New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2678319 = | 45 (0.860) | 4 (0.080) | 4/234 | NT | 8.3% | coding (617/1320 nt) | PP_2348 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | 2678340 = | 46 (0.920) | coding (638/1320 nt) | PP_2348 | sensor histidine kinase |
CGGCCTGGGCATGGGCCTGGTGGCGCTGATCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTGCTGAGCCTGGCTTCCAGTGA > NC_002947/2678170‑2678466 | ctccggcagaccctgcaggcggtcactggaagccaggctcagcaacaccgccagcggcgtcttcagcgcatggccgaggttaccgagggcattgcgtgagcggcgcaggctgtcttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccac < 2:963221‑M1/1‑1 (MQ=255) ctccggcagaccctgcaggcggtcactggaagccaggctcagcaacaccgccagcggcgtcttcagcgcatggccgaggttaccgagggcattgcgtgagcggcgcaggctgtcttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccac < 2:913152‑M1/1‑1 (MQ=255) ctccggcagaccctgcaggcggtcactggaagccaggctcagcaacaccgccagcggcgtcttcagcgcatggccgaggttaccgagggcattgcgtgagcggcgcaggctgtcttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccac < 2:782136‑M1/1‑1 (MQ=255) cggcagaccctgcaggcggtcactggaagccaggctcagcaacaccgccagcggcgtcttcagcgcatggccgaggttaccgagggcattgcgtgagcggcgcaggctgtcttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccaCCAg > 1:963221‑M1/147‑150 (MQ=255) ggcagaccctgcaggcggtcactggaagccaggctcagcaacaccgccagcggcgtcttcagcgcatggccgaggttaccgagggcattgcgtgagcggcgcaggctgtcttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccaCCAGc > 1:516482‑M1/146‑150 (MQ=255) tGGGCATGGGCCTGGTGGCGCTGATCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCg > 2:663015/1‑150 (MQ=255) gggCATGGGCCTGGTGGCGCTGATCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGa > 2:1076928/1‑150 (MQ=255) ggCATGGGCCTGGTGGCGCTGATCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCGGCTGCAGCAGTCGCGTCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAg < 1:958709/150‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGCGCTGATCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGGCCAGCGAGTTGGTAc > 2:183493/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGCGCTGATCCTTATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTAcc < 2:393896/150‑1 (MQ=255) cTGATCCTGATTCTGGCGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTgggg < 1:1014792/150‑1 (MQ=255) aTCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAg > 2:278414/1‑150 (MQ=255) tCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGa < 1:1116389/150‑1 (MQ=255) tCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGa < 2:323427/150‑1 (MQ=255) ccTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGAt < 1:663015/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGCAGTGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAgcacc < 2:351602/143‑5 (MQ=255) ggTGCTGCAGTGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAgcacc > 1:351602/1‑139 (MQ=255) gctgcAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCt > 1:137894/1‑150 (MQ=255) tgcAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATGAACCACTTGCTTa > 1:620897/1‑150 (MQ=255) gcgcATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCa > 1:913152/1‑150 (MQ=255) cATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATAc < 1:636628/150‑1 (MQ=255) tCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCg > 1:351146/1‑150 (MQ=255) ggTTACCCGCTCGCTGAGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGa > 2:858246/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGaa < 2:2411/142‑1 (MQ=255) ccGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGaa > 1:2411/1‑142 (MQ=255) cgctcgctGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTg > 1:429356/1‑150 (MQ=255) gctcgctGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGCTCACCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTCGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTgc < 1:785598/150‑1 (MQ=255) gctcgctGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGc > 1:906914/1‑131 (MQ=255) gctcgctGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGc < 2:906914/131‑1 (MQ=255) tcgctGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTgcgc > 2:862922/1‑150 (MQ=255) gAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGa < 1:170483/125‑1 (MQ=255) gAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGa > 2:170483/1‑125 (MQ=255) gCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAg < 1:155927/122‑1 (MQ=255) gCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAg > 2:155927/1‑122 (MQ=255) gggCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCg > 2:517117/1‑150 (MQ=255) attgcgtgagcggcgcaggctgtcttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccaCCAGCGAGTTGGTACCGCtggtgg < 1:528257‑M1/24‑1 (MQ=255) attgcgtgagcggcgcaggctgtcttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccaCCAGCGAGTTGGTACCGCtggtgg > 2:528257‑M1/60‑83 (MQ=255) cagcagATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACtt > 2:12996/1‑95 (MQ=255) cagcagATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACtt < 1:12996/95‑1 (MQ=255) cagcagATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTc < 1:278414/150‑1 (MQ=255) ccAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCtggtgg < 1:754503/68‑1 (MQ=255) ccAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCtggtgg > 2:754503/1‑68 (MQ=255) ccAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGa < 1:726427/102‑1 (MQ=255) ccAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGa > 2:726427/1‑102 (MQ=255) ttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccaCCAGCGAGTTGGTACCGCtggtg < 2:1193923‑M1/23‑1 (MQ=255) ttcggtatggctaagcaagtggttgatctgccccaCCAGCGAGTTGGTACCGCtggtg > 1:1193923‑M1/36‑58 (MQ=255) cAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCATGCAATGCCCTCGGTAACATCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCg < 2:137894/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCg < 2:510869/150‑1 (MQ=255) aGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGAcgc > 1:1149147/1‑141 (MQ=255) aGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGAcgc < 2:1149147/141‑1 (MQ=255) tCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTg > 2:774290/1‑150 (MQ=255) aGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTGCTGa < 2:731601/150‑1 (MQ=255) aGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTGCTGa < 1:862922/150‑1 (MQ=255) ggATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTGCTGAGCCt < 2:351146/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTGCTGAGCCTGGCTTCCAg < 2:429356/150‑1 (MQ=255) gCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTGCTGAGCCTGGCTTCCAGTGa > 2:268274/1‑150 (MQ=255) | CGGCCTGGGCATGGGCCTGGTGGCGCTGATCCTGATTCTGGTGCTGCAGCGCATCACGGTTACCCGCTCGCTGCGGCCGCTGGAGCGGGCGCGCCAGCAGATCGCCCAGCTGCAGCAGGGGCAGCGCTCGCAGCTGGATGCCGAGGTGCCCAGCGAGTTGGTACCGCTGGTGGGGCAGATCAACCACTTGCTTAGCCATACCGAAGACAGCCTGCGCCGCTCACGCAATGCCCTCGGTAACCTCGGCCATGCGCTGAAGACGCCGCTGGCGGTGTTGCTGAGCCTGGCTTCCAGTGA > NC_002947/2678170‑2678466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |