New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5773906 = | 50 (1.110) | 3 (0.070) | 3/232 | NT | 6.8% | coding (413/657 nt) | betI | choline‑responsive transcriptional repressor BetI |
? | NC_002947 | 5773970 = | 36 (0.850) | coding (477/657 nt) | betI | choline‑responsive transcriptional repressor BetI |
CCTTCTGGGCTTCCAGCATGCACCAGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAGCAGCACACCCTGGGCACAAACGACCAGGCTGCTGACAAT > NC_002947/5773825‑5774114 | ccTTCTGGGCTTCCAGCATGCACCAGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGa > 2:1055791/1‑150 (MQ=255) cTTCTGGGCTTCCAGCATGCACCAGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCAGCGGCCTGGAAGCCCTGaa > 2:185702/1‑149 (MQ=255) aGCATGCACCAGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTgg < 1:793760/150‑1 (MQ=255) aCCAGCCCGATTTGTACAGGTTGCAGCGGATCAACGACAACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGTCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTg > 2:839568/1‑150 (MQ=255) ccAGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTgg > 2:1069626/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGgc > 1:155574/1‑150 (MQ=255) aGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGgcg > 1:178799/1‑150 (MQ=255) ttGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCg < 1:957145/150‑1 (MQ=255) gCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCggg < 1:16148/150‑1 (MQ=255) gCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCggg > 2:16148/1‑150 (MQ=255) gCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCACCGCGCCCTTCCTCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCggg < 1:445098/150‑1 (MQ=255) acaGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTGTATCGGGCGCGCAAGGAAGCCCGCGGCATCGGAGGCGTTATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTg > 1:270494/1‑150 (MQ=255) acaGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGcc < 2:358064/140‑1 (MQ=255) acaGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGcc > 1:358064/1‑140 (MQ=255) aGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGAt < 1:1055791/150‑1 (MQ=255) aGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGAt > 2:1052777/1‑150 (MQ=255) acccgacagggcgccacgcagccacaaaccgtcgatcaggGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACg < 2:656524‑M1/75‑1 (MQ=255) acccgacagggcgccacgcagccacaaaccgtcgatcaggGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACg > 1:656524‑M1/41‑115 (MQ=255) gCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCt > 2:805457/1‑102 (MQ=255) gCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCt < 1:805457/102‑1 (MQ=255) gCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGa < 2:178799/150‑1 (MQ=255) gATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGCGCTGCATGCGacac > 2:936882/1‑150 (MQ=255) gATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCATGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGacac < 1:11624/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGa < 2:417224/126‑1 (MQ=255) ccGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGa > 1:417224/1‑126 (MQ=255) cGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTc > 2:1098130/1‑119 (MQ=255) cGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTc < 1:1098130/119‑1 (MQ=255) ttGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACgg > 2:162516/1‑150 (MQ=255) gTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGAt > 2:1010444/1‑150 (MQ=255) ttCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGc > 1:539320/1‑150 (MQ=255) ttCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGc > 1:45216/1‑150 (MQ=255) ttCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGc < 1:1069626/150‑1 (MQ=255) cgtcgatcagggctgccaggccgcgggctgccttgcgcgcatggtagagcggcagggcgcggcggaactggcagcCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGt < 2:656524‑M2/40‑1 (MQ=255) cgtcgatcagggctgccaggccgcgggctgccttgcgcgcatggtagagcggcagggcgcggcggaactggcagcCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGt > 1:656524‑M2/76‑115 (MQ=255) gtgCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTtgt > 1:1146450/1‑83 (MQ=255) gtgCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTtgt < 2:1146450/83‑1 (MQ=255) GCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCGAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACa > 1:1163122‑M1/1‑150 (MQ=255) ctgccaggccgcgggctgccttgcgcgcatggtagagcggcagggcgcggcggaactggcagcCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACAt > 1:708692‑M2/64‑150 (MQ=255) CTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGAGCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACAt > 2:460309‑M1/1‑150 (MQ=255) TGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACAcc < 2:637331‑M1/117‑1 (MQ=255) TGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACAcc > 1:637331‑M1/1‑117 (MQ=255) CCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGa < 1:232937‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCCCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGaa > 2:103766‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgcCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGa > 1:342150/1‑54 (MQ=255) gcgcCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGa < 2:342150/54‑1 (MQ=255) ccTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCaa > 2:993811/1‑150 (MQ=255) tgacgatctACAATGAGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAagc > 2:443899/7‑150 (MQ=255) gCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCGTTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAgcagca > 1:764740/1‑150 (MQ=255) ctACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATCCATTCGACACTCACCTCTGGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAGCAGCacac < 1:1052777/150‑1 (MQ=255) tACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAGCAGCACAcc > 1:751925/1‑150 (MQ=255) ccATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAGCAGCACACCCt < 1:839568/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTa < 2:747722/107‑1 (MQ=255) gcgcgcAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTa > 1:747722/1‑107 (MQ=255) ggCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAGCAGCACACCCTGGGCACAAACGACCAGgctgct < 1:443899/150‑1 (MQ=255) ccTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTCTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAGCAGCACACCCTGGGCACAAACGACCAGGCTGCTGa < 1:185702/150‑1 (MQ=255) gCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACCACAACTGGCCAAGCAGCACACCCTGGGCACAAACGACCAGGCTGCTGACAAT < 2:45216‑M1/150‑1 (MQ=255) | CCTTCTGGGCTTCCAGCATGCACCAGCCCGATTTGCACAGGTTGCAGCGGATCAACGACCACCGCTTGTATTCCAACCTGTGCTGCCAGTTCCGCCGCGCCCTGCCGCTCTACCATGCGCGCAAGGCAGCCCGCGGCCTGGCAGCCCTGATCGACGGTTTGTGGCTGCGTGGCGCCCTGTCGGGTGATGCATTCGACACCGACCAGGCGATACGGATTGCTTACGAATACATGGAACTACAACTGGCCAAGCAGCACACCCTGGGCACAAACGACCAGGCTGCTGACAAT > NC_002947/5773825‑5774114 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |