New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1202705 | 83 (0.890) | 5 (0.060) | 5/242 | NT | 5.6% | coding (528/1089 nt) | xcpY | type II secretion pathway protein XcpY |
? | NC_002947 | = 1202731 | 87 (0.960) | coding (554/1089 nt) | xcpY | type II secretion pathway protein XcpY |
GCTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGC > NC_002947/1202582‑1202879 | gctgcagctgcTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGTCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTg < 1:2120493/150‑1 (MQ=255) cTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGg > 2:329259‑M2/1‑149 (MQ=255) gctgctGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGt > 1:613528/1‑150 (MQ=255) 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aTGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggctcgg > 1:526836‑M2/1‑31 (MQ=255) aTGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggctcgg < 2:526836‑M2/135‑105 (MQ=255) gCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGc < 2:2002567/150‑1 (MQ=255) gCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGc < 1:1727735/150‑1 (MQ=255) cTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCCCACGACGTAGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCca > 1:416608/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCcag > 2:176638/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCCAAggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggctcgggtgatggcagcagctgcagc < 1:1248999‑M2/150‑125 (MQ=255) gTGGCGTGCCGCAGCCACCCAAggcatcaggccacgccagccagtgctcctgtccatcttcggccaagcctttgtagagcgacatgccgggggtgcgttgccattgccaggcgcatcctggctcgggtgatggcagcagctgcagctccg < 1:779914‑M2/150‑129 (MQ=255) tGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCcagcagca > 1:1382410/1‑150 (MQ=255) ggCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCcagcagcag < 2:568795/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCgg > 2:2327769/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCAGCCACCGTGAGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCAGCCAGCAGCAGCgg > 1:1932156/1‑150 (MQ=255) tGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGgc > 2:1523629/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGgctg < 1:1184649/150‑1 (MQ=255) gCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGgctgct > 1:892241/1‑150 (MQ=255) aGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTgg < 2:948786/150‑1 (MQ=255) aGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTgg < 1:2234569/150‑1 (MQ=255) ccACCGTGGGCAGTGCGGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCCGCTGCTGCTGGcg < 2:1749243/150‑2 (MQ=255) aCCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGc < 1:2327769/150‑1 (MQ=255) tGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGc > 1:1170848/1‑150 (MQ=255) | GCTGCAGCTGCTGCCATCACCCGAGCCAGGATGCGCCTGGCAATGGCAACGCACCCCCGGCATGTCGCTCTACAAAGGCTTGGCCGAAGATGGACAGGAGCACTGGCTGGCGTGGCCTGATGCCTTGGGTGGCGTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGC > NC_002947/1202582‑1202879 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |