New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3911640 = | 0 (0.000) | 249 (1.190) | 114/256 | 0.2 | 100% | intergenic (+66/‑59) | PP_3451/PP_3452 | hypothetical protein/GGDEF domain‑containing protein |
? | NC_002947 | 5218946 = | NA (NA) | intergenic (+46/‑203) | PP_4598/PP_4599 | membrane protein/transposase |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CGACCGATGCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAATGCCTCG > NC_002947/5218797‑5219070 | cgaccgaTGCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtt < 2:3449744/150‑1 (MQ=255) cgaccgaTGCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtt < 1:1514330/150‑1 (MQ=255) cgaccgaTGCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtt < 2:4541157/150‑1 (MQ=255) cgaccgaTGCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtt < 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gCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTa < 2:1694406/150‑1 (MQ=255) gCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTa < 1:1363190/150‑1 (MQ=255) gCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTACCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTa < 2:2536620/150‑1 (MQ=255) ccATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAg < 1:3155842/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa > 2:1427234/1‑150 (MQ=255) aTGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa < 1:113756/150‑1 (MQ=255) gTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACtt < 2:1352614/150‑1 (MQ=255) tGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa < 1:1788163/146‑1 (MQ=255) tGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGa > 2:1788163/1‑146 (MQ=255) tGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTg < 1:4903105/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCcctcctc > 1:5116751/1‑150 (MQ=255) tgtTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCttt > 2:4487580/1‑150 (MQ=255) cTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACAcc < 1:3298380/150‑1 (MQ=255) aCGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCaa > 1:3774553/1‑150 (MQ=255) ggtgggtgGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAgc < 1:1044930/150‑1 (MQ=255) ggtgggtgGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAgc < 1:1855946/150‑1 (MQ=255) tgggtggTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAgcgc > 2:1230176/1‑150 (MQ=255) gggtggTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGcc < 2:3311890/150‑1 (MQ=40) gggtggTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGcc < 2:2318757/150‑1 (MQ=40) gtggtTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCt < 2:3666322/85‑1 (MQ=255) gtggtTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCt > 1:3666322/1‑85 (MQ=255) gtggtTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGa < 2:4009397/150‑1 (MQ=39) ttGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAg > 1:3412956/1‑150 (MQ=37) tGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAgg > 1:4991046/1‑150 (MQ=37) gCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGa > 2:83294/1‑150 (MQ=37) cTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAAt > 1:4599818/1‑150 (MQ=35) cTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAAt > 2:4222755/1‑150 (MQ=35) cTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAAt > 1:5179530/1‑150 (MQ=35) cTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGATTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAAt < 2:1245983/150‑1 (MQ=25) tGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAATg > 2:2786354/1‑150 (MQ=34) ttCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTGTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAATGcc > 2:1551020/1‑150 (MQ=17) tGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAATGCCTcg > 2:2864952/1‑150 (MQ=11) tGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAAACACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGCAAAGCCTcg > 1:4029076/1‑150 (MQ=2) | CGACCGATGCCATGGTGCGGACTGTGGAGCGCGATGTGCTGGCCGGATTGGGGGAACAGCAGCTGCCTCCCGCCTTGTTGCCGGTGGGGTATGTGTTGAGCTGACGGTGGGTGGTTGCCTGTTCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTTGTATGGTAGGACTTGAAGGGAGGAGGAGGGCCATAACTCGCTTCTGACTGTTCGCGCAGTACAGACCGTAGGAGAAATCACCCCTCCTCCTTTCAACACCCAAGCGCCGATAAGGAATGCCTCG > NC_002947/5218797‑5219070 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |