New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4267344 = | 28 (1.210) | 5 (0.220) | 5/242 | NT | 18.1% | coding (558/1254 nt) | galP‑IV | porin‑like protein |
? | NC_002947 | 4267424 = | 18 (0.800) | coding (478/1254 nt) | galP‑IV | porin‑like protein |
TTTGCTGGTAGATGTCCTCCAATTGCGAGTGCCAGGCGCCGATCAGTGTTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCAACAGCGGAATATCCGGCAACAACTCC > NC_002947/4267196‑4267488 | tttGCTGGTAGATGTCCTCCAATTGCGAGTGCCAGGCGCCGATCAGTGTTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGt > 1:55768/1‑150 (MQ=255) gatgacgggcgagcggccgacgactacggtcgggccgggctggcggcgaagctgcgtatgtccgcgaccgagctgaaggtgggggagttgttgccggatattccgctgttgcgttacgacgatggccgcctgctgccgcagaccttccGt < 2:40129‑M1/2‑1 (MQ=255) gatgacgggcgagcggccgacgactacggtcgggccgggctggcggcgaagctgcgtatgtccgcgaccgagctgaaggtgggggagttgttgccggatattccgctgttgcgttacgacgatggccgcctgctgccgcagaccttccGt < 1:514442‑M1/2‑1 (MQ=255) gCTGGTAGATGTCCTCCAATTGCGAGTGCCAGGCGCCGATCATTGTTCGCTGCTGGTTTAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTTgc < 2:260934/150‑1 (MQ=255) ggTAGATGTCCTCCAATTGCGAGTGCCAGGCGCCGATCAGTGTTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑a < 2:181736/150‑1 (MQ=255) gTCCTCCAATTGCGAGTGCCAGGCGCCGATCAGTGTTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCAc > 2:93027/1‑150 (MQ=255) gcCGATCAGTGTTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAg < 2:123404/150‑1 (MQ=255) cAGTGTTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAg < 1:407259/150‑1 (MQ=255) ggcgaagctgcgtatgtccgcgaccgagctgaaggtgggggagttgttgccggatattccgctgttgcgttacgacgatggccgcctgctgccgcagaccttccGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAgg < 1:454233‑M1/46‑1 (MQ=255) gtgtTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGc > 2:389212/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCtt < 1:389212/150‑1 (MQ=255) gctgctGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGa > 1:40129/1‑150 (MQ=255) ctgctgGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGAt > 2:369158/1‑150 (MQ=255) gctgGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGAttt < 2:55768/150‑1 (MQ=255) gTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCcg > 1:113061/1‑150 (MQ=255) gTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCcg > 1:110748/1‑150 (MQ=255) ttGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCcgc < 2:110748/150‑1 (MQ=255) gAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGACCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGa > 2:398418/1‑150 (MQ=255) gtgggggagttgttgccggatattccgctgttgcgttacgacgatggccgcctgctgccgcagaccttccGTGGTGCCATGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATg < 2:281243‑M1/74‑1 (MQ=255) gtgggggagttgttgccggatattccgctgttgcgttacgacgatggccgcctgctgccgcagaccttccGTGGTGCCATGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATg > 1:281243‑M1/71‑144 (MQ=255) tAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGCCACCGGGTGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAg < 2:539432/150‑1 (MQ=255) tAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAg < 2:301611/150‑1 (MQ=255) ggagttgttgccggatattgggctgttgcgttacgacgatggccgcctgctgccgcagcccttccGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAg > 1:188880‑M1/66‑150 (MQ=255) gTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTGAGGACTTAGATGCCCCGCGAGGCGAGCAGGGCACCACGGAAGGt > 2:529679/1‑150 (MQ=255) aGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGa < 2:176917/111‑1 (MQ=255) aGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGa > 1:176917/1‑111 (MQ=255) cggatattccgctgttgcgttacgacgatggccgcctgctgccgcagaccttccGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGgcag > 2:454233‑M1/55‑150 (MQ=255) tCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTg > 1:451296/1‑80 (MQ=255) tCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTg < 2:451296/80‑1 (MQ=255) cccGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGAACGACGGAAGGTACAGGGCAGCAGGCGGCCAtc > 1:188842/1‑150 (MQ=255) gcgGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTaa < 1:93027/150‑1 (MQ=255) ggCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGCAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACg > 2:230845/1‑150 (MQ=255) cccAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGATACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCa > 2:188417/1‑150 (MQ=255) aGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCAACa > 1:581292/1‑150 (MQ=255) aGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCAACAGCGGAata > 2:45364/1‑150 (MQ=255) gTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTTGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCAACAGCGGAATATc > 2:551449/1‑150 (MQ=255) cGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCAACAGCGGAATATCCGGCAACAACTc < 1:529679/150‑1 (MQ=255) gAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCAACAGCGGAATATCCGGCAACAACTcc > 1:199973/1‑150 (MQ=255) aaGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGa > 2:77187/1‑72 (MQ=255) aaGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGa < 1:77187/72‑1 (MQ=255) | TTTGCTGGTAGATGTCCTCCAATTGCGAGTGCCAGGCGCCGATCAGTGTTCGCTGCTGGTTGAAGCGGTACTCGGCGCCGGCGTAGTTGAAGCCGTCCGAGGTGACCCCGGGCGCGGCCCAGGCAGATAGGTCCTGCATGTCCGAAGAGTGGCGC‑AGGCTCACCTCGCGGTACTGGCCGGCCTGCAGGCTCAGGCCTTCGATTTCCCGCGAGTCGAGCATGGCACCACGGAAGGTCTGCGGCAGCAGGCGGCCATCGTCGTAACGCAACAGCGGAATATCCGGCAACAACTCC > NC_002947/4267196‑4267488 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |