New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 673262 = | 32 (1.380) | 3 (0.140) | 3/238 | NT | 9.2% | coding (261/777 nt) | PP_0574 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 673328 = | 29 (1.320) | coding (195/777 nt) | PP_0574 | LuxR family transcriptional regulator |
GGTTGCGCTGGCGCTCCAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGTTGAGAG > NC_002947/673114‑673411 | gttggtcattgtcgaacagctgagtgaattcctcgaaaccaagggctatgcctgcgttacagccctctcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgcccatcggcttgctcatctgttacctgcacatgcccgatcggGa < 2:127600‑M1/2‑1 (MQ=255) accggtcattgtcgaacagctgagtgaattcctcgaaaccaagggctatgcctgcgttacagccctctcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGa < 1:47396‑M1/2‑1 (MQ=255) gTTGCGCTGGCGCTCCAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGCTGAAGGCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACatgnt < 1:147232/150‑1 (MQ=255) ccggtcattgtcgaacagctgagtgaattcctcgaaaccaagggctatgcctgcgttacagccctctcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGAt > 1:203358‑M1/148‑150 (MQ=255) ccggtcattgtcgaacagctgagtgaattcctcgaaaccaagggctatgcctgcgttacagccctctcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGAt > 1:317460‑M1/148‑150 (MQ=255) cAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTgcg < 1:348409/150‑1 (MQ=255) cAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTgcg > 1:43194/1‑150 (MQ=255) ttcttGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGtt < 2:466549/150‑1 (MQ=255) cGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATTATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTcc > 1:127600/1‑150 (MQ=255) cGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTcc < 1:378280/150‑1 (MQ=255) gacggacgCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCt < 2:180165/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCa < 1:172842/150‑1 (MQ=255) agcagTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCAcc > 2:144691/1‑150 (MQ=255) ctgcgttacagccctctcaaccgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCa < 1:358246‑M1/53‑1 (MQ=255) catcaAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGa > 2:95459/1‑150 (MQ=255) atcaAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGAt > 2:36943/1‑150 (MQ=255) atcaAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGAt < 2:228486/150‑1 (MQ=255) atcaAGGTCCAGCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGAt < 2:429942/150‑1 (MQ=255) gTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATc > 1:94259/1‑150 (MQ=255) cgacgaagccatcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCgg > 2:264172‑M1/77‑150 (MQ=255) tCTGTTAGGATTCGGCAAAACCTTTGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTCTTTCTAGGCACGCCCTGTCAACATGATGACTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTGCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCa < 2:262151/150‑1 (MQ=255) gtagtaATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCAtgtg > 2:437257/1‑150 (MQ=255) atcgagcactatgtggcagacccgaccatcggcttgctcatctgtgacctgcacatgcccgatcggGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAg > 2:358246‑M1/67‑150 (MQ=255) aTCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCgg > 1:486750/1‑137 (MQ=255) aTCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCgg < 2:486750/137‑1 (MQ=255) tCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTca < 1:95459/150‑1 (MQ=255) aaaaCCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGAt < 1:36943/150‑1 (MQ=255) aaaaCCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGAt < 1:437257/150‑1 (MQ=255) aaaCCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATg < 1:144691/150‑1 (MQ=255) tCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATgg < 2:283573/150‑1 (MQ=255) cAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGc < 2:94259/150‑1 (MQ=255) tCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCcaca > 1:161463/1‑150 (MQ=255) ccTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATg < 2:112064/134‑1 (MQ=255) ccTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATg > 1:112064/1‑134 (MQ=255) cTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATa > 1:391101/1‑150 (MQ=255) tGTTCCGCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGGGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAg < 2:280048/150‑1 (MQ=255) gTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGt < 2:419504/150‑1 (MQ=255) gTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTAACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGt > 1:340833/1‑150 (MQ=255) cGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGa < 2:43194/150‑1 (MQ=255) ggCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGAt > 1:389392/1‑150 (MQ=255) aaCATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTcaca > 2:302110/1‑95 (MQ=255) aaCATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTcaca < 1:302110/95‑1 (MQ=255) aaCATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGtt < 2:391101/150‑1 (MQ=255) aaCATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGtt > 1:506987/1‑150 (MQ=255) GATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGTTGagag < 2:277906‑M1/150‑1 (MQ=255) | GGTTGCGCTGGCGCTCCAGCAAAGCCGCTTCTTGCCGACGGACGCCTGCCAGCAGTTCATCAAGGTCCATCGGCTTCTGGTAGTAATCGGCAAAACCTTCGCGTATCGCCCGGATCAAGTCCTGTTTCTCGGCACGCCCTGTCAACATGATGGCTTCGAACGTGCGCTGGCTGCCGTTGATTTCCTTCAAGGCGCGCACCAGCTCGATGCCATCCCGATCGGGCATGTGCAGGTCACAGATGAGCAAGCCGATGGTCGGGTCTGCCACATAGTGCTCGATGGCTTCGTCGGTTGAGAG > NC_002947/673114‑673411 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |