| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1593399 = | 111 (1.190) | 8 (0.120) +GTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTT |
10/174 | NT | 11.9% | intergenic (‑79/+41) | PP_1398/PP_1399 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 1593500 = | 59 (0.630) | coding (345/405 nt) | PP_1399 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CAAGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCGGCGAAGCGCT > NC_002947/1593356‑1593648 | cAAGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTAACAACCGGCTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCg > 1:1483793/1‑150 (MQ=38) aGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGt < 2:2313618/150‑1 (MQ=255) gCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGaa > 1:1120612/1‑150 (MQ=255) gCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGaa > 1:1143876/1‑150 (MQ=255) ccTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAg > 2:792937/1‑150 (MQ=255) ccTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAg > 2:788409/1‑150 (MQ=255) ccTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAg > 1:153935/1‑150 (MQ=255) tgtgCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTc > 1:213675/1‑150 (MQ=255) tgCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCtt < 1:1736096/150‑1 (MQ=255) ccAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCa < 1:566963/150‑1 (MQ=255) ccAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCa > 2:2131200/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCa > 1:421190/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCAACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCa > 1:161463/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAg > 2:1847759/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGACTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑TGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAg > 1:551565/1‑150 (MQ=255) aaGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGCTCAAGCCCTGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CAGTCGATTCCCTGTATAGTAGAGCGTTGTGCTCCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGc < 1:894506/150‑1 (MQ=255) aaGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGc < 2:421190/150‑1 (MQ=255) aGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCg < 2:793222/150‑1 (MQ=255) 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1:290091/147‑1 (MQ=11) cgcgttGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGaa < 1:882729‑M2/90‑1 (MQ=255) cgcgttGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGaa > 2:882729‑M2/7‑96 (MQ=255) ccACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCCCCGGTGCGGTCGAAGACGACTTCAGCGAAGCGGTGGCCACCGGTGCGGTCGACGCCGTCTTCGGCggcg > 2:65147/1‑147 (MQ=11) tGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCGGCGAAGCGCt < 2:1157451‑M2/149‑1 (MQ=255) cGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCGGCGAAGCGCt > 2:2194701/1‑150 (MQ=34) | CAAGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCGGCGAAGCGCT > NC_002947/1593356‑1593648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |