| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5228684 | 15 (0.650) | 4 (0.180) | 4/244 | NT | 21.8% | coding (423/2391 nt) | PP_4606 | ferric siderophore receptor |
| ? | NC_002947 | = 5228712 | 14 (0.620) | coding (395/2391 nt) | PP_4606 | ferric siderophore receptor | |||||
GCCGAAGTTGTTGCCCTGGGTAATGCCACTGACGTTGGCCAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGGCTGAGGGCTCCGGAGGTGTCTGCTGGTTCGAGGGTCAGGGTACGTGCGTCGACGCGGCGCCAGGCCAG > NC_002947/5228555‑5228833 | gccgAAGTTGTTGCCCTGGGTAATGCCACTGACGTTGGCCAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAgc > 2:329030/1‑150 (MQ=255) gttgttGCCCTGGGTAATGCCACTGACGTTGGCCAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGc > 2:369440/1‑150 (MQ=255) gTTGCCCTGGGTAATGCCACTGACGTTGGCCAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGCGCCTTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGg < 1:526219‑M2/150‑2 (MQ=255) gtGGGTAATGCGACTGACGTTGGCTAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGAGCTGGGCCGGTACCAGGTTGATTGCCTGGGGGAGTTGGTGGTTCGGGCCCTGGCTGGGGATGATCGAAGCGCTTGCCGGGGGCTg < 2:39400/149‑1 (MQ=255) aTGCCACTGACGTTGGCCAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTg < 1:196019/150‑1 (MQ=255) tccgatctcatcGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGTGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGa < 1:286460/143‑1 (MQ=255) cAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCcggccagcgcttcgatcatgcgcggccagggc > 1:254907‑M1/1‑91 (MQ=255) cAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCcggccagcgcttcgatcatgcgcggccagggc < 2:254907‑M1/123‑33 (MQ=255) gcgGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCcggccagcgcttcgatcatgcgcggcca < 1:327650‑M1/99‑29 (MQ=255) gcgGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCcggccagcgcttcgatcatgcgcggcca > 2:327650‑M1/1‑71 (MQ=255) cTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGg > 2:485886‑M2/1‑92 (MQ=255) cTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGg < 1:485886‑M2/93‑2 (MQ=255) tCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAgtcgtc < 1:119653/110‑1 (MQ=255) tCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAgtcgtc > 2:119653/1‑110 (MQ=255) gACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGGCTGAGGGCTCCGGAGgt < 1:369440/150‑1 (MQ=255) cTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAgt > 1:425438/1‑95 (MQ=255) cTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAgt < 2:425438/95‑1 (MQ=255) cACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGGCTGAGGGCTCCGGAGGTGTCTGCTGGTTCGAg < 1:329030/150‑1 (MQ=255) cTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGACTGAGGGCTCCGCGGGTGTCTGCCGGTTCGAGGGTCAGGGTACGTGCGTCGAcgcg > 2:37869/1‑150 (MQ=255) gTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGGCTGAGGGCTCCGGAGGTGTctgctg < 1:62862/116‑1 (MQ=255) gTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGGCTGAGGGCTCCGGAGGTGTctgctg > 2:62862/1‑116 (MQ=255) ttCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCACTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGGCTGAGGGCTCCGGAGGTGTCTGCTGGTTCGAGGGTCAGGGTACGTGCGTCGACgcggcgg > 1:370663/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGgggcccgaaccaggacatcccccaggcaatcaacgtggtaccggcccaggtcatccgcgaccaggccccgcgcaacctcgatgatgccctg < 2:254907‑M2/123‑92 (MQ=255) gCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGgggcccgaaccaggacatcccccaggcaatcaacgtggtaccggcccaggtcatccgcgaccaggccccgcgcaacctcgatgatgccctg > 1:254907‑M2/1‑32 (MQ=255) ccggccagcgcttcgatcatgcgcggccagggcccgaaccaggacatcccccaggcaatcaacgtggtaccggcccaggtcatccgcgaccag < 1:485886‑M1/93‑93 (MQ=255) ccggccagcgcttcgatcatgcgcggccagggcccgaaccaggacatcccccaggcaatcaacgtggtaccggcccaggtcatccgcgaccag > 2:485886‑M1/1‑1 (MQ=255) ccggccagcgcttcgatcatgcgcggccaaggcgcgaaccaggacatcccccaggcaatcaacgtggtaccggcccaggtcatccgcgaccaggccccgcgcaacctcgatgatgccctggccaacgtcagtggcattacccagggcaac < 1:526219‑M1/150‑150 (MQ=255) | GCCGAAGTTGTTGCCCTGGGTAATGCCACTGACGTTGGCCAGGGCATCATCGAGGTTGCGCGGGGCCTGGTCGCGGATGACCTGGGCCGGTACCACGTTGATTGCCTGGGGGATGTCCTGGTTCGGGCCCTGGCCGCGCATGATCGAAGCGCTGGCCGGGGGCTGGTAGCTGTAGTCGTCCAGTTGCGAGGTCACGGTGGTGGCCTGCAGGCTGAGGGCTCCGGAGGTGTCTGCTGGTTCGAGGGTCAGGGTACGTGCGTCGACGCGGCGCCAGGCCAG > NC_002947/5228555‑5228833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |