New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2981197 | 36 (0.800) | 5 (0.120) | 5/228 | NT | 11.9% | coding (1211/1734 nt) | PP_2607 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2981208 | 41 (0.990) | coding (1200/1734 nt) | PP_2607 | hypothetical protein |
CCGGCATCGCTGTTGAACTGTGAAAGTGTTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTGGTCTACCGCAATCACG > NC_002947/2981059‑2981352 | ccGGCATCGCTGTTGAACTGTGAAAGTGTTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAgg > 2:270042/1‑150 (MQ=255) gcttttttgaactgTGAAAGTGTTTGCGCTCACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGccaagc > 2:499214‑M2/7‑144 (MQ=255) gtggttgAACTGTGAAAGTGTTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGccaagccc > 2:790178‑M2/4‑142 (MQ=255) ttGAACTGTGAAAGTGTTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAg < 1:696251/150‑1 (MQ=255) aaaGTGTTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTg > 2:785164/1‑150 (MQ=255) tgtTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTc < 2:243547/150‑1 (MQ=255) tgtTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGCAACGTCCGTCGATCAATGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTc < 1:571392/150‑1 (MQ=255) tttGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTACAttaactaaa > 2:434001/1‑143 (MQ=255) cAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGc > 2:1170796/1‑150 (MQ=255) tgtgGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGAGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGAccagc > 2:387507/1‑150 (MQ=255) tCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCcagcag > 1:796964/1‑150 (MQ=255) aCGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCa > 2:479136/1‑134 (MQ=255) aCGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCa < 1:479136/134‑1 (MQ=255) aCGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTg > 2:424330/1‑150 (MQ=255) cGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCaa > 2:602821/1‑150 (MQ=255) cagggccagTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCttt < 1:424330/150‑1 (MQ=255) agggccagTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTTGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTg < 1:150589/150‑1 (MQ=255) gggccagTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTgg > 1:129443/1‑150 (MQ=255) ggccagTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGc > 1:698052/1‑150 (MQ=255) gccagTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGCCTGG‑CGCG‑GCccaagcccgtcaacaaccag < 2:1140844‑M2/104‑21 (MQ=255) gccagTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGCC‑TGGCGCG‑GCccaagcccgtcaacaaccag > 1:1140844‑M2/1‑84 (MQ=255) cTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATtga > 1:244029/1‑149 (MQ=255) gATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTTGGC‑CG‑CGCCAGGccaagccc < 2:796184‑M2/80‑9 (MQ=255) gATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTTGGC‑CG‑CGCCAGGccaagccc > 1:796184‑M2/1‑72 (MQ=255) tggCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGAGCACGAAgt < 2:129443/150‑1 (MQ=255) ccGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAgtggtg < 1:785164/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCg < 1:611147/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGCGTCCATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCg < 1:267821/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGAc < 1:959071/150‑1 (MQ=255) cTGCGTCGATCAGCGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCGAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCCGCTTGCAATGCATTTGGCGAACAGTGTGGACACGAAGTGGAGGCAGGAGTCggtcc > 2:150927/1‑147 (MQ=255) cTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACt > 1:720316/1‑150 (MQ=255) gTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCcagcag > 1:296061/1‑91 (MQ=255) gTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCcagcag < 2:296061/91‑1 (MQ=255) cAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGA‑CG‑CGCCAGGCCAAGGCCGTAGCAGTTTATTGCCTCGGCATCGCAGACCGGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGaa < 1:270042/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAg < 1:434001/150‑1 (MQ=255) cTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGcgccg > 1:705772/1‑150 (MQ=255) tGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGt < 1:527361/127‑1 (MQ=255) tGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGt > 2:527361/1‑127 (MQ=255) ttgttgACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCg < 2:729159/150‑1 (MQ=255) gACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTg < 1:602821/150‑1 (MQ=255) gACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTg > 1:1028448/1‑150 (MQ=255) gACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGCTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTg < 2:698052/150‑1 (MQ=255) gggCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGccaagcccgtcaacaaccaggcgttgatcgacgcaggctacctgtaccgggccaccacatcgcaggcactggccctggccatcgggatcgatccacaggtggttgcgcaaacactttcaaaattcacacgc < 2:197659‑M2/150‑132 (MQ=255) gCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGccaagcccgtcaacaaccaggcgttg < 1:570932‑M2/43‑27 (MQ=255) gCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGccaagcccgtcaacaaccaggcgttg > 2:570932‑M2/1‑17 (MQ=255) gggC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCg > 2:173915/1‑112 (MQ=255) gggC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCg < 1:173915/112‑1 (MQ=255) gggC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGTTTTGGTCTACCGc > 1:249021/1‑150 (MQ=255) gC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTGGTCTAcc > 2:236907/1‑146 (MQ=255) gC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTGGTCTAcc < 1:236907/146‑1 (MQ=255) gcCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTGGTCTACCGCAATCACg > 2:155820/1‑150 (MQ=255) gcCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGAAGACAAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGACAGACTCGTTAACGAAGAGCAGCCCGGTTTGGTCTACCGCAATCACg > 2:86752/1‑150 (MQ=255) | CCGGCATCGCTGTTGAACTGTGAAAGTGTTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTGTTGACGGGCTTGGGC‑CG‑CGCCAGGCCAAGCCCGTAGCGGTTCATTGCCTCGGCATCGCAGACCAGCCAGCAGCTGGCAATGCCTTTGGCGAACATTGTGTGCACGAAGTGGTGGTAGGAGTCGGACTCGTTGACGAAGCGCCGCCCGGTTTGGTCTACCGCAATCACG > NC_002947/2981059‑2981352 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |