New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5506637 | 36 (0.680) | 13 (0.320) | 11/188 | NT | 29.7% | intergenic (+48/‑151) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
? | NC_002947 | = 5506650 | 34 (0.850) | intergenic (+61/‑138) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
GAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5506463‑5506637 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCACCAGCGGGAA < NC_002947/5506650‑5506503 GAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCC > 2:78510/1‑150 GGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGACGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCG > 2:923113/1‑150 GCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC < 1:606057/150‑1 GCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC < 1:927394/150‑1 AGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGTGGTTGCCGGTGGTGTGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGTCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGG < 1:855640/150‑1 AGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGTGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGG < 1:495371/150‑1 GCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTtt > 1:451457/1‑148 CCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAA > 1:755006/1‑150 TGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCC < 2:755006/150‑1 ATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGC < 2:95748/150‑1 ATGCTGGTGCTGGAGGTGTTGTTCCCGCTGGTGGGGGTGCCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGC < 1:220922/150‑1 GCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGGGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTC < 2:277220/150‑1 TGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCT > 2:48643/1‑150 GTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTTTACCCGCgaagag < 2:451457/150‑7 TTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGT > 2:638589/1‑143 TTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGT < 1:638589/143‑1 CCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACC < 1:1034851/123‑1 CCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAATTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACC > 2:1034851/1‑123 CGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGA < 1:1293341/150‑1 GTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGG < 2:481731/150‑1 GTGGGGGTGGCGGTGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGG < 2:222026/150‑1 TCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGG < 1:648493/101‑1 TCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGG > 2:648493/1‑101 GATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGG > 1:993162/1‑133 GATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGG < 2:993162/133‑1 GATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTG > 2:1222383/1‑87 GATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTG < 1:1222383/87‑1 GTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGG < 1:204209/104‑1 GTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGG > 2:204209/1‑104 GCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGG < 2:548497/99‑1 GCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGG > 1:548497/1‑99 GCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCA > 2:570151/1‑103 GCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCA < 1:570151/103‑1 CTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC > 1:129707/1‑36 CTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC < 2:129707/36‑1 GCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCA > 1:432997/1‑74 GCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCA < 2:432997/74‑1 CTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGACGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCAC > 2:302800/1‑150 TCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGA < 2:720845/103‑1 TCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGA > 1:720845/1‑103 TCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACAACACCACC > 2:1266484/1‑150 TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCA < 2:1073940/149‑1 TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCA > 1:1073940/1‑149 TCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATC < 1:635429/150‑1 GCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGA > 2:1210863/1‑150 GGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACAC < 1:1210863/150‑1 CCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCAC < 1:480704/150‑1 CCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCAC > 1:46890/1‑150 CCCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCAC > 1:78510/1‑150 CCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCACC > 1:921092/1‑150 CCGCTCCTACAACGCGGTCCCTCGTAAGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCTGCGCCTCACCACCATACCAACCTCCCGCCACATCACCACCATCGCCACCCCCACC > 2:691376/1‑150 ACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCACCAGCGGGAA < 1:259272/150‑1 ACAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCACCAGCGGGAA < 1:2768/150‑1 GAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5506463‑5506637 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcctcttcgcgggtaaacccgctcctacAACGCGGTCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAACACAAGGCTCAAGCGCTGGCCAAGACCCGGCGGCGCCTCACCACCAAACTATCCACCCCCCACATCACCACCATCGACACCCCCACCAGCGGGAA < NC_002947/5506650‑5506503 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |