New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5321962 | 42 (0.970) | 3 (0.070) | 3/236 | NT | 6.5% | coding (1338/2322 nt) | mrcB | transglycosylase/transpeptidase |
? | NC_002947 | = 5322044 | 47 (1.170) | coding (1256/2322 nt) | mrcB | transglycosylase/transpeptidase |
GACCAACGAGCCGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATCCTGGCGCAACTGTCGCTTGACCAGGTCGAGGAA > NC_002947/5321896‑5322192 | gACCAACGAGCCGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCc > 1:1127114‑M2/1‑149 (MQ=255) gACCAACGAGCCGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCc < 1:557652‑M2/150‑2 (MQ=255) cAACGAGCCGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgc < 1:47077‑M2/150‑5 (MQ=255) aaCGAGCCGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgcc < 2:706102‑M2/150‑6 (MQ=255) aCGAGCCGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgcca < 2:1072661‑M2/150‑7 (MQ=255) ccGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGgcgc < 1:479731/150‑1 (MQ=255) ggCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAg < 2:568889/150‑1 (MQ=255) cATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCa < 2:807979/150‑1 (MQ=255) aTCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCNCAt < 2:694152/150‑1 (MQ=255) gATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCc > 2:973278‑M2/1‑119 (MQ=255) gATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCc < 1:973278‑M2/120‑2 (MQ=255) gATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGa < 1:1072661/150‑1 (MQ=255) aTGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAg < 2:553625/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTc > 1:164379/1‑150 (MQ=255) ggTTGAAGCTGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCgg < 1:501178/150‑1 (MQ=255) gTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGc < 1:66625/150‑1 (MQ=255) gAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCTGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAgg > 2:1041678/1‑125 (MQ=255) gAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCTGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAgg < 1:1041678/125‑1 (MQ=255) ccGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATc > 1:15929/1‑150 (MQ=255) ggCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTg < 1:706102/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCa < 2:164379/150‑1 (MQ=255) ctgcctgGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgccaggcaggcttcgccggcttcaaccgggccatcgatgctgtgcggccgatcgg < 2:953945‑M2/150‑58 (MQ=255) tgcctgGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgccaggcaggcttcgccggcttcaaccgggccatcgatgctgtgcggccgatcggc < 2:97861‑M2/150‑59 (MQ=255) tgcctgGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAgg > 2:901658/1‑150 (MQ=255) gcggcTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAgg > 2:622192/1‑144 (MQ=255) gcggcTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAgg < 1:622192/144‑1 (MQ=255) gaggcAACAGATCAGCGCCTGTACCTGAACGGGCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCGTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGaa < 1:1080782/148‑1 (MQ=255) cggcTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAg < 1:237513/150‑1 (MQ=255) ggcTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAg < 2:917451/116‑1 (MQ=255) ggcTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAg > 1:917451/1‑116 (MQ=255) ggcTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGcc > 2:550551/1‑125 (MQ=255) ggatACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGcc < 1:550551/122‑1 (MQ=255) ttcccGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGTTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCCGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGGCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTg < 1:331619/147‑1 (MQ=255) cTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGCACACGCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTg < 1:1112618/150‑1 (MQ=255) tACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTgg > 1:315311/1‑150 (MQ=255) aCCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGCCTCGCTCATCGAGGTTTCGGACCTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGATggg > 2:331619/1‑149 (MQ=255) cGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgccag > 1:394900‑M2/1‑78 (MQ=255) cGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgccag < 2:394900‑M2/85‑8 (MQ=255) cAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGAt < 1:698957/150‑1 (MQ=255) ccTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCCTCTGCCCCCTCGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCACGATAGGGTCGAAGCTGCTAAAGATGCGCa < 1:427808/150‑1 (MQ=255) cTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCccgccaggcaggcttcgccggcttcaaccgggccatcgatgctgtgcggccgatcggctcgttggtcaagccgtcggtatac > 1:97861‑M2/1‑68 (MQ=255) tACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGcc > 1:513308/1‑150 (MQ=255) aCTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAg < 1:474113/96‑1 (MQ=255) aCTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAg > 2:474113/1‑96 (MQ=255) ttCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCgg < 1:594338/101‑1 (MQ=255) ttCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCgg > 2:594338/1‑101 (MQ=255) ttCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCcttc > 2:1115087/1‑150 (MQ=255) cACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCcttctt > 1:337902/1‑150 (MQ=255) cACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCcttctt < 2:47077/150‑1 (MQ=255) ccGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCg < 1:162101/150‑1 (MQ=255) aGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTc < 2:315311/150‑1 (MQ=255) aGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTGTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCCTGTTCGGTCAAGTc > 1:227115/1‑150 (MQ=255) ttGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATCGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCtcg > 1:510562/1‑150 (MQ=255) ggTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCtcgtc > 2:1126236/1‑150 (MQ=255) tCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCg < 2:254748/134‑1 (MQ=255) tCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCg > 1:254748/1‑134 (MQ=255) cATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGCAGGTCTCGCTCATCGGGGTTTCGGCTGTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATc < 2:125068/150‑1 (MQ=255) cgccgcTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATCCTg < 2:772491/150‑1 (MQ=255) ccgcTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATCCCggt < 2:15929/150‑2 (MQ=255) cTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATCCTGGCGCAACTGTCGCTTGa < 1:781622/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATCCTAGCGCAACTGTCGCTTGACCAGGTCGAGGa > 2:364736/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCAGCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGCTGCGCAGGCCTTGTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATCCTGGCGCAACTGTCGCTTGGCCAGGTCGAggca > 2:315231/1‑148 (MQ=255) | GACCAACGAGCCGATCGGCCGCACAGCATCGATGGCCCGGTTGAAGCCGGCGAAGCCTGCCTGGCGGCTACCGATCAGCGCCTGTACTTCACCGGTCTCAGGGTTGGTCACGACCATCGCCGCTTCCACATCGTCTGCCCCCTTGCGGCCCGCCAGGCGCTTGAAGGTCTCGCTCATCGAGGTTTCGGCCTTCATCTGCAGGATAGGGTCGAAGCTGGTAAAGATGCGCAGGCCTTCTTCGGTCAAGTCCTCGTCGCGGTAATCCTGGCGCAACTGTCGCTTGACCAGGTCGAGGAA > NC_002947/5321896‑5322192 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |