New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4697489 | 49 (1.130) | 3 (0.070) | 3/242 | NT | 5.4% | coding (594/696 nt) | kdpE | two‑component system DNA‑binding response regulator KdpE |
? | NC_002947 | = 4697521 | 58 (1.410) | coding (562/696 nt) | kdpE | two‑component system DNA‑binding response regulator KdpE |
CAGGCCCTGCAGGCGTTCGCCCAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAATGCCACCTCCACAC > NC_002947/4697343‑4697634 | cAGGCCACGCAGGCGTTCGCGCAGCCCTTTTGGCTCTGTGCGGGTTATGCTGGCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCACATCCCCGACCACg > 2:129882/1‑150 (MQ=255) aGGCCCTGCAGGCGTTCGCCCAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCcatg > 1:527215‑M1/1‑146 (MQ=255) ggCCCTGCAGGCGTTCGCCCAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGAt < 1:478539/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGTTCGCCCAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAg > 2:988555/1‑150 (MQ=255) ttCGCCCAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTgg < 2:445258/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTgg < 1:766782/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTAtc > 1:809151/1‑150 (MQ=255) ggCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATgcgc < 2:769847/125‑1 (MQ=255) ggCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATgcgc > 1:769847/1‑125 (MQ=255) tgtgtgCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCcatgcggaggatacccactacctgcgcatcgtggtcg < 2:527215‑M1/150‑38 (MQ=255) gtgtgCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGggtcgg > 2:116808‑M2/1‑144 (MQ=255) tgCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGGCCACGCTGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGccc > 2:1074771/1‑150 (MQ=255) tgCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGccc < 1:979461/150‑1 (MQ=255) ttATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGat < 1:988555/150‑1 (MQ=255) tGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATc < 1:1003682/150‑1 (MQ=255) tGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCtt < 2:644248/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTg < 1:859390/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCCACCAACCTGTTGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGAGCACGATGCGCAATTAGGGGTTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGa < 2:588055/150‑1 (MQ=255) ccaACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAActgct > 2:208682/1‑150 (MQ=255) caACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCcatgcggaggatacccactacctgcgcatcgtggtcgg > 1:1059849‑M1/1‑85 (MQ=255) caACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCcatgcggaggatacccactacctgcgcatcgtggtcgg < 2:1059849‑M1/123‑39 (MQ=255) caACCTGTAGCCAACCCCCGACTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCCCGGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGTCCCCCAGATATCCTTGAGCAActgctg > 1:562448/1‑150 (MQ=255) cTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCaa > 2:441969/1‑140 (MQ=255) cTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCaa < 1:441969/140‑1 (MQ=255) cTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTgg > 1:777302/1‑150 (MQ=255) cTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTgg < 2:117296/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTggg > 2:104647/1‑150 (MQ=255) gTAGGCAACCCCCTCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATGTCCTTGAGCGACTGCTGCTGGGt < 2:549811/150‑1 (MQ=255) ccAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGAGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGAGCAGGAACTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATc > 1:523145/1‑150 (MQ=255) cTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAAc > 2:1125719/1‑124 (MQ=255) cTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAAc < 1:1125719/124‑1 (MQ=255) cTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCggg < 2:809151/150‑1 (MQ=255) gatgaACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGGAATCACCCACCCGGGGCGCCCGGc > 2:140639/1‑150 (MQ=255) gcgcCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCa < 1:760467/150‑1 (MQ=255) gcgcCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTATATCACAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCa > 1:579025/1‑150 (MQ=255) cgcCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCAGGTGGCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAg < 1:688189/150‑1 (MQ=255) gTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGTTGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCaaa > 2:739246/1‑150 (MQ=255) tGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAg > 2:744570/1‑150 (MQ=255) tGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAg < 1:744570/150‑1 (MQ=255) gTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATa > 1:183293/1‑150 (MQ=255) tCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATAc > 2:271234/1‑150 (MQ=255) aTCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTgg < 1:368915/100‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTgg > 2:368915/1‑100 (MQ=255) aTCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTc > 2:826282/1‑150 (MQ=255) aTCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTc > 1:31574/1‑150 (MQ=255) tCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGAATCCTCCGCATGGGGCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTcc > 2:837822/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCtt > 1:381048/1‑150 (MQ=255) cccAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTg > 2:964321/1‑150 (MQ=255) cTTCTGTCGCAGATGCCCGACTACCATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGTCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCGAGCAAATCTTACTCCTTGCgtgt < 2:562448/150‑1 (MQ=255) tGTCGCAGATGCCCGATCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAAt < 2:568077/150‑1 (MQ=255) tGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATTTTCCGTGCTTGTCAAt < 2:183293/150‑1 (MQ=255) gTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGTAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAATg < 2:523145/150‑1 (MQ=255) tCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAATGc < 2:538212/150‑1 (MQ=255) cccGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCACTGCCACCTCcac > 2:807633/1‑150 (MQ=255) cccGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAATGCCACCTCcac > 2:147322/1‑150 (MQ=255) ccGACCcatgcggaggatacccactacctgcgcatcgtggtcgggcatctgcgacagaagctgggcgatgaccccacggcgccgcggttcatcattaccgaggcgggggttggctacaggttggtggcgccgacagcataacccgcacac > 2:116808‑M1/1‑6 (MQ=255) ccGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGggtcgggcatctgcgacagaagctgggcgatgaccccacggcgccgcggttcatcattaccgaggcgggggttggctacaggttg < 2:1059849‑M2/123‑86 (MQ=255) ccGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGggtcgggcatctgcgacagaagctgggcgatgaccccacggcgccgcggttcatcattaccgaggcgggggttggctacaggttg > 1:1059849‑M2/1‑38 (MQ=255) ccGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAATGCCACCTCcaca > 2:649205/1‑150 (MQ=255) cGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGggtcgggcatctgcgacagaagctgggcgatgaccccacggcgccgcggttcatcattaccgaggcgggggttggctacaggttggtggcgccgacagcataacccgcacaca < 2:527215‑M2/150‑114 (MQ=255) cGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAATGCCACCTCcaccc > 2:172263/1‑148 (MQ=255) | CAGGCCCTGCAGGCGTTCGCCCAGCCCTTTGGGCTGTGTGCGGGTTATGCTGTCGGCGCCACCAACCTGTAGCCAACCCCCGCCTCGGTAATGATGAACCGCGGCGCCGTGGGGTCATCGCCCAGCTTCTGTCGCAGATGCCCGACCACGATGCGCAGGTAGTGGGTATCCTCCGCATGGGTCGGCCCCCAGATATCCTTGAGCAACTGCTGCTGGGTAATCACCCGCCCGGGGTGCCCGGCCAATATCGCCAGCAAAGCATACTCCTTGCGTGTCAATGCCACCTCCACAC > NC_002947/4697343‑4697634 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |