New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2783220 = | 21 (0.750) | 4 (0.150) | 4/240 | NT | 14.4% | coding (246/927 nt) | PP_2436 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2783251 = | 27 (0.980) | coding (215/927 nt) | PP_2436 | LysR family transcriptional regulator |
GCGGCGCAGGCGCTGGAACAGCGGCGGCAAGATGACCGCCTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAG > NC_002947/2783103‑2783399 | gcggcgCAGGCGCTGGAACAGCGGCGGCAAGATGACCGCCTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAgg > 2:560968/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGCGCTGGAACAGCGGCGGCAAGATGACCGCCTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGcc < 1:569837/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGCGCTGGAACAGCGGCGGCAAGATGACCGCCTCGGTCAGGGCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGcc > 2:144842/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGGAACAGCGGCGGCAAGATGACCGCCTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCgatga > 1:303833/1‑150 (MQ=255) aaCAGCGGCGGCAAGATGACCGCCTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTgc < 2:303833/150‑1 (MQ=255) aatgccctgtcgcgcctgcgcgaaaccttcaatgacccgctgttcgtgcgtaccgcgcaaggcatggtgcccacacccatggcgcagaacatcatcggccctgtccgcaacagcgccagcgcgttgcgcacaGGGCCgatgat > 2:255842‑M2/133‑143 (MQ=255) aatgccctgtcgcgcctgcgcgaaaccttcaatgacccgctgttcgtgcgtaccgcgcaaggcatggtgcccacacccatggcgcagaacatcatcggccctgtccgcaacagcgccagcgcgttgcgcacaGGGCCgatgat < 1:255842‑M2/11‑1 (MQ=255) ggcggcAAGATGACCGCCTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATg < 2:204830/150‑1 (MQ=255) cTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGcc < 2:302018/150‑1 (MQ=255) gtcggtcATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGt < 1:234405/150‑1 (MQ=255) gtcggtcATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑CTGGCGGAGAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGt < 1:280418/150‑1 (MQ=255) gCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGaa > 2:183437/1‑150 (MQ=255) gAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAAAGTGCGGCGTTCCTGCACCGATGTCGGGAACAGCGCCAGAGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTGTGCGCCATGGGGGTGGGCACCATGCCTTGTGCGGTACGCACGAAAAGCGGGta > 2:365779/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCAtt > 2:298972/1‑150 (MQ=255) cgcgcaaggcatggtgcccacacccatggcgcagaacatcatcggcccTGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAg < 2:732259‑M1/32‑1 (MQ=255) cgcgcaaggcatggtgcccacacccatggcgcagaacatcatcggcccTGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAg > 1:732259‑M1/49‑80 (MQ=255) cTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGaa < 1:162302/150‑1 (MQ=255) tgttgGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAgg < 2:193180/150‑1 (MQ=255) aaCGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAgg > 1:675320/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCTTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCCTGCGCGaaacctt < 1:575993/150‑7 (MQ=255) gTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCa > 1:522495/1‑150 (MQ=255) gCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCAtt < 2:675320/150‑1 (MQ=255) gCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGa > 2:646280/1‑150 (MQ=255) atcatcggcccTGTGCGCAAC‑GCGCTGGCGCTGTTGCGGACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCAtt < 1:255842‑M1/132‑1 (MQ=255) atcatcggcccTGTGCGCAAC‑GCGCTGGCGCTGTTGCGGACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCAtt > 2:255842‑M1/12‑143 (MQ=255) aCCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCtt > 1:129288/1‑79 (MQ=255) aCCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCtt < 2:129288/79‑1 (MQ=255) cGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTg < 1:298972/150‑1 (MQ=255) cGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGGCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTg > 1:315635/1‑150 (MQ=255) ctgtgcgcaacgcgctggcgctgttgcggacaGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGcgcg < 2:732259‑M2/48‑1 (MQ=255) ctgtgcgcaacgcgctggcgctgttgcggacaGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGcgcg > 1:732259‑M2/33‑80 (MQ=255) TCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTaa < 2:419795‑M1/150‑1 (MQ=255) cGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATg < 2:522495/150‑1 (MQ=255) cgccagcgc‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGAt < 1:124704/150‑1 (MQ=255) agcgc‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGc > 1:245800/1‑150 (MQ=255) agcgc‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGc > 1:177591/1‑150 (MQ=255) agcgc‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGCCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGc > 1:325099/1‑150 (MQ=255) cgc‑gTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAGGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGccc < 1:560968/150‑1 (MQ=255) cgc‑gTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGACGAAGATCTGtcc < 2:445803/150‑1 (MQ=255) aGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTcat < 1:144842‑M2/149‑2 (MQ=255) | GCGGCGCAGGCGCTGGAACAGCGGCGGCAAGATGACCGCCTCGGTCAGGTCGGTCATGCTGATGCGGAAGGTCTTGTTGGCCTGCTGCGGGTTGAACGTGCGGCTTTCCTGCACCGATGTCCGCAACAGCGCCAGCGC‑GTTGCGCACAGGGCCGATGATGTTCTGCGCCATGGGTGTGGGCACCATGCCTTGCGCGGTACGCACGAACAGCGGGTCATTGAAGGTTTCGCGCAGGCGCGACAGGGCATTGGACACTGCCGGCTGGGTAATGCCGACGATCTGCCCGGCGCGGGTCAG > NC_002947/2783103‑2783399 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |