New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5779815 = | 31 (0.720) | 3 (0.070) | 3/244 | NT | 8.6% | coding (63/1794 nt) | cvrA | K(+)/H(+) antiporter NhaP |
? | NC_002947 | 5779855 = | 34 (0.820) | coding (103/1794 nt) | cvrA | K(+)/H(+) antiporter NhaP |
GTATCGCTTTACAGCCTGCGCCGGCATCAGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGATGGTGGCGGCATCAT > NC_002947/5779690‑5779961 | gTATCGCTTTACAGCCTGCGCCGGCATCAGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATc > 1:582798/1‑150 (MQ=255) aTCGCTTTACAGCCTGCGCCGGCATCAGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATc > 2:43693/1‑130 (MQ=255) aTCGCTTTACAGCCTGCGCCGGCATCAGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATc < 1:43693/130‑1 (MQ=255) cGGCATCAGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGATACCACCCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGCTGCAAGCACCACCAACAGCCTGTTCCTCATCGCCGCCTTCCTGTTGGGCGCa > 2:302427/1‑150 (MQ=255) tgccgccaccatcgacaccggcgagcatgccgacggcgaggatgatgaccagaatagggatacccaggcgcgacgacagcgagctgaccaggatacttgcaccCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCaa > 1:43367‑M1/104‑150 (MQ=255) gCATCAGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAg > 1:35820/1‑150 (MQ=255) aGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATc < 2:1001274/104‑1 (MQ=255) aGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATc > 1:1001274/1‑104 (MQ=255) aaTCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAg > 2:1016758/1‑150 (MQ=255) acaccggcgagcatgccgacggcgaggatgatgaccagaatagggatacccaggcgcgacgacagcgagctgaccaggatacttgcaccCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCtggtgg > 2:343348‑M1/90‑130 (MQ=255) acaccggcgagcatgccgacggcgaggatgatgaccagaatagggatacccaggcgcgacgacagcgagctgaccaggatacttgcaccCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCtggtgg < 1:343348‑M1/41‑1 (MQ=255) cTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTggg > 1:110949/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTAt > 1:948268/1‑150 (MQ=255) tGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATcc < 1:633867/150‑1 (MQ=255) aCGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCt > 1:431346/1‑150 (MQ=255) aCGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCt > 2:864673/1‑150 (MQ=255) cGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTggtgggt < 1:429940/87‑1 (MQ=255) cGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTggtgggt > 2:429940/1‑87 (MQ=255) ttCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCATCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTTGGGGTCCCTATTCTGGTCATCATCATAGACGTc > 2:738218/1‑150 (MQ=255) tCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGCTTAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCACCATCCACGCCGTCg > 2:964131/1‑150 (MQ=255) cccGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGc > 1:1019895/1‑150 (MQ=255) ccGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCa > 1:864890/1‑150 (MQ=255) ccGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCa > 2:151979/1‑150 (MQ=255) tctcGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCg > 1:768951/1‑150 (MQ=255) gAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGt < 2:900456/80‑1 (MQ=255) gAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGt > 1:900456/1‑80 (MQ=255) gAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGgt < 2:740126/150‑1 (MQ=255) gAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGgt < 1:151979/150‑1 (MQ=255) cTGCCTTTGGGTGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGAt < 1:1016758/150‑1 (MQ=255) cTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCTAt < 2:948268/150‑1 (MQ=255) cTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGAt > 2:706618/1‑150 (MQ=255) ttGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGGCTGGGTATCCCTCTTCTGGCCACCCTCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGATGGTggc < 2:617985/150‑1 (MQ=255) gATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGATGGTggcggc > 2:521770/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCATCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGATGGTGGCGGcat < 1:738218/150‑1 (MQ=255) aaGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATc > 2:121084/1‑55 (MQ=255) aaGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATc < 1:121084/55‑1 (MQ=255) aaGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGATGGTGGCGGcatcat > 1:416373/1‑150 (MQ=255) | GTATCGCTTTACAGCCTGCGCCGGCATCAGGTTAGAATCGATTGGCACGCGACCTGCTAGCTGTTGCTGAATGCGCTACCACGCCCCTTCCCCGCTGTCTCGGAGTACCTGCCTTTGGATGCAAGCACCATCAACAGCCTGTTCCTGATCGGCGCATTGCTGGTGGGTGCAAGTATCCTGGTCAGCTCGCTGTCGTCGCGCCTGGGTATCCCTATTCTGGTCATCATCCTCGCCGTCGGCATGCTCGCCGGTGTCGATGGTGGCGGCATCAT > NC_002947/5779690‑5779961 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |