New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3152372 | 45 (1.040) | 3 (0.070) | 3/236 | NT | 6.3% | coding (484/882 nt) | PP_2768 | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 3152388 | 48 (1.190) | coding (500/882 nt) | PP_2768 | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
GCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGT > NC_002947/3152244‑3152528 | gCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtg < 1:895182‑M2/150‑6 (MQ=255) ccTGGCGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgc > 1:405033‑M2/1‑144 (MQ=255) cATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCcgacga > 2:1119634/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCGCAGGTGTCTGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATc > 2:366416/1‑150 (MQ=255) tCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATc > 1:177685/1‑150 (MQ=255) gACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGTTGCTGGCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCcgc > 1:69324/1‑150 (MQ=255) gACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGCCGGCGGCCCTGCTACCAGTACGGCCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTCCGTGAGGTGGCGGAGGATCCCcgc > 1:68812/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGAt < 2:177685/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTc < 2:21874/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCg > 1:636313/1‑150 (MQ=255) ggcCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCTGTATc < 2:1093064/150‑1 (MQ=255) tgctgctgTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGcc > 1:950218/1‑150 (MQ=255) tgctgTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGc > 1:745957/1‑150 (MQ=255) ctgTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCg > 2:722321/1‑150 (MQ=255) tCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCGCGCGCATAGGCGTTGCGCTGCGTTCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAgg > 1:251878/1‑150 (MQ=255) ttCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGTGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTgg < 1:366416/150‑1 (MQ=255) tCGACCTGTTCGCCGCCGCCACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTggg < 2:442251/150‑1 (MQ=255) tGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCggtgg < 2:950218/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTc > 2:364405/1‑150 (MQ=255) cgccgccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGACGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTg < 1:364174/150‑1 (MQ=255) gccgccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTgg < 1:1119634/150‑1 (MQ=255) gccgccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTgg > 2:240643/1‑150 (MQ=255) ccgccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTggg > 1:708239/1‑150 (MQ=255) ccgccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTggg < 1:240643/150‑1 (MQ=255) cgccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGc > 2:1124218/1‑150 (MQ=255) gccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCg > 2:896300/1‑150 (MQ=255) ccgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCgg > 1:580230/1‑150 (MQ=255) cgcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGt < 2:1131167/150‑1 (MQ=255) gcAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTg < 2:895182/150‑1 (MQ=255) aaCGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGc < 2:490782/150‑1 (MQ=255) ggcggcggcCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCgg < 2:212805/150‑1 (MQ=255) tggtggTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGt > 2:976442/1‑150 (MQ=255) ggtggtGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGtt < 1:702084/150‑1 (MQ=255) gtggtgCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTtg > 2:234447/1‑150 (MQ=255) tggtgCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTtgg < 2:708239/150‑1 (MQ=255) gtgCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTtggtg > 2:900919/1‑150 (MQ=255) ttCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCg < 1:746883/150‑1 (MQ=255) tCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCgg < 1:900919/150‑1 (MQ=255) cTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCggg > 1:989396/1‑150 (MQ=255) tCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGgctg > 1:556678/1‑150 (MQ=255) tGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgcggttgaacagccaggacagaagcaccaccagggccgccgccgttgcggcggcgaacaggtcgaactgcgacagcagcaggccgcccagctccagcggggcgtcgctgatggcc < 2:437876‑M2/150‑120 (MQ=255) tGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTggg < 2:580230/150‑1 (MQ=255) tGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTggg > 2:756377/1‑150 (MQ=255) ttCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTg < 2:343604/111‑1 (MQ=255) ttCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTg > 1:343604/1‑111 (MQ=255) aCCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgcggttgaacagcaaggacagaagcaccaccagggccgccgccgttgcggcggcgaacaggtcgaactgcgaccgcagca < 1:239504‑M2/109‑85 (MQ=255) aCCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTgcgtgcggttgaacagcaaggacagaagcaccaccagggccgccgccgttgcggcggcgaacaggtcgaactgcgacagcagca > 2:239504‑M2/1‑25 (MQ=255) ccGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTCGGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACg > 1:203563/1‑150 (MQ=255) cgcgCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTgg < 2:556678/150‑1 (MQ=255) gcgcATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTggg < 1:1013510/150‑1 (MQ=255) gcATCGGGCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGCGGTCTGGGCGAGGGCCGGGGTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCCGGTGAGCACGACTagggg > 2:162780/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGc > 1:295867/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGt > 2:590476/1‑150 (MQ=255) | GCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGT > NC_002947/3152244‑3152528 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |