New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2770084 | 26 (0.920) | 3 (0.110) | 3/234 | NT | 10.0% | coding (94/354 nt) | PP_2422 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2770120 | 29 (1.080) | coding (58/354 nt) | PP_2422 | hypothetical protein |
CCCCGCTTTGACGGCCTGCTGCGAATGCACGGCGATGCAGCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCG > NC_002947/2769938‑2770228 | ccccGCTTTGACGGCCTGCTGCGAATGCACGGCGATGCAGCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTAc < 1:59129/150‑1 (MQ=255) cccGCTTTGACGGCCTGCTGCGAATGCACGGCGATGCAGCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACg > 2:640966/1‑150 (MQ=255) cGAATGCACGGCGATGCAGCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCtt < 1:640966/150‑1 (MQ=255) aCGGCGATGCAGCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTGGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCg > 1:16001/1‑150 (MQ=255) gATGCAGCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCAACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTATTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTAAGGTGTCGGGGGAGAGTTGATGGAGATCGCTGag > 1:294476/1‑149 (MQ=255) gCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCatcggcgatctcaagcaactctcccccgacaccgtagccggc < 1:121862‑M1/150‑43 (MQ=255) cGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCatcggcgatctcaagcaactctcccccgacaccgtagccggcta > 1:445189‑M1/1‑106 (MQ=255) cGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCatcggcgatctcaagcaactctcccccgacaccgtagccggctacat < 2:445189‑M1/150‑48 (MQ=255) tggtCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCGGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTAc > 1:478570/1‑150 (MQ=255) acaGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGATGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCACTACCTGCTTACGGTaa > 2:248118/1‑149 (MQ=255) ggCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGCGATATGGGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCa < 2:558683/150‑1 (MQ=255) aaGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTcc > 2:604288/1‑144 (MQ=255) aaGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTcc < 1:604288/144‑1 (MQ=255) gaTCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGCCGTTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAAATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCcatcat < 1:324398/150‑1 (MQ=255) gCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATgccggc < 2:706757‑M2/109‑7 (MQ=255) gCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATgccggc > 1:706757‑M2/1‑103 (MQ=255) gcgGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGt > 2:674407/1‑150 (MQ=255) tCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCa > 2:534156/1‑150 (MQ=255) aTCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTc > 1:513120/1‑123 (MQ=255) aTCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTc < 2:513120/123‑1 (MQ=255) tCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATTCCGGCCATTAACt < 1:527706/100‑1 (MQ=255) tCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATTCCGGCCATTAACt > 2:527706/1‑100 (MQ=255) ggtCTTGGCCCCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTgg < 2:16001/150‑1 (MQ=255) tCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACgg < 1:373220/95‑1 (MQ=255) tCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACgg > 2:373220/1‑95 (MQ=255) cACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGTTTGCGCGTGGGGCTTTCa > 1:86055/1‑150 (MQ=255) aCCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCtt < 2:128479/120‑1 (MQ=255) aCCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCtt > 1:128479/1‑120 (MQ=255) gCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTa < 1:674407/150‑1 (MQ=255) ggTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGAGCGCCGAGGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTg < 2:73809/150‑1 (MQ=255) tCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGc < 1:534156/150‑1 (MQ=255) aTGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATgccggctacatgaccgccagcggtgcaggtgccaagaccaaccacctggatgccaagacccgcgagctgatctccttggccgtggctgtgaccacccgctgcg < 2:445189‑M2/150‑104 (MQ=255) aTGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGt < 1:689559/145‑1 (MQ=255) aTGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGt > 2:689559/1‑145 (MQ=255) tAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATgccggctacatgaccgccagcggtgcaggtgccaagaccaaccacctggatgccaagacccgcgagctgatctccttggccgtggctgtgaccacccgctgcgacg > 1:445189‑M2/1‑44 (MQ=255) gCCGGCatcggcgatctcaagcaactctcccccgacaccgtagccggctacatgaccgccagcggtgcaggtgccaagaccaaccacctggatgccaagacccgcgagc > 1:706757‑M1/1‑6 (MQ=255) gCCGGCatcggcgatctcaagcaactctcccccgacaccgtagccggctacatgaccgccagcggtgcaggtgccaagaccaaccacctggatgccaagacccgcgagc < 2:706757‑M1/109‑104 (MQ=255) gCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATgccggctacatgaccgccagcggtgcaggtgccaagaccaaccacctggatgccaagacccgcgagctgatctccttggccgtggctgtgaccacccgctgcgacggc < 1:121862‑M2/150‑109 (MQ=255) | CCCCGCTTTGACGGCCTGCTGCGAATGCACGGCGATGCAGCCGTCGCAGCGGGTGGTCACAGCCACGGCCAAGGAGATCAGCTCGCGGGTCTTGGCATCCAGGTGGTTGGTCTTGGCACCTGCACCGCTGGCGGTCATGTAGCCGGCTACGGTGTCGGGGGAGAGTTGCTTGAGATCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCG > NC_002947/2769938‑2770228 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |