New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2359601 | 28 (1.210) | 4 (0.180) | 3/238 | NT | 12.8% | coding (516/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 2359606 | 28 (1.270) | coding (521/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
GGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGTTGAAAGACATCGGCCGTG > NC_002947/2359478‑2359740 | ggtCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACaa < 1:210738/150‑1 (MQ=255) gTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGGCTTGcagggtgcgtagcaccttgcgtttg > 2:544041‑M2/1‑125 (MQ=255) tGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTg > 2:403484/1‑150 (MQ=255) tGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTg < 1:403484/150‑1 (MQ=255) gcgcATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCACACTGTTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGa > 1:163144/1‑150 (MQ=255) cATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGTTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCAAGCACGCCGCTTTCAATGGGTGa < 2:471583/150‑1 (MQ=255) cATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGAGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGa > 2:51920/1‑150 (MQ=255) ggACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTCTCAGCGGGCATCNGCATGTTTTCGCCAAGGCGAAACTGAATGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTg > 1:11849/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCaa > 2:480600/1‑150 (MQ=255) ggggATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCAAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgccaac > 2:168839/1‑150 (MQ=255) tCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGACAAACGCAAGGTGCTACACACCATGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgccaaccgcca > 1:95244/1‑150 (MQ=255) aCCAAGGGGCTGCCCGCCAATGGCAAACGCGAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCTACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAg < 2:11849/150‑1 (MQ=255) ccAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAgg > 1:412275/1‑150 (MQ=255) ccAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAgg > 1:272174/1‑150 (MQ=255) agtgCCTGCCCCCCACTATCAAACCCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGCATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTTCAGGTGTCGCCAACCGCCAACCCCCAGGgtg < 2:95244/147‑1 (MQ=255) ggCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTg > 2:117738/1‑90 (MQ=255) ggCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTg < 1:117738/90‑1 (MQ=255) cccGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCAGGCCGACAATTCCAGCACGTCGCTTTAGCTGGATGATGGTTGCCAACGTTCTCGTTGGCAGTGTGGGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGAt < 1:168839/150‑1 (MQ=255) aTGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGt > 1:429971/1‑150 (MQ=255) tGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGtt < 2:91076/150‑1 (MQ=255) aaaCGCACGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGGCAACGTACGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACCCCCAGGGTGTGGTCGATGATTGGTTGaaa < 2:92271/150‑1 (MQ=255) aaaCGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGTTGaaa < 1:355416/150‑1 (MQ=255) aaaCGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGTTGaaa < 2:412275/150‑1 (MQ=255) aaCGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgc < 1:133499/108‑1 (MQ=255) aaCGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgc > 2:133499/1‑108 (MQ=255) aaGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGAt < 2:548897/132‑1 (MQ=255) aaGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGAt > 1:548897/1‑132 (MQ=255) aaGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGTTGAAAGACATc > 2:122120/1‑150 (MQ=255) tACGCACCCTGCAAGCcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggcgggcaggcccttggtctggctgatacccaccgtcacgtcgcccgccgccagcaggtccggaatgcgccagtagtccacatgctgcacgaccaccaccacgt < 1:1405‑M2/150‑135 (MQ=255) tACGCACCCTGCAAGCcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggcgggcaggccctt > 2:378049‑M2/1‑16 (MQ=255) tACGCACCCTGCAAGCcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggcgggcaggccctt < 1:378049‑M2/61‑46 (MQ=255) tACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGTTGAAAGACATCGGCCGTg > 2:19007/1‑150 (MQ=255) | GGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGACTGGTTGAAAGACATCGGCCGTG > NC_002947/2359478‑2359740 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |