| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 302209 | 27 (1.160) | 6 (0.270) | 6/244 | NT | 17.2% | coding (373/1314 nt) | envZ | osmolarity sensor protein EnvZ |
| ? | NC_002947 | = 302222 | 32 (1.430) | coding (386/1314 nt) | envZ | osmolarity sensor protein EnvZ | |||||
TCCGGGTGACCGGCTCGGGTGTGCCCGAAGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCT > NC_002947/302060‑302357 | tCCGGGTGACCGGCTCGGGTGTGCCCGAAGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAA > 2:209755‑M1/1‑150 (MQ=255) gTGACCGGCTCGGGTGTGCCCGAAGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTg < 2:347735/150‑1 (MQ=255) gggTGTGCCCGAAGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttg < 1:42095‑M2/150‑4 (MQ=255) gtgtGCCCGAAGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttggc < 2:215685‑M2/150‑6 (MQ=255) cGAAGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGt > 2:438560/1‑150 (MQ=255) aaGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttgg < 1:74552‑M2/140‑5 (MQ=255) aaGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttgg > 2:74552‑M2/1‑136 (MQ=255) cagcaTTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTAc < 1:219978/150‑1 (MQ=255) gcaTTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTAccc < 1:438560/150‑1 (MQ=255) aGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGt > 2:569937/1‑150 (MQ=255) aTCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCag < 1:431049/150‑1 (MQ=255) tACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAcccggccccaggcttggcgcattga > 2:143283‑M1/1‑91 (MQ=255) tACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAcccggccccaggcttggcgcattga < 1:143283‑M1/116‑26 (MQ=255) cAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATc < 1:270210/150‑1 (MQ=255) gCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGATCGGCGGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGaa > 1:314079/1‑150 (MQ=255) aGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑Cg > 1:485099/1‑150 (MQ=255) aTGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGTTCAATGCGCCAAcccggccccaggcttgg < 1:697‑M1/96‑18 (MQ=255) aTGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGTTCAATGCGCCAAcccggccccaggcttgg > 2:697‑M1/1‑79 (MQ=255) gCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑Tgct < 2:42095/150‑1 (MQ=255) gCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGtt > 2:161444/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTc < 1:215685/150‑1 (MQ=255) tGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTcc > 2:546020/1‑150 (MQ=255) tGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTcc < 1:520905/150‑1 (MQ=255) ggTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTg < 2:537788/150‑1 (MQ=255) ggTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTg > 2:40766/1‑150 (MQ=255) acgacACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCa > 2:514687/1‑150 (MQ=255) acCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAcccggccccaggcttggcgca < 1:584617‑M1/76‑22 (MQ=255) acCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAcccggccccaggcttggcgca > 2:584617‑M1/1‑55 (MQ=255) aGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCttgtt < 2:292974/150‑1 (MQ=255) tcggcggCGCATCCCTGCACAGCACGAGTTGTGGGTCTCAGCGCCGTGGGTGGTGCCTGGCTGGCTGAAAGTGCCGCGGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTc < 2:314079/149‑1 (MQ=255) gCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTc < 1:209755/150‑1 (MQ=255) gcATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCt < 1:546020/150‑1 (MQ=255) aCCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGAt > 1:194947/1‑90 (MQ=255) aCCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGAt < 2:194947/90‑1 (MQ=255) cccgcGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGAttttt > 1:574900/1‑150 (MQ=255) cgcgTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGt > 2:538544/1‑150 (MQ=255) gTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGATTCGCTTAAAGTGCTTCGGTACCACCGACCATTGCGGGGGCACATGAGCCCAAATCGCCGCTGG‑‑TGGTTGCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGGGGGAATGGTTGTACg > 1:444672/1‑150 (MQ=255) tCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcatctgccgttggta < 1:143283‑M2/116‑92 (MQ=255) tCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcatctgccgttggta > 2:143283‑M2/1‑25 (MQ=255) aTGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAAcc > 1:297456/1‑150 (MQ=255) tGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggt < 1:584617‑M2/76‑56 (MQ=255) tGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggt > 2:584617‑M2/1‑21 (MQ=255) cgcCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGc > 2:512226/1‑150 (MQ=255) gcCAAcccggccccaggcttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcatctgccgttggtagatctcactgtagggccaatgctgctcgccttcgggcacac < 2:215685‑M1/150‑146 (MQ=255) gcCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCCGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGcc > 1:426297/1‑150 (MQ=255) ccAAcccggccccaggcttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcatctgccgttggtagatctcactgtagggccaatgctgctcgcctt < 1:74552‑M1/140‑137 (MQ=255) ccAAcccggccccaggcttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcatctgccgttggtagatctcactgtagggccaatgctgctcgcctt > 2:74552‑M1/1‑4 (MQ=255) ccAAGCCTGGGGCCGGGttggcgcattgaaccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcat < 1:697‑M2/96‑80 (MQ=255) ccAAGCCTGGGGCCGGGttggcgcattgaaccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcat > 2:697‑M2/1‑17 (MQ=255) cAAcccggccccaggcttggcgcattgacccacaacgcgggcggtgcatggatgcgcagccgcacttcggtgtcgtcacccagctcggcctgcatctgccgttggtagatctcactgtagggccaatgctgctcgccttcgggcacaccc < 1:42095‑M1/150‑148 (MQ=255) aaGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTACGTCGAAAAATAGCCATTGGCTGGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCt > 1:412506/1‑150 (MQ=255) | TCCGGGTGACCGGCTCGGGTGTGCCCGAAGGCGAGCAGCATTGGCCCTACAGTGAGATCTACCAACGGCAGATGCAGGCCGAGCTGGGTGACGACACCGAAGTGCGGCTGCGCATCCATGCACCGCCCGCGTTGTGGGTCAATGCGCCAAGCCTGGGGCCGGGTTGGCTGAAAGTGCCGCTGTACCCGCACCCATTGCGTGGGCAGAAGATCTGGAA‑CG‑TGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCT > NC_002947/302060‑302357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |