New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5093159 = | 31 (1.340) | 4 (0.180) | 4/236 | NT | 11.9% | coding (511/981 nt) | PP_4482 | AraC family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 5093232 = | 30 (1.370) | coding (438/981 nt) | PP_4482 | AraC family transcriptional regulator |
GTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCAAAGTCATCCTGCCAGCGCCAGTGCA > NC_002947/5093010‑5093305 | gcctgatcggtggcctgtcggccggggtgtatccgctggcaatgctgggcctgctcgatgggtaccgggcagccgtgcactggcgctggcaggatgactttgccgaacgcttccccaaggtgattgccaccagccacctgttcgactggg > 1:484283‑M1/150‑150 (MQ=255) ttGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGa < 2:122626/150‑1 (MQ=255) tGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGAt < 2:540668/150‑1 (MQ=255) tgatcggtggcctgtcggccggggtgtatccgctggcaatgctgggcctgctcgatgggtaccgggcagccgtgcactggcgctggcaggatgactttgccgaacgcttccccaaggtgattgccaccagccacctgttcgactggGATc < 1:136397‑M1/4‑1 (MQ=255) tCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATcgcgc < 1:249657/150‑1 (MQ=255) aTCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGcc > 2:261874/1‑150 (MQ=255) aTCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGcc > 1:364733/1‑150 (MQ=255) acGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGcc > 1:63620/1‑150 (MQ=255) tGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCcagcagc < 1:221958/150‑1 (MQ=255) gggcctgctcgatgggtaccgggcagaagctaactggcgctggcaggatgactttgccgaacgcttccccaaggtgattgccaccagccacctgttcgactggGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATAccg < 1:173251‑M1/47‑1 (MQ=255) gctcgatgggtaccgggcagccgtgaactggcgctggcaggatgtccgatcctaacgcgtccccaaggtgattgccaccagccacctgttcgactggGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAg > 2:173251‑M1/98‑150 (MQ=255) aGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAg > 1:328844/1‑150 (MQ=255) gatgggtaccgggcagccgtgcactggcgctggcaggatgactttgccgaacgcttccccaaggtgattgccaccagccacctgttcgactggGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCgg < 1:378835‑M1/57‑1 (MQ=255) gTTCTGCAGCGGCATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCCCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATTCCGCCGCAGGCGGt < 1:518559/150‑1 (MQ=255) aGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAgtcgg > 1:314936/1‑150 (MQ=255) gAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAgtcggtc > 2:124907/1‑148 (MQ=255) gAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAgtcggtc < 1:124907/148‑1 (MQ=255) ccgtgcactggcgctggcaggatgactttgccgaacgcttccccaaggtgattgccaccagccacctgttcgactggGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATc > 2:378835‑M1/78‑150 (MQ=255) aCGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATc < 2:364733/150‑1 (MQ=255) tGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAg > 2:192306/1‑150 (MQ=255) tcacgaCCGTCACGGATTCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAAc > 2:154570/6‑150 (MQ=255) cACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGt < 1:114709/150‑1 (MQ=255) tCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCtg > 2:36056/1‑150 (MQ=255) tGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCCGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCaa < 1:36056/150‑1 (MQ=255) accaGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTgggg > 1:134747/1‑150 (MQ=255) ccaGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGAGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGa > 1:275173/1‑150 (MQ=255) caGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGaa < 2:314936/150‑1 (MQ=255) gCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGc < 1:192306/150‑1 (MQ=255) cacTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCCCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCaaa < 2:526924/150‑1 (MQ=255) aacTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCAGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACACGTGGCTGGTGGCACTCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCaaa < 2:293957/149‑1 (MQ=255) acTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGACAAAg < 1:70196/150‑1 (MQ=255) tGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATcc > 2:187573/1‑97 (MQ=255) tGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATcc < 1:187573/97‑1 (MQ=255) ccccGGCCAGATCAGCCCCGTTGTTACCGTCCAGCGCCTTCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTGGCGATAGATCTCGGAGGTGGCGGTGGTGTTAATCACCTTGGAGAAGCGTTCGGCAAAGTCAt > 2:596071/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCAAAGTCATCCTGc < 2:63620/150‑1 (MQ=255) cAGCTCCGCCCCGCGACCGAGCGCCTGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCTTCCTGCGGGCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCAAAGTCATCCTGCCa < 1:11122/150‑1 (MQ=255) tCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTgg > 2:440881/1‑118 (MQ=255) tCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTgg < 1:440881/118‑1 (MQ=255) tCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCAAAGTCATCCTGCCAgcgc > 2:449128/1‑150 (MQ=255) ccGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCAAAGTCATCCTGCCAGCGCCAGTGc > 2:454346/1‑150 (MQ=255) cGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCAAAGTCATCCTGCCAGCGCCAGTGCa > 2:598655/1‑150 (MQ=255) | GTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAGCACCGCCAGCAGCAGGTCGGTCACGGCCATACCGCCGCAGGCGGTCAGTCGGTCGCGATCCCAGTCGAACAGGTGGCTGGTGGCAATCACCTTGGGGAAGCGTTCGGCAAAGTCATCCTGCCAGCGCCAGTGCA > NC_002947/5093010‑5093305 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |