New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3435481 = | 37 (0.820) | 3 (0.070) | 3/234 | NT | 8.5% | coding (350/981 nt) | gpJ | baseplate/tail fiber protein |
? | NC_002947 | 3435521 = | 30 (0.700) | coding (390/981 nt) | gpJ | baseplate/tail fiber protein |
GCCAAGGCAAGTTTGCTGGCCTTCGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTT > NC_002947/3435333‑3435605 | gcCAAGGCAAGTTTGCTGGCCTTCGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAgcgctgcgc > 2:27620/1‑150 (MQ=255) cAAGGCAAGTTTGCTGGCCTTCGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTa > 2:1173207/1‑150 (MQ=255) cAAGGCAAGTTTGCTGGCCTTCGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTa > 2:180392/1‑150 (MQ=255) aaaGGCAAGTTTGCTGGCCTTCGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGGGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGACAGTGGCGCTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTa < 1:532807/149‑1 (MQ=255) ggCAAGTTTGCTGGCCTTCGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCg > 2:906227/1‑150 (MQ=255) ccaccacaatggccccggccggcagctgggcccgtacctcgggggtcaactccgcctcaacaaaccggggcgaatcgaccgacacgttggtcagctcggccgacgcgctcagcccgtgatactcataggcgccgctgctgccgGCTACCg < 1:906227‑M1/7‑1 (MQ=255) cGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGa < 1:579545/150‑1 (MQ=255) gCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAg > 2:922095/1‑150 (MQ=255) ccAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAgg < 1:896127/150‑1 (MQ=255) ccAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAgg > 2:284059/1‑150 (MQ=255) aaGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGcc < 2:572493/150‑1 (MQ=255) aaCGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCg < 1:27620/150‑1 (MQ=255) aCCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAg > 1:412076/1‑150 (MQ=255) tacctcgggggtcaactccgcctcaacaaaccggggcgaatcgaccgacacgttggtcagctcggccgacgcgctcagcccgtgatactcataggcgccgctgctgccgGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGcc > 2:657161‑M1/110‑150 (MQ=255) aCCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGgcagca > 1:525960/1‑150 (MQ=255) gccgcTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCATTGTCGGTATCCGGCAGCAgcggc < 2:412076/150‑1 (MQ=255) cgcTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGTCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGgcgc > 1:330427/1‑150 (MQ=255) cgcTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGgcgc < 1:736859/150‑1 (MQ=255) gATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGCTGTTGGTCCAGGTCCGCCTGTAGAGGCGGTAATGGAGTGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTAt < 1:1173207/150‑1 (MQ=255) aTTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATg > 1:717981/1‑150 (MQ=255) ttACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGa < 2:525960/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTAt < 2:1060425/150‑1 (MQ=255) ggAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACgg < 1:261887/150‑1 (MQ=255) gaAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTa < 1:551358/135‑1 (MQ=255) gaAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTa > 2:551358/1‑135 (MQ=255) cTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAgc > 2:209802/1‑150 (MQ=255) ttATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGt < 1:543497/150‑1 (MQ=255) tCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCAGCCCCTATGACTATCACGTGCTGAGCGCGTCgg > 2:120124/1‑150 (MQ=255) ccGCCCGGCTGATCCTTATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGc < 2:530623/150‑1 (MQ=255) cccGGCTGAGCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTCCCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGa < 2:463913/150‑1 (MQ=255) ccGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAg < 1:922095/150‑1 (MQ=255) aTCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGa > 2:371433/1‑142 (MQ=255) aTCCTGAGGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGa < 1:371433/142‑1 (MQ=255) cagctcggccgacgcgctcagcccgtgatactcataggcgccgctgctgccgGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGgca < 2:778397‑M1/45‑1 (MQ=255) cagctcggccgacgcgctcagcccgtgatactcataggcgccgctgctgccgGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGgca > 1:778397‑M1/53‑97 (MQ=255) gCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGTGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTc < 1:936979/80‑1 (MQ=255) gCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTc > 2:936979/1‑80 (MQ=255) ggTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGcc > 2:446026/1‑150 (MQ=255) gTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGc > 2:1051191/1‑62 (MQ=255) gTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGc < 1:1051191/62‑1 (MQ=255) gTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGa > 2:1181813/1‑127 (MQ=255) gTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGa < 1:1181813/127‑1 (MQ=255) gCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGttt > 2:1018977/1‑150 (MQ=255) ggTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGCttgt < 2:777183/150‑1 (MQ=255) gTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTttgtt < 2:717981/150‑1 (MQ=255) | GCCAAGGCAAGTTTGCTGGCCTTCGCCAAGGGTAACGACCTGGTGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTT > NC_002947/3435333‑3435605 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |