New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1370042 | 29 (0.640) | 2 (0.050) | 3/238 | NT | 6.5% | coding (832/1719 nt) | PP_1195 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1370064 | 30 (0.690) | coding (854/1719 nt) | PP_1195 | hypothetical protein |
TGCGCGATGCCCGGGGAGAAGTCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTCGGCAGTTGGTGGTTGCAGGTCTCAA > NC_002947/1369893‑1370190 | tGCGCGATGCCCGGGGAGAAGTCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGG > 2:765059‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgATGCCCGGGGAGAAGTCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTgc > 1:1193437/1‑150 (MQ=255) ccGGGGAGAAGTCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCa > 1:40030/1‑150 (MQ=255) gTCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCggg > 2:707917/1‑150 (MQ=255) gTCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCggg < 2:778842/150‑1 (MQ=255) tCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGgc < 1:707917/150‑1 (MQ=255) gTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGc < 2:524798‑M2/150‑2 (MQ=255) tGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAg < 1:781481/137‑1 (MQ=255) tGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAg > 2:781481/1‑137 (MQ=255) ccGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGG < 2:7921‑M1/119‑1 (MQ=255) ccGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGG > 1:7921‑M1/1‑119 (MQ=255) cGTATCGAACGGGCACCGGTGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGCGCCCGGTCCACTGG‑CCGCGCAccagcacctc > 2:78300‑M2/1‑140 (MQ=255) gTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGTGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTAAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTAGATCGGGCGCCAGCTTGAAg > 2:528919/1‑150 (MQ=255) tATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGTCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGt < 2:580200/150‑1 (MQ=255) tATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGt > 1:162515/1‑117 (MQ=255) tATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGt < 2:162515/117‑1 (MQ=255) tCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTgg > 1:702779/1‑150 (MQ=255) aCCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTgcgc < 2:175332/109‑1 (MQ=255) aCCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTgcgc > 1:175332/1‑109 (MQ=255) ccGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGt > 2:528305/1‑150 (MQ=255) gggaggCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGa > 1:1095377/1‑150 (MQ=255) ggaggCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAg > 2:757832/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGcgcccggtccactggccgcgcaccag < 2:579366‑M1/102‑27 (MQ=255) ggCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGcgcccggtccactggccgcgcaccag > 1:579366‑M1/1‑76 (MQ=255) gcgGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCgt > 2:188753/1‑150 (MQ=255) gATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCcag < 2:1095377/150‑1 (MQ=255) gATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCcag > 2:164007/1‑150 (MQ=255) tCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCcagca > 1:1134631/1‑150 (MQ=255) cACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGc < 2:1160333/150‑1 (MQ=255) ggCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGGGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGTGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACACGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCggtg < 1:528919/150‑1 (MQ=255) gCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCggtgg < 2:158457/150‑1 (MQ=255) aGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGtt < 1:164007/150‑1 (MQ=255) cTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGaa < 1:765059/150‑1 (MQ=255) gggTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTg < 1:524798/150‑1 (MQ=255) ttGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTa > 1:398984/1‑150 (MQ=255) aGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGc < 2:40030/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTc < 2:702779/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTc < 2:1193437/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTCGGCa < 1:757832/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTGCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTCGGCAg > 1:73474/1‑150 (MQ=255) gAGGTGCTGGtgcgcggccagtggaccgggcgccagcacctcacgagcaggcgccacacgggtacccaacttcaacccttgaaggctgccagtgcgatcaaccgcgccgatggcgctggcctccctcaacaccggtgcccgttcgatacg > 2:78300‑M1/1‑10 (MQ=255) gTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTCGGCAGTTGGTGGTTGCAGGt > 2:1141814/1‑150 (MQ=255) cTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGccagcacctcacgagcaggcgccacacgggtacccaacttcaacccttgaaggctgccagtgcgatcaaccgcgcc > 1:579366‑M2/1‑26 (MQ=255) cTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGccagcacctcacgagcaggcgccacacgggtacccaacttcaacccttgaaggctgccagtgcgatcaaccgcgcc < 2:579366‑M2/102‑77 (MQ=255) ggTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTCGGCAGTTGGTGGTTGCAGGTCTCaa < 1:188753/150‑1 (MQ=255) gcgcccggtccactggccgcgcaccagcacctcacgagcaggcgccacacgggtacccaacttcaacccttgaaggctgccagtgcgatcaaccgcgccgatggcgctggcctccctcaaccccggtgcccgttcgatacgggtcgccac < 2:524798‑M1/150‑150 (MQ=255) | TGCGCGATGCCCGGGGAGAAGTCGTGGCGACCCGTATCGAACGGGCACCGGGGTTGAGGGAGGCCAGCGCCATCGGCGCGGTTGATCGCACTGGCAGCCTTCAAGGGTTGAAGTTGGGTACCCGTGTGGCGCCTGCTCGTGAGGTGCTGGTGCGCGG‑CCAGTGGACCGGGCGCCAGCTTGAAGTGGCACAAACCCGTCCAGACCCGAGCCTGCCTTTTGCTGGTCGTGTCCAGCAGGCGGTGGTTGAAGGGCTGGTACAGCGTACACAAGCTCGGCAGTTGGTGGTTGCAGGTCTCAA > NC_002947/1369893‑1370190 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |