New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5995262 = | 45 (1.600) | 4 (0.150) | 4/238 | NT | 8.6% | coding (1826/1983 nt) | PP_5252 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 5995293 = | 41 (1.500) | coding (1795/1983 nt) | PP_5252 | hypothetical protein |
GCCCTGGAAGTCATTTACCGGCACGCTCGAATGCCGCGCCTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTCCAGCGACAATGCT > NC_002947/5995144‑5995441 | gCCCTGGAAGTCATTTACCGGCACGTTCGAATGCCGCGCCTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGa < 2:295932/150‑1 (MQ=255) gaggcgatcaagggcatcgagtcggtgctgaccatcgttgatggcaaggtggtgtacggtgctggcgagttcgacaagtttggcccaccgcaggtgccggtgctgccggagtggtCGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCa < 2:260680‑M1/35‑1 (MQ=255) aggcgatcaagggcatcgagtcggtgctgaccatcgttgatggcaaggtggtgtacggtgctggcgagttcgacaagtttggcccaccgcaggtgccggtgctgccggagtggtCGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCAc > 1:260680‑M1/115‑150 (MQ=255) gAAGTCATTTACCGGCACGCTCGAATGCCGCGCCTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTc > 1:207906/1‑150 (MQ=255) tCATTTACCGGCACGCTCGAATGCCGCGCCTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGGACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGgc < 1:136682/150‑1 (MQ=255) aaTGCCGCGCGTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTg < 2:537018/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCaa > 2:176199/1‑150 (MQ=255) tcgttgatggcaaggtggtgtacggtgctggcgagttcgacaagtttggcccaccgcaggtgccggtgctgccggagtggtcgccagtgcccaggcaccttggtcaccggcgACCACTCCGgc > 2:278698‑M2/113‑123 (MQ=255) tcgttgatggcaaggtggtgtacggtgctggcgagttcgacaagtttggcccaccgcaggtgccggtgctgccggagtggtcgccagtgcccaggcaccttggtcaccggcgACCACTCCGgc < 1:278698‑M2/11‑1 (MQ=255) ccTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACt > 2:420168/1‑150 (MQ=255) cTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACtt > 2:253139/1‑150 (MQ=255) ttttCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTg > 2:328003/1‑150 (MQ=255) ttttCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTg > 1:177857/1‑150 (MQ=255) ttCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTc < 2:241510/150‑1 (MQ=255) ttCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTc < 2:195654/150‑1 (MQ=255) ttCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGAACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTc < 1:196359/150‑1 (MQ=255) tGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAAc > 2:255230/1‑150 (MQ=255) gcATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCa > 2:250118/1‑150 (MQ=255) aTGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCAcc > 2:102992/1‑150 (MQ=255) gCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGt > 1:490630/1‑150 (MQ=255) cacaCCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTa < 1:331396/150‑1 (MQ=255) acacCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTac > 2:718722/1‑150 (MQ=255) acacCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTac > 1:450447/1‑150 (MQ=255) accacAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTacac > 2:635708/1‑150 (MQ=255) cccGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTgg < 2:116317/108‑1 (MQ=255) cccGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTgg > 1:116317/1‑108 (MQ=255) aCTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGa > 2:330811/1‑150 (MQ=255) cTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCATAGCTACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCAGCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGAt < 2:49751/150‑1 (MQ=255) tGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTc < 2:490630/150‑1 (MQ=255) tGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTc < 2:2615/150‑1 (MQ=255) gCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGAc < 1:330811/150‑1 (MQ=255) cTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACt < 1:9540/150‑1 (MQ=255) aCGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTAGACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGc < 1:718722/150‑1 (MQ=255) aCGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGc < 2:421448/150‑1 (MQ=255) gccggagtggtCGCCGGTGACCAAGGTGCCTGGG‑CACTGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGa > 2:278698‑M1/12‑123 (MQ=255) gccggagtggtCGCCGGTGACCAAGGTGCCT‑GGGCACTGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGa < 1:278698‑M1/112‑1 (MQ=255) gTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATc < 1:261807/150‑1 (MQ=255) gtggtcgccggtgaccaaggtgcctgggcactggcgACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCct > 1:260680‑M2/37‑150 (MQ=255) gACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGAGCCCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCctc < 2:414987/150‑1 (MQ=255) tggtcgccggtgaccaaggtgcctgggcactggcgACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCctc < 2:260680‑M2/115‑1 (MQ=255) GCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCGGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTcac < 2:195029‑M1/150‑2 (MQ=255) tGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGaca < 1:635708/150‑1 (MQ=255) cccA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACt < 2:177857/150‑1 (MQ=255) ccA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTaca > 1:450159/1‑85 (MQ=255) ccA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTaca < 2:450159/85‑1 (MQ=255) ccTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGt > 1:24835/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTc > 2:732074/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTACGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATGGACACTGAAGAAGTc > 1:747839/1‑150 (MQ=255) ttGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTcc < 2:207906/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTCCa < 1:420168/150‑1 (MQ=255) gTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTCCAGc < 1:328003/150‑1 (MQ=255) tCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTCCAGCg > 1:215022/1‑150 (MQ=255) cACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTAAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTCCAGCGa > 2:351024/1‑150 (MQ=255) gACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATc > 1:549336‑M2/2‑122 (MQ=255) gACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATc < 2:549336‑M2/121‑1 (MQ=255) gACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTCCAGCGACAATGCt < 1:250118‑M2/149‑1 (MQ=255) | GCCCTGGAAGTCATTTACCGGCACGCTCGAATGCCGCGCCTTTTCGTGGCTGTGCGCATGCACACCACAAGGCCCGCTGCACTGGTGCACCGCGGCTGCCAACGATGGCGTACCGACACGCCAGTGCCCA‑GGCACCTTGGTCACCGGCGACCACTCCGGCAGCACCGGCACCTGCGGTGGGCCAAACTTGTCGAACTCGCCAGCACCGTACACCACCTTGCCATCAACGATGGTCAGCACCGACTCGATGCCCTTGATCGCCTCTTCATCGACACTGAAGAAGTCCAGCGACAATGCT > NC_002947/5995144‑5995441 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |