New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3522745 = | 19 (0.820) | 8 (0.390) | 4/224 | NT | 29.8% | intergenic (+489/‑208) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
? | NC_002947 | 3522832 = | 21 (1.020) | intergenic (+576/‑121) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
CTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCCCGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACA > NC_002947/3522596‑3522890 | tttcgactttggcgtcgggtcgcatcatggtcggcgagctccagaaagaaatcgggagcacagcatcggggatcaggtaagcgctttgaatgtggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatg > 1:218775‑M1/150‑150 (MQ=255) ttcttttttggcgtcggggtgcatcatggtcggcgagctccagaaagaaatcgggcgcacagcatcggggatcaggtaagcgctttgaatgtggggttcatggagcgcttacgagccaatgctaggcctgatgcgcctgctggagcatGc > 2:460497‑M1/149‑150 (MQ=255) aTGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCCCGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCa > 1:164868/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGca < 2:112828/150‑1 (MQ=255) ccGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCa < 1:285154/150‑1 (MQ=255) tttgaatgtggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGc < 2:94489‑M1/74‑1 (MQ=255) tttgaatgtggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGc > 1:94489‑M1/66‑139 (MQ=255) tAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg < 2:173379/150‑1 (MQ=255) tggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg > 1:451965‑M1/58‑141 (MQ=255) tggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg < 2:451965‑M1/84‑1 (MQ=255) gttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACAt < 1:299326‑M1/65‑1 (MQ=255) gttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACAt > 2:299326‑M1/54‑118 (MQ=255) cGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCcagcag < 2:257049/150‑1 (MQ=255) gTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGgc > 2:398177/1‑150 (MQ=255) gTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGc < 1:398177/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCt < 1:514751/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACGTGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTg > 2:410408/1‑150 (MQ=255) gccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATgg > 1:611182‑M1/35‑113 (MQ=255) gccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATgg < 2:611182‑M1/79‑1 (MQ=255) ccaccaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTcacc > 1:297708/1‑83 (MQ=255) ccaccaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTcacc < 2:297708/83‑1 (MQ=255) accaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTaa > 1:429493/1‑150 (MQ=255) ccaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAg < 1:420139/150‑1 (MQ=255) caGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAgc > 1:115147/1‑150 (MQ=255) acaTGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTTGCTCGTAAGCGCTc > 2:492176/1‑150 (MQ=255) cAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc < 1:96612/150‑1 (MQ=255) cAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAACCGCTTTTCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc < 2:570139/150‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc < 1:530307/149‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc > 2:530307/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCcaca < 2:159598/150‑1 (MQ=255) | CTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCCCGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACA > NC_002947/3522596‑3522890 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |