New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2655400 | 26 (0.900) | 7 (0.250) | 7/254 | 2.4 | 21.2% | intergenic (+71/+99) | cysB/cysH | transcriptional regulator CysB/phosphoadenosine phosphosulfate reductase |
? | NC_002947 | = 2655479 | 27 (0.970) | intergenic (+150/+20) | cysB/cysH | transcriptional regulator CysB/phosphoadenosine phosphosulfate reductase |
GATGGGGCCGCTGTGGGAGTAACGGCCCTTGCTCAATGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCTTCACGCTCATGCTGGTTTGG > NC_002947/2655339‑2655594 | gATGGGGCCGCTGTGGGAGTAACGGCCCTTGCTCAATGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGgccgc < 1:560341/150‑1 (MQ=255) ggCCGCTGTGGGAGTAACGGCCCTTGCTCAATGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAg < 2:448157/150‑1 (MQ=255) ggCCCTTGCTCAATGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTg > 2:668148/1‑150 (MQ=255) ttGCTCAATGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAg > 1:235390/1‑150 (MQ=255) ttGCTCAATGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAg < 1:668148/150‑1 (MQ=255) aTGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCa > 1:499578/1‑142 (MQ=255) aTGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCa < 2:499578/142‑1 (MQ=255) tAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATg > 1:98846/1‑150 (MQ=255) gcgATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTacagggatcgcgccagcttttagacattgagcaagggccgttactcccacagcggcccca < 2:79500‑M2/150‑61 (MQ=255) cccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTacagggatcgcgccagcttttagacattgagcaagggccgttactcccacagcg > 1:231393‑M2/1‑85 (MQ=255) cccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTacagggatcgcgccagcttttagacattgagcaagggccgttactcccacagcg < 2:231393‑M2/139‑55 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTacagggatcgcgccagcttttagacattgagcaagggccgttactc > 2:297245‑M2/1‑83 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTacagggatcgcgccagcttttagacattgagcaagggccgttactc < 1:297245‑M2/129‑47 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCg < 2:137596/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTGCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGAc < 2:98846/150‑1 (MQ=255) cGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAAcc < 1:92886/128‑1 (MQ=255) cGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAAcc > 2:92886/1‑128 (MQ=255) ggCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGActctn < 2:526424/150‑2 (MQ=255) cccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCCacagggatc < 1:60442‑M2/75‑10 (MQ=255) cccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCCacagggatc > 2:60442‑M2/1‑66 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCccacca > 2:53051/1‑150 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCccacca > 2:22969/1‑150 (MQ=255) cgcgAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCccaccac > 2:163664/1‑150 (MQ=255) cgcgAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCccaccac < 1:22969/150‑1 (MQ=255) cgAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCccaccacca < 2:235390/150‑1 (MQ=255) gggCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCt > 1:316164/1‑150 (MQ=255) gggCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTATTCTTCGAAGATAAAGCCG‑CTCCGACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCt > 1:14294/1‑150 (MQ=39) aGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCTTCACGc < 2:114767/150‑1 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCCGGAAACGCCGACTCC‑AGAGGCCGCCCGAGGTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCCCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGAGCCCTTCCCGCTTATGCTg < 2:408403/150‑1 (MQ=255) cATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGACCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCTTCACGCTCATGCTgg > 1:252725/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCTTCACGCTCATGCTGGTTTgg < 2:348538/150‑1 (MQ=255) aCCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCTTCACGCTCATGCTGGTTTgg > 1:226022/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTc > 2:596651/1‑71 (MQ=255) aCCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTc < 1:596651/71‑1 (MQ=255) | GATGGGGCCGCTGTGGGAGTAACGGCCCTTGCTCAATGTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTACAGGCCGCCCTAGCTATCTCAAGCCTTGCTGATCAGGTTGCCCGCATGCAACCCGCATTCCTTCTGCGTCGACTCTTCCCACCACCAGCGCCCTTCACGCTCATGCTGGTTTGG > NC_002947/2655339‑2655594 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |