New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1042217 = | 26 (1.610) | 4 (0.260) | 4/242 | NT | 15.5% | coding (24/1311 nt) | colS | integral membrane sensor signal transduction histidine kinase |
? | NC_002947 | 1042258 = | 19 (1.240) | coding (65/1311 nt) | colS | integral membrane sensor signal transduction histidine kinase |
TGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATCGGCCTCGTCCAGAC > NC_002947/1042110‑1042400 | tGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCtggtg > 2:119992/1‑150 (MQ=255) tGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCtggtg < 1:200878/150‑1 (MQ=255) tccatacgcagcaggcgctgcaggtcaccgcccagtaccgaggaaatcagtcgctcttcgaccaggtgcaccgtgccgacgataccgaatgcgaaggccccggccaCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCtggtgg > 2:131983‑M1/107‑150 (MQ=255) ggTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCgggg > 2:67960/1‑150 (MQ=255) aCCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCg > 1:95853/1‑150 (MQ=255) aaaCCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCgg > 1:40578/1‑150 (MQ=255) gcATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCAcc > 1:285611/1‑150 (MQ=255) aTGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAagag > 2:171638/1‑150 (MQ=255) gCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGa < 1:119992/150‑1 (MQ=255) gTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACt < 2:40578/150‑1 (MQ=255) gCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAtcgtcg > 1:195752/1‑118 (MQ=255) gCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTAtcgtcg < 2:195752/118‑1 (MQ=255) ccGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTg < 2:341425/150‑1 (MQ=255) gAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTggg < 2:424072/150‑1 (MQ=255) ccGCGATGGCGTTTCAGCACAGCACAGACCAGTCCATCACCATTTCCGTTTCCCTAATGATCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCGCGGTGCACCTGAGCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGAGCGGTg > 2:228644/1‑150 (MQ=255) aTGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTg > 2:265422/1‑150 (MQ=255) tttAAGCAACGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAgcgc > 2:16758/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCCTAGCGCATCGTCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTTGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTa < 1:138722/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGGTGGGCGCGCTGGTGGCCGAGCGAGGGGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTAt < 1:228644/150‑1 (MQ=255) tGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACTTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGa < 1:171638/150‑1 (MQ=255) ccaccagcgcgctcatcagggcaaaggcgatgatgatgcgctggTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGa > 2:131983‑M2/45‑150 (MQ=255) CAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGc > 1:429250‑M1/1‑150 (MQ=255) agcgcgctcatcagggcaaaggcgatgatgatgcgctggTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTa > 2:420412‑M2/40‑141 (MQ=255) agcgcgctcatcagggcaaaggcgatgatgatgcgctggTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTa < 1:420412‑M2/102‑1 (MQ=255) CATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAg > 1:16758‑M1/1‑150 (MQ=255) tcGCCGTTGCCCTGATGAGCGCGCTTGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGAccggg > 2:320186/1‑146 (MQ=255) gcaaaggcgatgatgatgcgctggTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTc < 1:131983‑M2/126‑1 (MQ=255) gatgaGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATCGGCCTCg < 2:285611/150‑1 (MQ=255) gcgctggTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACAGTGCCCTTAGTCTAAGAGTGACTTATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATCGGCCTCGTCCAGAc < 1:363829‑M2/143‑1 (MQ=255) | TGCGCCAGGTGATCGACAAACCGTTTGAGAAACCGTTGCTGCATACCGTCCATGGCGTCGGCTATCGCCTCGCCGAGGGCCGCGATGGAGTTTAAGCAAAGCCTTGCCCAGCGCATCATCATCGCCTTTGCCCTGATGAGCGCGCTGGTGGCCGGGGCCTTCGCATTCGGTATCGTCGGCACGGTGCACCTGGTCGAAGAGCGACTGATTTCCTCGGTACTGGGCGGTGACCTGCAGCGCCTGCTGCGTATGGACAGCGTCAGTGACTGGAGTCATCGGCCTCGTCCAGAC > NC_002947/1042110‑1042400 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |