New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5119648 | 127 (1.360) | 10 (0.120) | 7/220 | NT | 7.6% | intergenic (+33/+98) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
? | NC_002947 | = 5119695 | 131 (1.600) | intergenic (+80/+51) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATCAGC > NC_002947/5119547‑5119842 | gagaATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCa < 1:1950457‑M2/150‑2 (MQ=255) agaATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCac < 1:1190026‑M2/150‑3 (MQ=255) agaATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTAGTGCGGGCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCac > 2:2411140‑M2/1‑148 (MQ=255) agaATCATCCACAGGGTGGGTATGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCac > 1:2372401‑M2/1‑148 (MQ=255) aaTCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCaccc < 2:89386‑M2/150‑5 (MQ=255) atcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcga < 1:269574‑M2/150‑9 (MQ=255) atcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGATGTTGTGGGAGCGGGTTCacccgcga < 2:1761561‑M2/150‑9 (MQ=255) tcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:1908886‑M2/1‑141 (MQ=255) tcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa < 1:1026855‑M2/150‑10 (MQ=255) tcCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:1905292‑M2/1‑141 (MQ=255) cacaGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaaga < 2:2079200‑M2/150‑12 (MQ=255) cacaGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaaga > 1:1390612‑M2/1‑139 (MQ=255) cacaGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaaga < 1:2048192‑M2/150‑12 (MQ=255) acaGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGACAAAACCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagag < 2:1250733‑M2/150‑13 (MQ=255) gggtgggtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggcc < 2:1397320‑M2/150‑16 (MQ=255) gggtTTGTGGGCAGGTTGCAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCACTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAt < 1:760283/150‑1 (MQ=39) gtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 2:324976/145‑1 (MQ=255) tttGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGcc < 2:2048192/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑At < 2:2075322/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCAt < 1:1821342/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCAt < 2:456125/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCAt < 2:1026855/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCAt < 1:2315982/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGa > 2:373203/1‑150 (MQ=255) cTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGaa < 2:2166723/150‑1 (MQ=255) cTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGaa < 1:89386/150‑1 (MQ=255) aGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGACAGGTGTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAg < 1:553796/150‑1 (MQ=255) aGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAAGAGCCGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAg < 1:1761561/150‑1 (MQ=255) 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ccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAg < 2:71850/150‑1 (MQ=255) cTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacc > 1:2420767‑M2/1‑105 (MQ=255) cTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAgg > 1:2136186/1‑150 (MQ=255) cTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAgg < 2:292387/150‑1 (MQ=255) ttGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGc > 2:1725543/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAGGGGACGTGGATCCTGTTGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAAGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTAACCCCAGCTACTAACGAAATAAGCCGTTTCCAGCATCGGCGCCGt > 2:645670/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCcg > 2:503523/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCCGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCcgcg < 1:2041114/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCcgcg > 2:1049260/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagg < 1:2400928‑M2/102‑60 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACt < 2:759521/98‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCcgcg > 2:774970/1‑149 (MQ=255) ccTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTTacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtg < 2:2052115‑M2/130‑93 (MQ=255) ccTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTTacccgcgaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtg > 1:2052115‑M2/1‑38 (MQ=255) ggATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAgcggc < 1:846924/150‑1 (MQ=255) gtgGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTAc > 2:2221767/1‑150 (MQ=255) tgGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTAcc < 2:2136186/150‑1 (MQ=255) ggATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑CTGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCg > 2:927025/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACAt < 1:2221767/150‑1 (MQ=255) tgttgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATAc > 1:1140950/1‑150 (MQ=255) gtAGGAGCGGGTTGacccgctaagaggcctggcgcctttgcaccccatcaactgcctgccgctccagccaagggcaactccagcctggccacaaacccaccctgtggatgattctccagcatcaggctaccgccatggcgctccgctgcc > 1:740517‑M2/1‑14 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTa > 2:2104892/1‑150 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGa < 1:859799/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGa > 2:859799/1‑150 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTAAAAACAAACAGGGAGCCgg > 2:661934/1‑149 (MQ=255) gggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATc < 1:1049260/150‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGa > 1:1167857/1‑77 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTc > 2:1163265/1‑118 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTc < 1:1163265/118‑1 (MQ=255) ttCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATCAGc < 1:2431867/150‑1 (MQ=255) | GAGAATCATCCACAGGGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTG‑ATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATCAGC > NC_002947/5119547‑5119842 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |