| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1780096 = | 42 (0.880) | 15 (0.340) | 13/244 | 2.5 | 27.7% | intergenic (+13/+93) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| ? | NC_002947 | 1780184 = | 40 (0.920) | intergenic (+101/+5) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase | |||||
GCGTGCCCTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAG > NC_002947/1779954‑1780245 | taccggggtcgtacctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTcgc < 1:505316‑M1/8‑1 (MQ=255) accggggtcgtacctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggtcgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTcgcg > 2:834996‑M1/142‑150 (MQ=255) ccTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGgcgc < 2:1144239/150‑1 (MQ=255) ccTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGgcgc > 2:786341/1‑150 (MQ=255) ctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGTGCCcgcga < 2:349190‑M1/22‑3 (MQ=255) gcAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAA‑CCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 2:987940/1‑150 (MQ=255) tcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGTgcccgcgaagg > 1:349190‑M1/126‑145 (MQ=255) tGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTa > 2:628228/1‑150 (MQ=255) gtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCTCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGtacag < 1:76330‑M1/34‑3 (MQ=255) tGTACAACGTGCATAGTAAGCAGCTGGGGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAGGTACTGGGTGAGCTGGAGATGAGTGAGGCAAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGGCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACATGTActgcgc < 2:22195/150‑1 (MQ=255) gatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcatgcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTActgcgc < 1:674381‑M1/37‑1 (MQ=255) tACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGGGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGCGTGAGGCGAACCTGGGGTCAGTCAAGTAGACCCTATCCCGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTActgcgccg > 1:520305/1‑148 (MQ=255) ccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAAt < 1:820956‑M1/49‑1 (MQ=255) aCCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAACGCCCTTCCGTGGGGGGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGt < 2:167731/150‑1 (MQ=255) ggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcctcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtt > 2:820956‑M1/92‑149 (MQ=255) gcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAACTCAGCGCTGTAc > 2:674381‑M1/91‑150 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc > 2:595866/1‑150 (MQ=255) tggtggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAcc < 1:786341/150‑1 (MQ=255) gtggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCTGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGGAATCAGGGCTGTACCtg > 2:76330/1‑150 (MQ=255) ggATGAGGTGTTGCGGCAAGTACTGGGTGGGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGa < 2:520305/150‑1 (MQ=255) gcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGa > 2:505316‑M1/83‑150 (MQ=255) ggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg > 1:431956‑M1/79‑150 (MQ=255) gAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg < 1:1097984/150‑1 (MQ=255) tggtgCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTATACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGt > 2:584129/1‑150 (MQ=255) accgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCt < 1:577380‑M1/56‑1 (MQ=255) accgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCt > 2:577380‑M1/67‑122 (MQ=255) tACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAg < 2:360667/90‑1 (MQ=255) tACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAg > 1:360667/1‑90 (MQ=255) cTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAg > 2:237778/1‑137 (MQ=255) cTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAg < 1:237778/137‑1 (MQ=255) atcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg > 1:725143‑M1/51‑116 (MQ=255) atcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:725143‑M1/66‑1 (MQ=255) ggATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGt > 1:850602/1‑150 (MQ=255) gATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGt < 2:160722/106‑1 (MQ=255) gATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGt > 1:160722/1‑106 (MQ=255) gagtgagGAAAACTTCGGTTCAGTCAAGGAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCACGACGCACAGGTACTGTGCTGCCCTTGAAATCAGCGCTGTCCCTGAGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCa < 2:997592/150‑1 (MQ=255) agGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg > 2:230441/1‑104 (MQ=255) agGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 1:230441/104‑1 (MQ=255) gCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgc > 1:231099/1‑150 (MQ=255) cTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAAt > 2:327746/1‑150 (MQ=255) ggTTCAGTCAAGTATACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATgcg < 1:584129/150‑1 (MQ=255) ttCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAAGCGCGAATGCGCt > 2:701989/1‑150 (MQ=255) ttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCt < 2:511345‑M1/62‑1 (MQ=255) ttcctgcaaaaccgctgatcaacCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCt > 1:511345‑M1/24‑85 (MQ=255) aGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg > 1:277259/1‑111 (MQ=255) aGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg < 2:277259/111‑1 (MQ=255) tCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCAGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACGGGGTTGATCAGCGGTTTTGTAGGAAGGCGCGAATGCGCTccgcc > 2:347623/1‑150 (MQ=255) aCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt > 1:421931/1‑150 (MQ=255) aCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt < 2:231099/150‑1 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg > 2:278489/1‑99 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg < 1:278489/99‑1 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGc < 2:431460/108‑1 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGc > 1:431460/1‑108 (MQ=255) cTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAACGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCa > 2:472242/1‑150 (MQ=255) aaGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCGGCGGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCgg > 1:31265/1‑150 (MQ=255) aGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTcc < 2:569085/130‑1 (MQ=255) aGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTcc > 1:569085/1‑130 (MQ=255) gCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGc > 1:1054211/1‑148 (MQ=255) gCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGc < 2:1054211/148‑1 (MQ=255) CCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCAGTTCGGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAg > 1:327746‑M1/1‑150 (MQ=255) | GCGTGCCCTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAG > NC_002947/1779954‑1780245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |