| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5594170 | 28 (0.620) | 4 (0.110) | 4/192 | NT | 13.6% | intergenic (‑66/+79) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| ? | NC_002947 | = 5594207 | 29 (0.830) | intergenic (‑103/+42) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
CAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTT > NC_002947/5594021‑5594313 | caGCGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAACATGCGCTGCTGGATGGGGATTGTATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTAATGTCCGCAGGAGTGATGTTACGTGGCATACACCACCATGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAA < 1:586691‑M1/150‑1 (MQ=255) aGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAac > 2:582506/1‑150 (MQ=255) gAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACAcc < 1:1111794/150‑1 (MQ=255) aaaaCAGGCAGCGAGCACCGAAGATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGTAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCg < 2:219736/150‑1 (MQ=255) aaaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCgg < 1:582506/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAg > 2:46904/1‑150 (MQ=255) gTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTTATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGc < 2:1034500/150‑1 (MQ=255) gTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGc > 1:468448/1‑150 (MQ=255) gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAA > 1:1157969‑M1/1‑133 (MQ=255) gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAA < 2:1157969‑M1/133‑1 (MQ=255) gCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGcc < 2:468448/150‑1 (MQ=255) gCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGcc < 2:306497/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCa < 1:1024441/150‑1 (MQ=255) tgGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTACGTTTCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAcaccggcactgcggtgcatggcaccggctttgccggt < 1:146445‑M1/150‑38 (MQ=255) ggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgg > 1:300718‑M2/1‑143 (MQ=255) aTTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggc < 1:813273‑M2/150‑10 (MQ=255) aTTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggc < 1:593239‑M2/150‑10 (MQ=255) gggctggtcGGGAGAGAACTGGGTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaa < 1:136736‑M1/146‑49 (MQ=255) gggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcc > 2:593239‑M2/1‑130 (MQ=255) gagaACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAaca < 1:616539/91‑1 (MQ=255) gagaACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAaca > 2:616539/1‑91 (MQ=255) gaACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagg > 2:813273‑M2/1‑124 (MQ=255) aaCTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcggg < 2:1156104‑M1/131‑46 (MQ=255) aaCTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcggg > 1:1156104‑M1/1‑86 (MQ=255) aCTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggt > 1:719258‑M2/1‑122 (MQ=255) gctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcc > 2:832349‑M2/1‑118 (MQ=255) gctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcc < 1:832349‑M2/138‑21 (MQ=255) ggTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGtgct > 1:772413/1‑150 (MQ=255) gTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTTAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGCACTTGCCCTCGAAGACCGGCTCAGCCGGTGCCATGCCGCTCAGGGCTGACTTCGCGGGCGTTCCCGCTGCCCCAGGGGAAGGtgatc > 2:220977/1‑147 (MQ=255) gATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCg < 1:46904/150‑1 (MQ=255) aatggtaatgTCCGCCGAAGTGACGTTCAGTACCAGACGCAACCCTGTGGGAACGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 2:62554/149‑1 (MQ=21) atggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAg > 1:1078753/1‑150 (MQ=255) tCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGGGTGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTgg > 2:1136887/1‑150 (MQ=255) cGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCCGCGGTTTAGACTTTGTGGTa > 2:90067/1‑150 (MQ=255) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTg > 1:551301/1‑150 (MQ=255) gCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc < 1:282611/150‑1 (MQ=255) cATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACAGGCAAAGCCGGGGCCATGCACCGCAGTGCTTGGTTCGCGGGCAAAGCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCg > 1:882246/1‑150 (MQ=37) aTACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCgg > 1:178995/1‑150 (MQ=255) accaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 2:248564/112‑1 (MQ=255) accaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa > 1:248564/1‑112 (MQ=255) caccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 2:632322/110‑1 (MQ=255) caccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa > 1:632322/1‑110 (MQ=255) accCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagt > 1:719258‑M1/1‑28 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttc > 2:813273‑M1/1‑26 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCttg > 2:904975/1‑148 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGCCTTGCCCGCGAACACCGCCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCg < 1:90067/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctccc > 2:593239‑M1/1‑20 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagc < 1:832349‑M1/138‑119 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagc > 2:832349‑M1/1‑20 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGc < 2:1133784/150‑1 (MQ=255) gCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCa > 1:1086180/1‑150 (MQ=255) ttGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccacccagttctctcccgaccagccc < 1:136736‑M2/150‑103 (MQ=255) gCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcccgaccatccaat < 1:813273‑M1/150‑142 (MQ=255) gCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcccgaccatccaat < 1:593239‑M1/150‑142 (MQ=255) gCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGcc < 2:772413/150‑1 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagtt < 2:1156104‑M2/131‑87 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagtt > 1:1156104‑M2/1‑45 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt > 2:936241/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcccgaccatccaatcc > 1:300718‑M1/1‑7 (MQ=255) | CAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTT > NC_002947/5594021‑5594313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |