| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1745822 = | 24 (1.040) | 5 (0.230) | 5/240 | NT | 17.5% | intergenic (‑20/+299) | PP_1543/PP_1544 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 1745847 = | 24 (1.080) | intergenic (‑45/+274) | PP_1543/PP_1544 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AGCAGCTGACGGTGATCTTGCCCTTGCAGGGCTCAAAGTCTTCGAGGTAGACGCTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTATCACCGCGACAGTGATGTTAAGAAGAGCACTTC > NC_002947/1745682‑1745971 | agcagcTGACGGTGATCTTGCCCTTGCAGGGCTCAAAGTCTTCGAGGTAGACGCTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTcc > 2:549488/1‑150 (MQ=255) ggTGATCTTGCCCTTGCAGGGCTCAAAGTCTTCGAGGTAGACGCTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGAt > 1:149047/1‑150 (MQ=255) gtgctcttcttaacatcactgtcgcggtgataccaagccatacatacctccttctgtattgagccccaactaaatcactgcaggcaaatggccacaatgctgtgattttaaacagccaccatGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCAtg > 1:18362‑M1/123‑150 (MQ=255) aaGTCTTCGAGGTAGACGCTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATca < 2:392867/150‑1 (MQ=255) tCTTCGAGGTAGACGCTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAg > 2:523748/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCAttt < 2:88721/150‑1 (MQ=255) cTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTtg > 1:204148/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGAtt > 1:217482/1‑150 (MQ=255) ccTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAg < 2:541810/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGt < 1:518743/150‑1 (MQ=255) ttCGGCGTCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCACTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGtt < 1:26232/150‑1 (MQ=255) aGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCaa < 1:167423/150‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCACTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACa > 1:37175/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑GGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAg < 1:198279/150‑1 (MQ=255) gcagcTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAag > 1:20297/1‑150 (MQ=255) agcTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAagga > 1:359483/1‑150 (MQ=255) tGGTGACAGTGGCGGCCCCGCCTTACATTGCGGTGCTCCAGGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGgta < 2:162635/150‑1 (MQ=255) tGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGgta < 2:149047/150‑1 (MQ=255) gACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGgtatgta > 1:561784/1‑150 (MQ=255) cAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGtatgtatg < 2:217482/150‑1 (MQ=255) aaatggccacaatgctgtgattttaaacagccaccatGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCAt < 1:384403‑M1/27‑1 (MQ=255) aaatggccacaatgctgtgattttaaacagccaccatGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCAt > 2:384403‑M1/38‑64 (MQ=255) gAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTtgcct < 2:374303/102‑1 (MQ=255) gAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTtgcct > 1:374303/1‑102 (MQ=255) tctcGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTAt > 1:530225/1‑150 (MQ=255) tcGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTATCa > 1:337287/1‑150 (MQ=255) attttaaacagccaccatGCCGCA‑TCCG‑GCCACGGAGGGCGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTATCACCGCGACa > 2:322825‑M1/19‑146 (MQ=255) attttaaacagccaccatGCCGCA‑TCCG‑GCCACGGAGGGCGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTATCACCGCGACa < 1:322825‑M1/128‑1 (MQ=255) ccATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTATCACCGCGACAGTGATGTTaaga < 2:20297/150‑1 (MQ=255) GCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTATCACCGCGACAGTGATGTTAAGAAGAGCACTTc > 2:561784‑M1/1‑150 (MQ=255) | AGCAGCTGACGGTGATCTTGCCCTTGCAGGGCTCAAAGTCTTCGAGGTAGACGCTGATCGGGTCCAGGCCTTCGGCGCCAGTGATCAGCAGCTTGGTGACAGTGGAGGTCTCGACTTGCATTGCGGTACTCCATGCATGCGCCGCCCTCCGTGGC‑CGGATG‑CGGCATGGTGGCTGTTTAAAATCACAGCATTGTGGCCATTTGCCTGCCGTGATTTAGTTGGGGCTCAATACAGAAGGAGGTATGTATGGCTTGGTATCACCGCGACAGTGATGTTAAGAAGAGCACTTC > NC_002947/1745682‑1745971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |