New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4977437 = | 43 (0.950) | 4 (0.090) | 4/238 | NT | 8.6% | coding (500/1110 nt) | flgI | flagellar P‑ring protein |
? | NC_002947 | 4977484 = | 44 (1.020) | coding (453/1110 nt) | flgI | flagellar P‑ring protein |
GTCGTTGACCTTGTCCACGATGCGCTTGGCGGTCGTGAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTGCCGCCGCGCAGGCTCTT > NC_002947/4977304‑4977585 | gTCGTTGACCTTGTCCACGATGCGCTTGGCGGTCGTGAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGAc > 1:619158/1‑150 (MQ=255) gTTGACCTTGTCCACGATGCGCTTGGCGGTCGTGAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGt < 1:609253/150‑1 (MQ=255) gTTGACCTTGTCCACGATGCGCTTGGCGGTCGTGAAGTAGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGt > 2:590051/1‑150 (MQ=255) ccTTGTCCACGATGCGCTTGGCGGTCGTGAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCt > 2:1179147/1‑150 (MQ=255) gTCCACGATGCGCTTGGCGGTCGTGAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGa < 1:590051/150‑1 (MQ=255) gatcggtaactcgaagagcctgcgcggcggcagcctgttgatgaccccgctcaagggtatcgacggcaacgtttacgccattgcccagggcaacctggtcgtgggtggctttgacGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTc < 1:33394‑M1/35‑1 (MQ=255) gcTTGGCGGTCGTGAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGc > 2:602565/1‑150 (MQ=255) gAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCTGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCaaa < 1:819334/150‑1 (MQ=255) ctgcgcggcggcagcctgttgatgaccccgctcaagggtatcgacggcaacgtttacgccattgcccagggcaacctggtcgtgggtggctttgacGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAg > 2:33394‑M1/97‑150 (MQ=255) gATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGa > 2:324926/1‑150 (MQ=255) gTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGtt < 1:500453/150‑1 (MQ=255) cagggtccgggtATTCCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCCCCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGcc < 1:758345/150‑1 (MQ=255) agggtcagggtATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGccc < 2:929479/150‑1 (MQ=255) tcagggtATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTggg < 1:602565/150‑1 (MQ=255) agggtATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTgg > 2:946212/1‑147 (MQ=255) agggtATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTgg < 1:946212/147‑1 (MQ=255) gtATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATg < 1:324926/150‑1 (MQ=255) tATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACAGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATgg > 1:315374/1‑150 (MQ=255) cccTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTaa > 2:759067/1‑150 (MQ=255) cccTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTaa > 1:1191721/1‑150 (MQ=255) cTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTc < 1:253040/85‑1 (MQ=255) cTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTc > 2:253040/1‑85 (MQ=255) ggTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGt > 1:1163620/1‑150 (MQ=255) gCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGa < 2:487337/65‑1 (MQ=255) gCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGa > 1:487337/1‑65 (MQ=255) ccGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCg > 1:997276/1‑150 (MQ=255) ggTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATAccc > 2:514082/1‑150 (MQ=255) tACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAg > 2:1053960/1‑108 (MQ=255) tACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAg < 1:1053960/108‑1 (MQ=255) tACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCtt < 2:997276/150‑1 (MQ=255) gCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTg > 1:650645/1‑132 (MQ=255) gCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTg < 2:650645/132‑1 (MQ=255) aCGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCg > 2:238545/1‑136 (MQ=255) aCGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCg < 1:238545/136‑1 (MQ=255) cGCTCGACACTGGCACCACCCGCGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCGCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCggg < 1:756320/150‑1 (MQ=255) gCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCgggg > 1:405049/1‑150 (MQ=255) cccGACACTGGCACCCCCCGCGACACCGCCAGCCGCCGGCACTTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGCGCTCAAAGCCACCCACTCCCAAGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTCTCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGt < 2:315374/148‑1 (MQ=255) cTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGt > 2:3716/1‑150 (MQ=255) acacTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGtcatc < 1:3716/150‑1 (MQ=255) acacTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTCGCCGTCGa < 1:709428/130‑1 (MQ=255) acacTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTAGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGa > 2:709428/1‑130 (MQ=255) acctggtcgtgggtggctttgacGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCaaa > 1:906935‑M1/24‑76 (MQ=255) acctggtcgtgggtggctttgacGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCaaa < 2:906935‑M1/53‑1 (MQ=255) ccGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTTGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGc < 2:781475/100‑1 (MQ=255) ccGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTTGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGc > 1:781475/1‑100 (MQ=255) ccGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTgccgc > 2:492884/1‑150 (MQ=255) ccGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTgccgc > 1:284901/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTGCCGCCGCGCAGGc > 1:1142385/1‑150 (MQ=255) gCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTGCCGCCGCGCAGGct > 2:693402/1‑150 (MQ=255) cAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCATCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTGCCGCCGCGCAGGctct > 1:1001439/1‑150 (MQ=255) aGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTGCCGCCGCGCAGGCTCtt > 1:546303/1‑150 (MQ=255) | GTCGTTGACCTTGTCCACGATGCGCTTGGCGGTCGTGAAGTCGGGGCGATTGAGGTTCAGGGTCAGGGTATTGCCCTGGTTGAAGCCGCTCGGTACCGCACGCTCGACACTGGCACCACCCGGGATACGGCCAGCCGACGGCACGTTGACAGTGATCTTCGAGCCGTCACGGCCCTCGGCGTCAAAGCCACCCACGACCAGGTTGCCCTGGGCAATGGCGTAAACGTTGCCGTCGATACCCTTGAGCGGGGTCATCAACAGGCTGCCGCCGCGCAGGCTCTT > NC_002947/4977304‑4977585 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |