New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2131568 | 51 (1.130) | 5 (0.120) | 5/236 | NT | 9.6% | coding (674/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
? | NC_002947 | = 2131577 | 46 (1.070) | coding (665/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
CCACGCGCACGCCTGATATCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTTGATGAAAGCGGCATTGATA > NC_002947/2131428‑2131720 | ccACGCGCACGCCTGATATCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTtgccctggctgccctggc > 2:411270/1‑150 (MQ=255) ccTGATATCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTgg < 1:349754/150‑1 (MQ=255) ccTGATATCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTgg < 1:218276/150‑1 (MQ=255) cTGATATCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTggg < 1:433184/150‑1 (MQ=255) gATATCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGC‑GCCAGGGCagccagggcaagact > 2:846346‑M2/1‑135 (MQ=255) atatCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTTAAGATTTCGCCAATGGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGGCTGTGCCCGGGTAACTGCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTAc > 1:557925/1‑150 (MQ=255) tatCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGCGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACt < 1:1088471/150‑1 (MQ=255) ggCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTgcgc < 2:311210/150‑1 (MQ=255) cGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGgcg > 1:1142647/1‑150 (MQ=255) gAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGgcgc > 1:561118/1‑150 (MQ=255) ggAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCAtt > 1:1112405/1‑150 (MQ=255) cTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAg > 2:785365/1‑150 (MQ=255) tCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAgg < 1:785365/150‑1 (MQ=255) ccTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGtt > 1:670058/1‑150 (MQ=255) gTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCGGGCGCCATTCGCCCAGGTTGAt > 1:771909/1‑150 (MQ=255) gTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCa > 1:306794/1‑150 (MQ=255) tGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGa < 2:689017/144‑1 (MQ=255) tGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGa > 1:689017/1‑144 (MQ=255) gAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCACGGGTCAATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGAACTGGGTACTGCGCAGGCTCAAGTCGCCCGCGTTGATACCACt > 2:279484/1‑150 (MQ=255) gCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTc < 1:326362/123‑1 (MQ=255) gCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTc > 2:326362/1‑123 (MQ=255) gCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGC‑GCCAGGGCagccagggcaagactgaa < 1:138294‑M2/109‑19 (MQ=255) gCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGC‑GCCAGGGCagccagggcaagactgaa > 2:138294‑M2/1‑91 (MQ=255) ccAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCTGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTAc > 1:1157443/1‑150 (MQ=255) aaTCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAg < 2:708988/150‑1 (MQ=255) gttagggtGGCGAGGGTCCCCGGTATATCGAGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCCGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCTGTTCTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCg < 2:1157443/143‑1 (MQ=255) tCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGt < 2:670058/150‑1 (MQ=255) gATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCGGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGc < 2:771909/150‑1 (MQ=255) gATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATa < 2:818421/125‑1 (MQ=255) gATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATa > 1:818421/1‑125 (MQ=255) gATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACAACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGc > 1:250917/1‑150 (MQ=255) cccGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCGCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGAGTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTAAGGTCCAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGcaa > 1:250199/1‑148 (MQ=255) cccGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCa > 2:692322/1‑150 (MQ=255) ccGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTc < 2:1010104/119‑1 (MQ=255) ccGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTc > 1:1010104/1‑119 (MQ=255) ccGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCag > 1:746214/1‑150 (MQ=255) ccGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATGCGACGAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCag > 2:939062/1‑150 (MQ=255) ggTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCagag < 2:746214/150‑1 (MQ=255) tgtgCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGttatgc < 2:708816/150‑5 (MQ=255) gtgCGTAGGTCTGTGCACGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCTGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCCTTTATAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCAAGAGGAGCGGTTGCGGc < 1:279484/150‑1 (MQ=255) ggTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGCTGGGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAg < 1:318329/150‑1 (MQ=255) tCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTg > 2:400637/1‑113 (MQ=255) tCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTg < 1:400637/113‑1 (MQ=255) tgtgCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTg > 2:1155512/1‑150 (MQ=255) ccGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGc > 1:958226/1‑150 (MQ=255) cAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTtga < 1:411270/150‑1 (MQ=255) cAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTtga < 2:81397/150‑1 (MQ=255) cAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTtga < 2:958226/150‑1 (MQ=255) ttGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTTGATGaaa < 2:1142647/150‑1 (MQ=255) ccctggctgccctggcGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTTGATGAAAGCg < 2:561118/150‑1 (MQ=255) cctggctgccctggcgccagggcaagactgaatggacccgggcacagacctacgcacagcgcgatataccg > 1:430924‑M2/1‑15 (MQ=255) cctggctgccctggcgccagggcaagactgaatggacccgggcacagacctacgcacagcgcgatataccg < 2:430924‑M2/71‑57 (MQ=255) ctgccctggcGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTTGATGAAAGCGGCATTg > 2:1145781/1‑150 (MQ=255) ccctggcGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTTGATGAAAGCGGCATTGATa < 2:306794/150‑1 (MQ=255) | CCACGCGCACGCCTGATATCGGCACCGAACGGAACACCTCCCTGTCCGTGAAGGTTTCGCCAATCGTCAGATTGGCGAGGGTACCCGGTATATCGCGCTGTGCGTAGGTCTGTGCCCGGGTCCATTCAGTCTTGCCCTGGCTGCCCTGGCGCCAGGACTGGGTACTGCGCAGGCGCCATTCGCCCAGGTTGATACCACTGTTCAGGTACAGGTCGTTGCTGGTGTAACGGCCAGAGGAGCGGTTGCGGCCGTTCAGGGTGGAGGCCTGATAGTTGATGAAAGCGGCATTGATA > NC_002947/2131428‑2131720 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |