ=255) tGCTCTACCTCTACTTCGGCTGACATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGtt < 2:867916/150‑1 (MQ=255) ctctacctctacTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCt < 1:508436/150‑1 (MQ=255) ctacctctacTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTgg < 2:894246/150‑1 (MQ=255) tctacTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCt > 2:238026/1‑143 (MQ=255) tctacTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCt < 1:238026/143‑1 (MQ=255) ctACTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccacca > 2:916369‑M2/1‑144 (MQ=255) cTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTg > 1:172331/1‑140 (MQ=255) cTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTg < 2:172331/140‑1 (MQ=255) cTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccaccagca < 1:841992‑M2/150‑10 (MQ=255) ttCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGccagaaccattggcccaagcaccaccagcag < 2:396606‑M1/150‑32 (MQ=255) gCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTAc < 1:260640/150‑1 (MQ=255) aTCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGccagaaccattggcccaagcaccaccagcagga < 2:1142150‑M1/142‑34 (MQ=255) aTCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGccagaaccattggcccaagcaccaccagcagga > 1:1142150‑M1/1‑109 (MQ=255) aTCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCtt > 2:1205331/1‑150 (MQ=255) cAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCt < 2:102299/150‑1 (MQ=255) cAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATACt < 1:1205331/150‑1 (MQ=255) aaGGAGAAACTCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTg < 1:203111/150‑1 (MQ=255) ggAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTggg > 2:526591/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTAcc > 2:415614/1‑150 (MQ=255) aTGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCATGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGc < 2:289616/150‑1 (MQ=255) tGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAAAGCCCGGGGGCGTTTGAAGCTTTTACTGATCCTGCTGGTGGTGGTTAGGCCAATGGTTCTGGCAACCAGCCAGGACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGAAAGGcc > 1:497595/1‑150 (MQ=255) cgccacgccaCTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTa < 1:229625/150‑1 (MQ=255) cacTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACa > 1:807364/1‑108 (MQ=255) cacTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACa < 2:807364/108‑1 (MQ=255) cacTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGgcg > 1:713835/1‑150 (MQ=255) tGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccac > 2:1145800‑M2/1‑90 (MQ=255) tGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccac < 1:1145800‑M2/94‑5 (MQ=255) gcgcCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTgg < 1:427000/114‑1 (MQ=255) gcgcCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTgg > 2:427000/1‑114 (MQ=255) gcgcCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGAtt < 1:526591/150‑1 (MQ=255) gcCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTgg > 1:762822/1‑150 (MQ=255) tGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccaccagc > 2:224620‑M2/1‑80 (MQ=255) tGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccaccagc < 1:224620‑M2/88‑9 (MQ=255) tAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATg > 1:289725/1‑146 (MQ=255) tAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATg < 2:289725/146‑1 (MQ=255) gCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAg < 1:494432/111‑1 (MQ=255) gCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAg > 2:494432/1‑111 (MQ=255) aaaCCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGc > 2:1094780/1‑150 (MQ=255) ccAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTg > 2:547352/1‑150 (MQ=255) gTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCg > 2:1097757/1‑150 (MQ=255) gTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTgg > 2:1148842/1‑150 (MQ=255) tttGCTGATCCTGCTCGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTGGCGGAGCAGGa < 2:841992/150‑1 (MQ=255) cTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTGGCGGAGCAGGACGAt > 2:1031143/1‑150 (MQ=255) gATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTGGCGGAGCAGGACGATCg > 1:651205/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttcaggcgcgtccagtggcgtggcggtggccatggcgtttctccttgttttgat < 2:1142150‑M2/142‑110 (MQ=255) tCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttcaggcgcgtccagtggcgtggcggtggccatggcgtttctccttgttttgat > 1:1142150‑M2/1‑33 (MQ=255) ctgctgGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttcaggcgcgtccagtggcgtggcggtggccatggcgtttctccttgttttgatgccagccgaa < 2:396606‑M2/150‑120 (MQ=255) tgctgGTGGccagaaccattggcccaagcaccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttcaggcgcgtccagtggcgtggcggtggccatggcgtttctccttgttttgatgccagccgaag < 1:841992‑M1/150‑142 (MQ=255) gctgGTGGccagaaccattggcccaagcaccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttca > 2:224620‑M1/1‑8 (MQ=255) gctgGTGGccagaaccattggcccaagcaccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttca < 1:224620‑M1/88‑81 (MQ=255) tggtggccagaaccattggcccaagcaccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttcaggcgcgtccagtggcgtggcggtggccatggcgtttctccttgttttgatgccagccgaagtag > 2:916369‑M1/1‑6 (MQ=255) tggtggTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTGGCGGAGCAGGACGATCGCTGGCAGt > 2:1025127/1‑150 (MQ=255) gtggccagaaccattggcccaagcaccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttcaggcgcgtcca > 2:1145800‑M1/1‑4 (MQ=255) gtggccagaaccattggcccaagcaccaccagcaggatcagcaaaagctgcaaacgcccacgggctctgggtttgctacgttcaggcgcgtcca < 1:1145800‑M1/94‑91 (MQ=255) gtgCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTGGCGGAGCAGGACGATCGCTGGCAGTTGCTg < 2:713835/150‑1 (MQ=255) | GCTCTGGTTCTGCTCTACCTCTACTTCGGCTGGCATCAAAACAAGGAGAAACGCCATGGCCACCGCCACGCCACTGGACGCGCCTGAACGTAGCAAACCCAGAGCCCGTGGGCGTTTGCAGCTTTTGCTGATCCTGCTGGTGGTGCTTGGGCCAATGGTTCTGGCCACCAGCATGTACAAGCTTAAATTCTGGGTACCGGAAGGCCGCAGCTACCATGGCGCCATGATTGGCAATGGGGAAAGCCGTGCCGATCTCGGCGTGGCGGAGCAGGACGATCGCTGGCAGTTGCTG > NC_002947/113988‑114279 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |