New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4861197 | 51 (0.970) | 15 (0.360) | 9/196 | NT | 26.7% | intergenic (‑103/+134) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
? | NC_002947 | = 4861238 | 42 (1.010) | intergenic (‑144/+93) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
GCACGTAGTAGCGATAATTGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4861025‑4861197 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcctcttcgcgggtaaacccgctccTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACAAATCCCATGAC < NC_002947/4861238‑4861090 GCACGTAGTAGCGATAATTGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCGGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGC < 1:1079107/150‑1 CACGTAGTAGCGATAATTGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCC > 1:874273/1‑150 GTAGCGATAATTGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCG > 2:524701/1‑150 GCGATAATTGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGG < 2:655017/150‑1 GCGATAATTGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGG < 1:590450/150‑1 TGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCC > 1:474899/1‑150 TGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC > 1:1205450/1‑150 ATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA > 1:1299067/1‑150 GGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCGTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAACGCCCTAGGGCATGTGA > 1:1357556/1‑150 GGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG < 2:1299067/150‑1 GATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGTGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGG < 1:807851/150‑1 ATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGT < 2:1279786/150‑1 CTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCAAGGTCTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCAGCGAA < 1:1330799/150‑1 AAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGC > 1:792408/1‑75 AAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGC < 2:792408/75‑1 GTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG > 1:237786/1‑111 GTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG < 2:237786/111‑1 acGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG < 2:1107184/92‑1 AGGTGTCTGTTGACTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG < 1:305627/94‑1 AGGTGTCTGTTGACTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG > 2:305627/1‑94 AGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTAGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG > 1:1107184/1‑94 GTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG > 1:1208703/1‑92 GTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGG < 2:1208703/92‑1 GTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGA > 1:498637/1‑88 GTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGA < 2:498637/88‑1 CTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGC > 1:404358/1‑150 TCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCA > 2:1298382/1‑150 TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACt < 2:978024/100‑2 TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACA > 1:978024/1‑100 gaGCGGGTTTACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACG < 1:868540/115‑1 CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAG < 2:1135769/150‑1 GCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGA > 1:1318138/1‑150 GCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGA > 2:1205450/1‑150 GCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACA > 2:1328755/1‑90 GCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACA < 1:1328755/90‑1 CGGGTAAACCCCCTCCTACAGCTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAA < 1:468636/150‑1 GGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGCCGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGA < 2:1028553/150‑1 GGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGA < 2:320709/150‑1 GGTAAACCCGCGCCTACAGGTACATCAGCGCCCTGGGGCATGTGGCGCCCTTGTGGTAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGA < 2:38306/150‑1 TAAACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACA < 2:534937/150‑1 AACCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACAAA < 1:1298382/150‑1 CCCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACAAATC > 2:772557/1‑150 CCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTT > 1:443742/1‑131 CCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTT < 2:443742/131‑1 CCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACC < 2:1187436/112‑1 CCGCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACC > 1:1187436/1‑112 GCTCCTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCACTAATTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACAAATCCCA < 1:824874/150‑1 CTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTATCCGCGAAGAAGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTGGCAAGAGAAGGCGAGTTCCATGAC > 1:1130174/1‑150 CTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACAAATCCCATGAC > 2:964721/1‑150 CTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACAAATCCCATGAC > 1:1102775/1‑150 GCACGTAGTAGCGATAATTGTGCTGATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4861025‑4861197 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcctcttcgcgggtaaacccgctccTACAGGTACATCACCGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGTCAACAGACACCTGGAACCCCACGCACCACCCCAAGCTGCTCTTTTGCTTTGCAAGAGAAGACAAATCCCATGAC < NC_002947/4861238‑4861090 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |