New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3152372 | 36 (1.560) | 3 (0.140) | 3/232 | NT | 8.1% | coding (484/882 nt) | PP_2768 | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 3152388 | 35 (1.630) | coding (500/882 nt) | PP_2768 | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
ATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCC > NC_002947/3152224‑3152516 | aTGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCAcgcg > 2:65212/1‑150 (MQ=255) ggggCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCagc > 2:139220‑M1/1‑147 (MQ=255) cAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGccac > 1:217526/1‑148 (MQ=255) gTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCCTCGGCCTGgcg > 2:61430/1‑150 (MQ=255) ccTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgc < 2:539373‑M2/150‑7 (MQ=255) gCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGc > 2:581000/1‑126 (MQ=255) gCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGc < 1:581000/126‑1 (MQ=255) gCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCcgac > 1:589381/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCagcgccaggccgatgcgcgtgcggttgaacagcaag < 1:139220‑M1/150‑37 (MQ=255) cccGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCACCCGGACGCGCATCGGCCTGGCGCGGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCgcggc < 1:539373/150‑1 (MQ=255) cccGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCgcggc > 2:311651/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCgcggcg > 2:147614/1‑150 (MQ=255) cGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCTGACGATCCCCGCGCGGCGa > 2:404592/1‑150 (MQ=255) cGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGa < 1:404592/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGAt < 2:167407/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGGCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCGGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCCCGGCGAt > 1:513452/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGt < 1:65212/150‑1 (MQ=255) gggCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCgg < 2:589381/150‑1 (MQ=255) cggcCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCagcgccaggccgatgcgcgtgcg > 2:571059‑M1/1‑89 (MQ=255) cggcCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCagcgccaggccgatgcgcgtgcg < 1:571059‑M1/112‑24 (MQ=255) ctgatggtgCCGCAGATCGCCCTGTTCGCCGTCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGTCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGc < 2:192659/150‑1 (MQ=39) tgTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGa < 1:311651/150‑1 (MQ=255) tCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCGGCCTAgg < 2:289922/150‑1 (MQ=255) gCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGgt > 1:454547/1‑150 (MQ=255) aGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGgtgt < 1:373623/150‑1 (MQ=255) ttCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTgg < 1:103860/150‑1 (MQ=255) gACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCg < 1:572986/150‑1 (MQ=255) aCCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGGGGGTGTGGGCgg < 2:551076/150‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCACCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCggtg > 1:389274/1‑150 (MQ=255) ggcggcggcCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCATGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTCGCCCGGCTGACTATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCgg < 1:346373/150‑1 (MQ=255) gcggcggcCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCggg < 1:358648/150‑1 (MQ=255) ccaggtggtGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGCGGGGGTGGGCGGGGATCTGGGCGGTGGCCGGGTGTGTCgg > 2:33105/4‑150 (MQ=255) tggtggTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGt < 2:454547/150‑1 (MQ=255) tgCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTtggtgg < 2:513452/150‑1 (MQ=255) tCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTGTGTCGGGTTGGTGGCCgg > 1:493963/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgcggttgaacagcaaggacagaagcaccaccagggccgccgccgttgcggcggcgaacaggtcgaactgcgacagcagcaggccgcccagctccagcggggcgtcgctga < 1:139220‑M2/150‑115 (MQ=255) cTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGgctgct > 1:162469/1‑150 (MQ=255) aaCCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGGCGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGTTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCa < 1:33105/150‑1 (MQ=255) aCCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCg < 2:588656/120‑1 (MQ=255) aCCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCg > 1:588656/1‑120 (MQ=255) aCCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCAc > 2:418798/1‑150 (MQ=255) ccGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCgg < 1:227264/120‑1 (MQ=255) ccGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCgg > 2:227264/1‑120 (MQ=255) cGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgcggttgaacagcaaggacagaagcaccaccagggccgccgccgttgcggcggcgaacaggtcgaactgcgacagcagcaggccg < 1:571059‑M2/112‑90 (MQ=255) cGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgcggttgaacagcaaggacagaagcaccaccagggccgccgccgttgcggcggcgaacaggtcgaactgcgacagcagcaggccg > 2:571059‑M2/1‑23 (MQ=255) gcacgcagcgccaggccgatgcgcgtgcggttgaacagcaaggacagaagcaccaccagggccgccgccgttgcggcggcgaacaggtcgaactgcgacagcagcaggccgcccagctccagcggggcgtcgctgatggccagctccagg < 2:539373‑M1/150‑145 (MQ=255) | ATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCC > NC_002947/3152224‑3152516 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |