New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4959601 | 37 (0.820) | 4 (0.090) | 4/240 | NT | 10.4% | coding (915/1779 nt) | fliF | flagellar M‑ring protein |
? | NC_002947 | = 4959615 | 33 (0.760) | coding (901/1779 nt) | fliF | flagellar M‑ring protein |
AGCCGGGGTAGCCGCGCCACCAGTGGTCTGCGGTGCCGAAGCGGCGCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCGAAC > NC_002947/4959466‑4959763 | agcCGGGGTAGCCGCGCCACCAGTGGTCTGCGGTGCCGAAGCGGCGCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCggg < 1:53134/150‑1 (MQ=255) gTAGCCGCGCCACCAGTGGTCTGCGGTGCCGAAGCGGCGCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAAc > 1:608869/1‑150 (MQ=255) gcgcCACCAGTGGTCTGCGGTGCCGAAGCGGCGCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCg < 1:926717/150‑1 (MQ=255) gcgcCACCAGTGGTCTGCGGTGCCGAAGCGGCGCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCg > 1:1098408/1‑150 (MQ=255) accaGTGGTCTGCGGTGCCGAAGCGGCGCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGGCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGt < 2:487219/150‑1 (MQ=255) cggcgCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGa < 1:531797/150‑1 (MQ=255) cggcgCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGa > 1:648719/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAgg < 2:403802/150‑1 (MQ=255) gcCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTc > 2:632900/1‑150 (MQ=255) ggcggcTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGaa > 2:1144551/1‑107 (MQ=255) ggcggcTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGaa < 1:1144551/107‑1 (MQ=255) tGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGGTCCCAGCGCTGCTCCGGCTGGTAGGGGTTGTAGT‑CTCGGAAGTGGGATTCGACCTCGCTAAAGTCGAGGTCGGCAGACACt > 1:570023/1‑150 (MQ=255) ttGCTGAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCg < 1:495688/150‑1 (MQ=255) ttaGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCt > 2:600845/3‑150 (MQ=255) ccAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCgg > 1:1075521/1‑150 (MQ=255) cgcacCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGtt < 2:658529/148‑1 (MQ=255) acacCTTGCGGGCCTTGGCTGATGGCATGCTGGTCATCTACCGACTGGTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGACCTTGTAGCGGTCGTTg < 2:615300/150‑1 (MQ=255) acCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCg < 1:360218/130‑1 (MQ=255) acCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCg > 2:360218/1‑130 (MQ=255) ccTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGccc < 2:648719/150‑1 (MQ=255) cTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCa > 2:673410/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCTGCTGGTTCGTTGTAAGTCGACGGACTGCTCGCTGCGCTACGCCGGCTGGTCGGGGTTGACCCGTTCCGAGGT‑GCACTCGACCGCGCTTACGTCGCGCTCCGCGGACACTTCTGCATTGTAGCAGTCGTTGTACCCCACCGGc < 2:570023/150‑1 (MQ=255) ttGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTg > 1:461211/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGa > 2:263091/1‑150 (MQ=255) ctgGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTTTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAAtg > 2:180135/1‑150 (MQ=255) cACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAAtgttgt > 1:576797/1‑150 (MQ=255) aCGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCCAACGCTTTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTtgtg < 2:347017/150‑1 (MQ=255) gaccgacTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCgg > 1:413095/1‑106 (MQ=255) gaccgacTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCgg < 2:413095/106‑1 (MQ=255) ccgacTGCTCGCTGCTCTTTGCCGGTTGGTCGGGGTTGTACTGTTCGGAGGT‑GGTCGCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACATTTCGGGCTTGTAGCTGTCGTTGACGAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGa < 2:579569/150‑1 (MQ=255) tGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATg > 2:359380/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCtt < 1:527483/89‑1 (MQ=255) tCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCtt > 2:527483/1‑89 (MQ=255) gCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTc < 1:359380/150‑1 (MQ=255) tGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGgttgcgcagcgagcagtcggtcgacgaacaacgtgccagcagccaaggccc > 2:1010406‑M2/1‑22 (MQ=255) tGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGgttgcgcagcgagcagtcggtcgacgaacaacgtgccagcagccaaggccc < 1:1010406‑M2/73‑52 (MQ=255) gcgcAACGCCGGCTGGTCGGGgttgcgcagcgagcagtcggtcgacgaacaacgtgccagcagccaaggcccgcaaggtgt < 2:49146‑M2/81‑61 (MQ=255) gcgcAACGCCGGCTGGTCGGGgttgcgcagcgagcagtcggtcgacgaacaacgtgccagcagccaaggcccgcaaggtgt > 1:49146‑M2/1‑21 (MQ=255) ggCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTg > 1:686995/1‑150 (MQ=255) ggCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTg < 2:686995/150‑1 (MQ=255) gTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTc > 1:695702/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCg > 2:236533/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCg > 2:1006907/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCg > 1:571575/1‑150 (MQ=255) ggggTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCGaa < 2:461211/150‑1 (MQ=255) gggTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTTTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGGACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCGAAc < 1:180135/150‑1 (MQ=255) gggTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCGAAc < 2:695702/150‑1 (MQ=255) | AGCCGGGGTAGCCGCGCCACCAGTGGTCTGCGGTGCCGAAGCGGCGCCTGGCGGCTGGTTGCTCAGCGCGCCAGGCACACCTTGCGGGCCTTGGCTGCTGGCACGTTGTTCGTCGACCGACTGCTCGCTGCGCAACGCCGGCTGGTCGGGGTTGAACTGTTCGGAGGT‑GGACTCGACCGCGCTGAAGTCGAGGTCGGCGGACACTTCGGCCTTGTAGCGGTCGTTGCCCAACACCGGCTGCAGAATGTTGTGCACACGCTGGGTGAGCATGCTTTCCACCCGGCGGCTGTAGTCGAAC > NC_002947/4959466‑4959763 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |