New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2954675 | 43 (0.460) | 12 (0.140) | 8/228 | NT | 23.7% | intergenic (‑135/‑146) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 2954738 | 38 (0.450) | intergenic (‑198/‑83) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
CGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGGCC > NC_002947/2954592‑2954887 | cgACCGTCCGGTGTTGTGCCAGGAGGTCGAGCGGAACGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggt > 2:501184‑M2/1‑147 (MQ=255) cgACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggt > 2:1146862‑M2/1‑147 (MQ=255) ttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTACCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCg > 1:1808349/1‑150 (MQ=255) tgCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTg > 2:1964875/1‑149 (MQ=255) tgCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTg < 1:1964875/149‑1 (MQ=255) cAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGa < 2:1536241/150‑1 (MQ=255) ggaggTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTa > 2:2046889/1‑150 (MQ=255) gAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCg < 2:1299156‑M2/115‑2 (MQ=255) gAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCg > 1:1299156‑M2/1‑114 (MQ=255) gAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAacga < 2:639324/150‑1 (MQ=255) cacCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTCGCCCGGCTCACACCCTTTTTTGATTCGGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACgg < 1:542355/150‑1 (MQ=255) gCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACa > 2:406150/1‑150 (MQ=255) aCCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGt < 2:1808349/150‑1 (MQ=255) cccGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTg > 1:1735194/1‑150 (MQ=255) ccGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGa > 2:1933682/1‑150 (MQ=255) aaTCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaa < 1:406150/150‑1 (MQ=255) tCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaatc > 1:186316/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCCGGGCAAGGTCTGTGTCC‑GCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaatcaa > 2:746976/1‑150 (MQ=25) aCCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgcc < 2:1122080‑M2/150‑95 (MQ=255) cccTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGCGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaatcaat < 2:2299397/150‑1 (MQ=255) cccTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaatcaat < 2:2299258/150‑1 (MQ=255) cTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgca < 2:1502528‑M2/121‑69 (MQ=255) cTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgca > 1:1502528‑M2/1‑53 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctga < 1:1081779‑M2/130‑79 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctga > 2:1081779‑M2/1‑52 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGc > 1:1913642/1‑150 (MQ=255) gggTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagcgccgtgggagtatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgc < 1:1684331‑M2/150‑103 (MQ=255) ggTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacc < 1:461371‑M2/123‑77 (MQ=255) ggTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacc > 2:461371‑M2/1‑47 (MQ=255) gTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgccgc < 1:140198‑M2/150‑105 (MQ=255) tGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctc > 1:1298328‑M2/1‑45 (MQ=255) tGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctc < 2:1298328‑M2/102‑58 (MQ=255) tGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACa < 1:2002776/127‑1 (MQ=255) tGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACa > 2:2002776/1‑127 (MQ=255) g‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgcagcgccgtgggagtatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgccgcggt > 2:1684331‑M2/1‑42 (MQ=255) g‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGc < 2:250554/71‑1 (MQ=255) g‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGc > 1:250554/1‑71 (MQ=255) aGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGc > 2:634923/1‑92 (MQ=255) aGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGc < 1:634923/92‑1 (MQ=255) cccTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAAAGGCAGGCTTACTGTCACCAAACAACCCCCCCCAGAACAATGGTTCGAg > 2:625090/1‑150 (MQ=255) cTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCa < 2:1488618/104‑1 (MQ=255) cTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCa > 1:1488618/1‑104 (MQ=255) ccGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGtt < 1:273796/139‑1 (MQ=255) ccGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGtt > 2:273796/1‑139 (MQ=255) tCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCCCCAGGACAAg < 2:1913642/150‑1 (MQ=255) tCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAg < 1:944106/150‑1 (MQ=255) cccAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGaa > 2:1375661/1‑122 (MQ=255) cccAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGaa < 1:1375661/122‑1 (MQ=255) cccAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCa > 2:632060/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCACGACATCAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCAc > 1:1845043/1‑150 (MQ=255) cAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCAcc > 2:1857548/1‑150 (MQ=255) cAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCAcc > 2:1603593/1‑150 (MQ=255) aGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAg < 1:1933682/150‑1 (MQ=255) ggggATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGc > 1:421098/4‑150 (MQ=255) tGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGa > 2:1179097/1‑150 (MQ=255) ttCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATcg > 1:2263551/1‑150 (MQ=255) cGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATcggcc > 2:3234/1‑150 (MQ=255) | CGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGGCC > NC_002947/2954592‑2954887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |