New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4876412 | 56 (1.240) | 3 (0.080) +TGCGGTGGTGGCGGCAAC |
3/210 | NT | 5.2% | intergenic (+205/+232) | PP_4284/pucM | transporter/5‑hydroxyisourate hydrolase |
? | NC_002947 | = 5389439 | 73 (1.630) | intergenic (+90/‑230) | dld2/PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
CACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC > NC_002947/4876268‑4876555 | cACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAggc < 1:694909/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAggccgg > 1:65720/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGACCGGGCTCAACCCACAAGAggccgg > 2:611419/1‑150 (MQ=18) gggCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCCctgctg < 1:1002569/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCt > 1:100174/1‑150 (MQ=255) tgGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTAcc > 1:692807/1‑150 (MQ=255) gcgccgcTCCCCGTTGGTGACGCTCGCGTATTCGCGGGTAAGCGCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGtt < 2:665176/149‑1 (MQ=18) gccgTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTgc > 1:986674/1‑150 (MQ=255) cACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGccac > 1:501735/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATACCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGccacc > 1:306741/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCaccacc < 2:664985/150‑1 (MQ=255) cgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTcgc > 2:1191888/1‑150 (MQ=255) gccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAtgcggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtagggattggccagcagggccggcctcttcgcg > 1:81697‑M1/1‑86 (MQ=255) ccACCGTATTGGCGGGTAAAGCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg < 2:158340/150‑1 (MQ=255) ccACCGTACGCGCGGGTACCCCCCCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGCGCCGGCCCTGCTGGCAAATCCCGACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg < 2:41748/150‑1 (MQ=17) cGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTaa > 2:817751/1‑150 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTGCTACAACGGTGGTGGACCGTTGATTTCAGCCCTCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAAc < 1:1174201/150‑1 (MQ=21) tATCCGTGGGTGAGCCCGCTCCTACAACGGGGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAAc < 2:153906/150‑1 (MQ=18) gcgGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCt > 2:1136057/1‑150 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAtgcggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtagggattggccagcagggccggcctcttcgcgggtgaacccgctc < 2:81697‑M1/150‑78 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCCGGTAAACCCGCGcc > 2:415279/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCACGG‑GGTGGACAGTAGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAtgcggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtagggattggccagcagggccggcctcttcgcgggtgaacccgctcctac > 1:1136057‑M1/1‑69 (MQ=255) cGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACggg < 1:817751/150‑1 (MQ=255) cTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACgggtt < 2:901049/150‑3 (MQ=255) tCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTg < 2:146058/150‑1 (MQ=255) gccTCCAACAGTGGTGGACAGTTGGATACAGCACGCCGCAGGAGCCGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTg < 2:65720/149‑1 (MQ=18) cTACACGGGTGGTTGCCAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGTAGCGGCTTCCCCCGCGAAGAGGCCGTCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGa < 2:100174/150‑1 (MQ=17) aCAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAAc < 2:98424/127‑1 (MQ=255) aCAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAAc > 1:98424/1‑127 (MQ=255) cAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTgg < 2:290320/72‑1 (MQ=255) cAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTgg > 1:290320/1‑72 (MQ=255) aaCGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg > 2:950721/1‑119 (MQ=255) aaCGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg < 1:950721/119‑1 (MQ=255) cGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTg < 1:1191888/150‑1 (MQ=255) gtggtgGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGa < 2:383707/150‑1 (MQ=255) tggACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGt < 2:502968/135‑1 (MQ=255) tggACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGt > 1:502968/1‑135 (MQ=255) gtcAGGTGGAGACAGCTCCCCTTCCGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGc < 1:1181830/148‑1 (MQ=18) gACAGTTGGATACAGCAGGGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGc > 2:1012647/1‑150 (MQ=255) aTACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACccgc < 1:942460/67‑1 (MQ=255) aTACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACccgc > 2:942460/1‑67 (MQ=255) aGCCCGCCGTAGGCGCGGGCTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCCGGTAAACCCCATCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGc > 2:357492/1‑150 (MQ=18) cccGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCgg > 2:1089885/1‑150 (MQ=255) ggAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCcg < 2:986674/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAc > 2:330473/1‑103 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAc < 1:330473/103‑1 (MQ=255) gggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAag > 2:312355/1‑150 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg < 1:693024/79‑1 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg > 2:693024/1‑79 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAaga > 1:885203/1‑150 (MQ=255) ccACCCGCGAAGCGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGGCACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 1:1136975/149‑1 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg < 1:684347/72‑1 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCgg > 2:684347/1‑72 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGt < 2:453935/96‑1 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGt > 1:453935/1‑96 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGtt > 1:930366/1‑104 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGtt < 2:930366/104‑1 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGc > 1:432513/1‑150 (MQ=255) cgcgAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGt > 2:1111613/1‑102 (MQ=255) cgcgAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGt < 1:1111613/102‑1 (MQ=255) gAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAgg > 1:36260/1‑119 (MQ=255) gAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAgg < 2:36260/119‑1 (MQ=255) | CACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGTGGTGGACAGTTGGATACAGCCCGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCTACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACGGGGTGGACAGTTGGACACAGCCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC > NC_002947/4876268‑4876555 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |