| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4586100 | 16 (0.330) | 15 (0.440) | 11/192 | 2.2 | 48.0% | intergenic (+139/+78) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| ? | NC_002947 | = 4586128 | 21 (0.610) | intergenic (+167/+50) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase | |||||
GTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAA > NC_002947/4585982‑4586277 | gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccc > 2:9004‑M2/1‑147 (MQ=255) aaCAGCTGACCTGCGCTGCGCCGTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGAATTGCTCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGCCGGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGTGCTGCccctgg > 2:83171‑M2/1‑144 (MQ=255) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGTTGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTCCATT‑CGGAACTGCccctggtaggagcgg > 1:881193‑M2/1‑135 (MQ=255) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggta < 2:4215‑M2/141‑9 (MQ=255) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggta > 1:4215‑M2/1‑133 (MQ=255) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccg < 1:970411‑M2/150‑25 (MQ=255) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccg < 1:793693‑M2/150‑25 (MQ=255) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCc < 2:460166‑M2/123‑2 (MQ=255) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCc > 1:460166‑M2/1‑122 (MQ=255) ttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggag > 2:401232‑M2/1‑121 (MQ=255) ttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggag < 1:401232‑M2/133‑13 (MQ=255) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaaga > 2:793693‑M2/1‑120 (MQ=255) gAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGGTTGGGCCGGTCTCTTCGCGGGGAGACTCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGTCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagag > 2:284510‑M2/1‑119 (MQ=255) gAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagag > 2:970411‑M2/1‑119 (MQ=255) aTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtagga > 1:758662‑M2/1‑74 (MQ=255) aTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtagga < 2:758662‑M2/85‑12 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggta > 2:1075602‑M2/1‑56 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggta < 1:1075602‑M2/64‑9 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACg > 1:935197/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCAtac > 2:784422/1‑148 (MQ=255) aCCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCcgc > 1:35197/1‑85 (MQ=255) aCCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCcgc < 2:35197/85‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGGCAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGCTCTCAc < 2:321380/137‑1 (MQ=11) cccGCTCCTACCAGGGGCAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc > 1:321380/1‑137 (MQ=14) ccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcaga < 2:244531‑M2/150‑108 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc > 1:1007679/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg < 1:389513‑M2/56‑16 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg > 2:389513‑M2/1‑41 (MQ=255) cTACCCGGGACCGTGCCGTCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc < 2:935197/150‑1 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagct < 2:788987‑M2/149‑114 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagct > 1:788987‑M2/1‑36 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaa > 1:212400‑M2/1‑36 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaa < 2:212400‑M2/129‑94 (MQ=255) aCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgg < 2:541769‑M2/71‑37 (MQ=255) aCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgg > 1:541769‑M2/1‑35 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttc < 1:993146‑M2/150‑118 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagc > 1:1059695‑M2/1‑33 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagc < 2:1059695‑M2/145‑113 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcac > 2:929956‑M2/1‑33 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcac < 1:929956‑M2/92‑60 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAt < 2:965025/121‑1 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAt > 1:965025/1‑121 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc > 2:1198485/1‑150 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc > 2:998946/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccg < 2:216210‑M2/150‑124 (MQ=255) gTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacg < 2:1007679/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGATGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacg > 2:92663/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCCTTGAATG‑CGGGTCTGTccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcacctcgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgca > 1:961928‑M2/1‑24 (MQ=255) tGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGTccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcacctcgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgca < 2:961928‑M2/129‑106 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 1:1086140/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCca < 1:989844/101‑1 (MQ=255) ggCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCca > 2:989844/1‑101 (MQ=255) tG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCgg > 1:1192315/1‑144 (MQ=255) tG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCgg < 2:1192315/144‑1 (MQ=255) tG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTAGtc < 1:1198485/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaa > 1:244531‑M2/1‑7 (MQ=255) gcgcTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaa > 2:993146‑M2/1‑7 (MQ=255) ccccTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACaaaa > 2:1065171/1‑150 (MQ=255) | GTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAA > NC_002947/4585982‑4586277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |