New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2300506 = | 14 (0.610) | 4 (0.180) | 4/236 | NT | 24.8% | coding (894/1239 nt) | sbcD | exonuclease subunit SbcD |
? | NC_002947 | 2300548 = | 11 (0.500) | coding (852/1239 nt) | sbcD | exonuclease subunit SbcD |
GAATCAGCCGTACCGCCTTGCCTTCAAGCGCGGTTTCGATCTGCTGGCGCAGGTCGGGTTGCGGCTCGTCGAGCAACACCCGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTACCGTCCAACTCCACTTCCAGGACCTGGTGCGGGTAGTTGATTTCGGCGAACG > NC_002947/2300358‑2300648 | caaccgcgaagagcgcatccgctacagcggctcgccaatcccgctgtcgttcgccgaaatcaactacccgcaccaggtcctggaagtggagttggacggtaacggcctggtcagcgtcgagccacgccccgtaccacgcgccgtggccCt > 2:319665‑M1/149‑150 (MQ=255) aTCACCCGTACCGCCTTGCCTTCAAGCGCGGTTTCGATCTGCTGGCGCAGGTCGGGTTGCGGCTCGTCGAGCAACACCCGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTtgctgc < 1:299238/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTACCGCCTTGCCTTCAAGCGCGGTTTCGATCTGCTGGCGCAGGTCGGGTTGCGGCTCGTCGAGCAACACCCGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGTaa < 1:614538/150‑1 (MQ=255) gCCGTACCGCCTTGCCTTCAAGCGCGGTTTCGATCTGCTGGCGCAGGTCGGGTTGCGGCTCGTCGAGCAACACCCGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACa > 1:82491/1‑150 (MQ=255) gccttCAAGCGCGGTTTCGATCTGCAGGCGCAGGTCGGGTTGCGGCTCGTCGAGCAACACCCGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCgg > 1:391646/1‑150 (MQ=255) aGCGCGGTTTCGATCTGCTGGCGCAGGTCGGGTTGCGGCTCGTCGAGCAACACCCGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCggg < 2:487602/150‑1 (MQ=255) cccgcaccaggtcctggaagtggagttggacggtaacggcctggtcagcgtcgagccacgccccgtaccacgcgccgtggccCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAg > 1:565794‑M1/83‑124 (MQ=255) cccgcaccaggtcctggaagtggagttggacggtaacggcctggtcagcgtcgagccacgccccgtaccacgcgccgtggccCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAg < 2:565794‑M1/42‑1 (MQ=255) ccGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGcc > 1:159909/1‑94 (MQ=255) ccGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGcc < 2:159909/94‑1 (MQ=255) cTCCAGCCAGGGCAGGCGGTGGGGATCTTCAAGCATGTCGACCACGGGCGGGGCGGGCAGTTGCTGCAACAGCACGCCCAGCGGTTCCCGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACCGGGCGTGGCTCGACGCCGACCAGGcc > 2:11218/1‑150 (MQ=255) agccagGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTa < 2:82491/150‑1 (MQ=255) ggTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTACCGTCCAACTCCACTTCCa > 1:198929/1‑150 (MQ=255) tCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGc < 1:82871/62‑1 (MQ=255) tCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGc > 2:82871/1‑62 (MQ=255) tCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTACCGTCCAACTCCACTTCCAgg < 1:158133/150‑1 (MQ=255) cACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTACCGTCCAACTCCACTTCCAGGACCTGGTGCGGGTAGtt < 1:151250/150‑1 (MQ=255) gtaccacgcgccgtggccCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTg < 2:598592‑M1/56‑1 (MQ=255) gtaccacgcgccgtggccCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTg > 1:598592‑M1/19‑74 (MQ=255) ggagaGTTGCTGCAACAGCACGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTACCGTCCAACTCCACTTCCAGGACCTGGTGCGGGGAGTTGATTTCGGCGaa > 2:127547/5‑150 (MQ=255) ccAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTACCGTCCAACTCCACTTCCAGGACCTGGTGCGGGTAGTTGATTTCGGCGAACg > 2:158225/1‑150 (MQ=255) | GAATCAGCCGTACCGCCTTGCCTTCAAGCGCGGTTTCGATCTGCTGGCGCAGGTCGGGTTGCGGCTCGTCGAGCAACACCCGCACCTCCAGCCAGGGCTGGCGGTTGGGGTCTTCAAGCAGGTCGACCACGGGCAGGTCGGCCAGTTGCTGCAACAGCTCGCCCAGCGGTGCCGGGCCCACCCGTTGCAGGGCCACGGCGCGTGGTACGGGGCGTGGCTCGACGCTGACCAGGCCGTTACCGTCCAACTCCACTTCCAGGACCTGGTGCGGGTAGTTGATTTCGGCGAACG > NC_002947/2300358‑2300648 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |